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Doctorant :Caractérisation du Pangénome de Bathycoccus prasinos et de son impact dans l'adaptation aux conditions environnementales H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 5 février 2022

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Informations générales

Référence : UMR7621-FRABOU-001
Lieu de travail : BANYULS SUR MER
Date de publication : samedi 15 janvier 2022
Nom du responsable scientifique : Francois-Yves Bouget
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 mars 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La compréhension des mécanismes d'adaptations à des niches écologiques nécessite la caractérisation génomique d'organismes à large distribution géographique, permettant la corrélation de variations génomiques intra et interspécifique aux paramètres environnementaux. Au sein des environnements marins, l'ordre des Mamiellales regroupe des micro-organismes eucaryotes de la lignée verte (genres Bathycoccus, Ostreococcus et Micromonas) présentant une large distribution géographique dans l'Océan mondial (Vannier et al., 2016; Leconte et al., 2020). Le genre Bathycoccus, en particulier, est retrouvé de l'équateur aux pôles avec une saisonnalité marqué dans les régions tempérées et polaires (Joli et al., 2017; Lambert et al., 2019; Leconte et al., 2021). Bathycoccus prasinos a un petit génome compact de 15 Mb réparti en 19 chromosomes, avec deux régions particulières sur les chromosomes 14 et 19, respectivement nommées Big Outlier Chromosome (BOC) et Small Outlier Chromosome (SOC) (Moreau et al., 2012). De nombreuses souches de Bathycoccus ont été isolées à différentes latitudes de l'arctique aux régions tempérées, ainsi qu'au cours de blooms annuels en baie de Banyuls. Le génome d'une douzaine de souches a été séquencé par le laboratoire dans le but de construire un premier pangénome de Bathycoccus (pour revue : Tranchant‐Dubreuil et al., 2019), et ainsi de poser les premières bases génétiques de l'adaptation du phytoplancton aux conditions environnementales.
Objectifs scientifiques
L'objectif de la thèse est de déterminer le pangénome de Bathycoccus prasinos à partir des génomes de souches isolées à différentes latitudes ou à différentes saisons, et d'évaluer l'importance des variations génomiques dans l'adaptation à des niches environnementales spécifiques en répondant aux questions suivantes :
1. Quelle est la structure du pangénome de Bathycoccus ? Quelle est l'importance du transfert horizontal de gènes et de la néogénèse des éléments transposables dans la structure du pangénome ?
2. Quel est le rôle du pangénome, et plus particulièrement du BOC et du SOC, dans l'adaptation ? Existe-t'il des variations/gènes associés à des conditions environnementales définies de lumière, température/saison ?
3. Quelles sont les dynamiques spatiales et temporelles des variants de Bathycoccus dans les

Contexte de travail

Le projet sera réalisé au sein du Laboratoire d'Océanographie Microbienne localisé à Banyuls sur mer s'inscrit dans l'ANR Clima-Clock (2021-2025). L'étudiant (e) bénéficiera de l'expertise du laboratoire dans la culture en milieu contrôlé et la transformation génétique des Mamiellophyceae. Il aura accès aux données de Metagenomique/metatranscriptomique de TARA, de SOLA (Banyuls) et au pipeline de mapping des génomes de Bathycoccus développé au laboratoire. Un co-encadrement en bioinformatique sera assuré par une interaction constante avec UMR DIADE IRD/UM/CIRAD de Montpellier, expert en évolution des génomes et pangénomes.

Contraintes et risques

Ce poste n'a pas de contrainte ni de risque spécifique

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