Informations générales
Intitulé de l'offre : Contrat Doctoral de 3 ans (H/F): Imagerie de la rétine par Tomographie par Cohérence Optique
Référence : UMR7587-PEDBAR-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mercredi 15 mars 2023
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel
Section(s) CN : Micro et nanotechnologies, micro et nanosystèmes, photonique, électronique, électromagnétisme, énergie électrique
Description du sujet de thèse
Contexte scientifique:
Ce poste rejoint le projet ANR BRAINS visant à développer un dispositif d'imagerie optique capable de lier la rétine au cerveau et d'observer des manifestations de maladies neurodégénératives à travers l'œil. En effet, la rétine fait partie du système nerveux central (SNC). C'est pourquoi, plusieurs troubles majeurs du SNC, comme la maladie d'Alzheimer et la maladie de Parkinson, se manifestent au niveau de la rétine et surtout dans la couche des cellules ganglionnaires. Grâce aux propriétés optiques de l'œil, la rétine est directement accessible à l'imagerie optique avec une résolution cellulaire, suggérant que l'œil est une fenêtre sur des maladies neurodégénératives. Malgré les avancées récentes de l'imagerie rétinienne in-vivo, les cellules ganglionnaires restent inaccessibles à la visualisation dans l'environnement clinique, en raison de leur translucidité optique générant un faible rapport signal sur bruit.
Objectifs scientifiques
Les objectifs de la thèse de doctorat seront :
• Mettre en place des algorithmes avancés de traitement d'image en MatLab ou Python afin d'extraire des signaux métaboliques de cellules ganglionnaires à partir de données 3D générées par un système de Tomographie par Cohérence Optique (OCT) dans le domaine de Fourier ;
• Mettre en œuvre des changements ponctuels dans le dispositif OCT existant ;
• Définir et mener des protocoles d'imagerie sur des sujets de contrôle ;
• Développer des algorithmes d'analyse et interprétation d'images basés sur le Deep Learning afin d'extraire des biomarqueurs relatives aux maladies neurodégénératives.
Missions
Développement d'un système de Tomographie par Cohérence Optique (OCT) ultra-sensible pour l'imagerie de neurones rétiniens transparents.
Activités
Les objectifs du postdoctorat sera entre autre de mettre en place une nouvelle modalité de Tomographie par Cohérence Optique (OCT) ultra-sensible capable de s'affranchir de la translucidité optique de cellules ganglionnaires, et de développer les codes MATLAB pour le traitement et analyse de données associées.
Ces travaux seront réalisés en interaction avec les chercheurs, ingénieurs, médecins et doctorants de l'Institut Langevin et du groupe Paris Eye Imaging localisé à l'Hôpital d'Ophtalmologie de Quinze-Vingts.
Compétences
- Le/la candidat(e) doit avoir un doctorat avec une forte composante en instrumentation optique et ayant un goût pour le biomédical et le traitement des images.
- Des connaissances en logiciels de design optomécanique, par exemple ZEMAX et SolidWorks seraient appréciées.
- La gestion et l'interprétation des images utilisent en général le langage MATLAB et/ou Python avec lesquels le/la candidat(e) devra être familier(e).
Contexte de travail
Les travaux de thèse seront réalisés en intéraction avec les chercheurs, ingénieurs, médecins et doctorants de l'Institut Langevin (1, rue Jussieu, Paris) et du groupe Paris Eye Imaging localisé à l'Hôpital d'Ophtalmologie de Quinze-Vingts.
Informations complémentaires
Qualités requises:
• Le/la candidat(e) a suivi un Master 2 recherche en physique ou une école d'ingénieur
• Le (la) candidat(e) aura une expérience initiale en optique avec un goût pour la microscopie, l'instrumentation optique et surtout pour le traitement des images.
• Le traitement et l'analyse des images utilisent en général le langage MATLAB et/ou Python avec lequel(s) (la) candidat(e) devra être familier(e).