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DOCTORANT-E BIOLOGISTE H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 5 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR7288-CHRESS-013
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : jeudi 15 juillet 2021
Nom du responsable scientifique : Bianca HABERMANN
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Ce projet de thèse est un effort de collaboration avec une équipe expérimentale travaillant sur les Ataxies Cérébelleuses (AC), située à Lyon. Pour l'analyse de données RNA-seq unicellulaires provenant de modèles murins d'ataxie, le doctorant mettra en œuvre l'outil ataxiaXplorer, basé sur l'outil mitoXplorer développé dans l'équipe de biologie computationnelle (http://mitoxplorer.ibdm.univ-mrs.fr). Il/elle étendra les fonctionnalités de l'ataxiaXplorer pour l'analyse de différents types de cellules, mettra en œuvre de nouvelles méthodes de visualisation pour l'exploration des données et de nouvelles méthodes d'intégration des données. Il/elle utilisera ensuite l'outil pour exploiter les données publiques sur les ataxies cérébelleuses, ainsi que les données de notre partenaire de collaboration.
Exploration de données pour construire l'interactome de l'ataxie (littérature, bases de données) ; création et adaptation d'ataxiaXplorer (langages de programmation JavaScript, Python, R) pour les données ARN-seq unicellulaires ; visualisation de données à l'aide de D3.js ou de bibliothèques similaires ; analyse de données -omiques de données ARN-seq et ARN-seq unicellulaires provenant de modèles de souris CA ; intégration de données -omiques (ARN-seq, scRNA-seq, métabolomique, phénotype) à l'aide d'ataxiaXplorer et d'autres outils.
Programmation en Python, JavaScript, R ; statistiques ; techniques d'intégration de données ; techniques de visualisation de données ; bonnes compétences en communication et en relations interpersonnelles pour travailler dans une équipe interdisciplinaire de chercheurs et de groupes. La langue de travail dans notre équipe est l'anglais, donc de bonnes compétences orales et écrites en anglais sont obligatoires.

Contexte de travail

L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 240 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au sein de l'équipe équipe « Biologie computationnelle » dirigée par Bianca Habermann.

L'équipe étant composée de plusieurs nationalités, la pratique de la langue anglaise est indispensable.

Contraintes et risques

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