Description du sujet de thèse

Explorez comment les bactéries dégradent les acides gras (AG) pour produire de l'énergie et survivre dans divers environnements. Ce projet interdisciplinaire combine l'analyse phylogénétique, la modélisation métabolique et les données expérimentales afin de découvrir le rôle des voies de dégradation des AG dans le mode de vie des bactéries. La recherche se concentrera sur Escherichia coli et Myxococcus xanthus afin d'étudier les mécanismes de prédation et de survie en cas de famine.
Vous effectuerez des analyses computationnelles, notamment la modélisation phylogénétique et structurelle des enzymes dégradant les AG, et vous construirez et affinerez des modèles métaboliques à l'aide d'outils tels que FBA et DEMETER. Vous collaborerez également étroitement avec des partenaires expérimentaux menant des études en laboratoire et synthétiserez les données afin de comprendre les rôles fonctionnels des voies de dégradation des AG.
Vous devez avoir une formation en biologie computationnelle, en bio-informatique ou dans des domaines connexes, ainsi qu'une expérience ou un intérêt marqué pour l'analyse phylogénétique et/ou la modélisation métabolique. Vous devez également avoir l'esprit d'équipe, d'excellentes compétences en communication pour la collaboration interdisciplinaire et une maîtrise parfaite de l'anglais.

Contexte de travail

L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 220 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au sein de l’équipe "Biologie computationnelle" dirigée par Bianca HABERMANN .
Notre équipe est composée de 3 chercheurs, 3 doctorants et 1 ingénieur.
Le laboratoire étant composé de plusieurs nationalités, la pratique de la langue anglaise est indispensable.

Contraintes et risques

Il n'y a aucune contrainte ni aucun risque associés à ce projet.