Description du sujet de thèse

Missions
Le doctorant contribuera à l'analyse bioinformatique des génomes de Saccharomyces et des communautés microbiennes associées. Ceci inclut à la fois la génomique des populations et l'analyse métagénomique.
Activités
- Appliquer et développer des pipelines informatiques pour l'analyse du génome de la levure et du métagénome.
- Analyser des ensembles de données génomiques à grande échelle pour tous les types de variations génomiques (SNP, CNV, SV, etc.).
- Analyse des variations génomiques et prédiction de leur impact fonctionnel
- Analyse de la composition de la communauté microbienne à partir d'échantillons environnementaux en utilisant le séquençage à lecture longue et le métabarcoding.

Compétences attendues
Le poste est ouvert aux personnes intéressées par les analyses génomiques. Une expérience préalable en bioinformatique, statistiques, programmation et de solides connaissances en biologie informatique sont essentielles. Il est attendu du candidat qu'il développe des pipelines avancés et qu'il soit capable d'analyser des ensembles de données à grande échelle.
Connaissances :
- Connaissance approfondie de la génétique de la levure et de l'analyse du génome.
- Connaissance approfondie de la programmation informatique (R, Unix, Python, HTML).
- Connaissance approfondie de l'analyse statistique.
- Collecte, analyse et traitement des données (connaissances approfondies).
- Connaissance de la microbiologie et de la biologie moléculaire
- Langue anglaise : B1 à B2 (Cadre européen commun de référence pour les langues)

Compétences opérationnelles :
- Traiter des données génomiques de grande taille
- contribuer à la maintenance des infrastructures bioinformatiques de l'équipe
- Contribuer à la vie scientifique de l'équipe et à l'interaction étroite avec les autres membres.
- Rendre compte de son activité au chef d'équipe
- présenter des données lors de réunions de laboratoire
- Rédiger des articles scientifiques et participer à des demandes de subventions

Contexte de travail

Le doctorant sera affecté à l'équipe du Dr Gianni LITI « Génomique des populations et traits complexes ». L'équipe est l'une des équipes fondatrices de l'IRCAN et est située à la Faculté de Médecine de Nice. L'équipe dispose de tout l'équipement nécessaire pour les expériences de génétique et de génomique de la levure et a accès à des installations de pointe pour la microscopie, la cytométrie et la génomique, ainsi qu'à des serveurs de calcul et de stockage.

Contraintes et risques

Ce poste est purement bioinformatique et nécessite l'utilisation à plein temps d'un ordinateur, avec les risques que cela comporte.