Description du sujet de thèse

La bactérie E. coli est retrouvée dans divers habitats naturels auxquels elle doit s’adapter. La réponse générale au stress est une réponse adaptative majeure médiée par le facteur sigma alternatif RpoS. RpoS contrôle l’expression de ~500 gènes impliqués dans des processus responsables de problèmes majeurs de santé publique tels que la virulence, la formation de biofilm, la résistance aux antibiotiques et la persistance. Cependant, les connaissances actuelles
sur RpoS reposent principalement sur des études menées sur des souches de laboratoire atténuées d’E. coli, sous-estimant ainsi le rôle de ce régulateur dans l’adaptation bactérienne.
Afin d’appréhender pleinement le rôle de RpoS, il est essentiel de mener ces études dans des isolats naturels d’E. coli (commensales, environnementales et pathogènes). La quantité de RpoS est contrôlée au niveau post-traductionnel par des protéines anti-adaptatrices qui le protègent de la protéolyse. Le/la doctorante recruté(e) aura donc pour objectif de caractériser cette famille de protéines. Dans un premier temps, il/elle identifiera et caractérisera l’ensemble des protéines anti-adaptatrices et leur réseau de régulation dans la bactérie modèle E. coli K-12. Dans un deuxième temps, le/la doctorant(e) étudiera l’impact de ces protéines sur la stabilisation de RpoS et l’adaptation au stress à partir d’isolats représentatifs
de la diversité d’E. coli. Pour cette partie du projet, les souches étudiées seront sélectionnées en fonction des résultats d’une étude phylogénomique menée par l’un des partenaires de l’ANR.

Contexte de travail

Le doctorant / la doctorant(e) travaillera au sein de l'UMR 7283 Laboratoire de Chimie Bactérienne situé sur le campus Joseph Aiguier dans le 9° arrondissement de Marseille.
Le LCB est composé de 100 agents répartis en 14 équipes.
Au sein de l’équipe dirigée par Etienne Maisonneuve, le doctorant / la doctorante sera encadré/encadrée par Aurélia Battesti, Maitre de conférences à Aix-Marseille Université. Il/elle participera à un projet ANR
collaboratif portant sur le rôle de protéines anti-adaptatrices dans la mise en place de la réponse générale au stress chez des isolats naturels d’E. coli