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Etude du contrôle de l'expression des gènes cibles des morphogènes Nodal et BMP : apport de l'ATAC-seq H/F

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Informations générales

Référence : UMR7277-THILEP-001
Lieu de travail : NICE
Date de publication : mardi 6 novembre 2018
Nom du responsable scientifique : Thierry Lepage
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 21 novembre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 1 768,55 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les morphogènes Nodal et BMP2/4 appartiennent à la superfamille des TGF-beta. Ces facteurs de signalisation intercellulaire jouent un rôle clé pendant le développement embryonnaire et l'homéostasie, mais la manière dont les cellules décryptent ces gradients de morphogènes et la façon dont ils sont interprétés au niveau des séquences de régulation des gènes cibles n'est pas bien comprise. Une meilleure compréhension de ces mécanismes passe par donc par l'identification et l'analyse de ces séquences de régulation. La technique ATAC-seq (Assays for Transposase Accessible Chromatin permet d'identifier les modules de régulation contrôlant l'expression d'un gène. Dans le but d'étudier les séquences de régulation des gènes cibles de Nodal et BMP2/4, notre laboratoire a récemment généré des données ATAC-seq. Des banques ont été construites et séquencées à partir d'embryons de type sauvage à six stades de développement et à partir d'embryons chez lesquels les voies de signalisation de Nodal e/ou BMP3/4 ont été suractivées ou inhibées. De plus, nous avons récemment obtenu un assemblage de haute qualité de la séquence du génome de l'oursin Méditerranéen, Paracentrotus lividus, qui est notre modèle d'étude. La disponibilité de ces ressources ainsi que celle de la séquence du génome de plusieurs espèces oursins offrent une occasion unique d'étudier l'architecture, la logique d'activation et la conservation au cours de l'évolution des modules de régulation en cis des gènes cibles Nodal et BMP2 / 4.
Le projet portera donc sur l'identification, l'annotation et la validation des modules de régulation cis des gènes cibles Nodal et BMP2 / 4, ainsi que sur l'exploration des modifications épigénétique associées à la signalisation par les TGF-beta Nodal et BMP2/4. Un objectif spécifique sera de rechercher des motifs conservés dans les modules de régulation des gènes cibles de Nodal et BMP2/4 et d'identifier les facteurs de transcription qui se lient à ces motifs conservés. Ce projet offre une occasion unique d'étudier comment les gradients des morphogènes Nodal et BMP2/4 sont décodés au niveau des modules de régulation cis de leurs gènes cibles et comment l'accessibilité de la chromatine est modulée au cours du processus de spécification et de détermination du destin cellulaire.
De préférence, les candidats devraient avoir obtenu leur diplôme de master récemment. Ils devraient avoir une solide
formation en bioinformatique et une compréhension des questions liées à la signalisation cellulaire, à la spécification du destin cellulaire et à la régulation de la transcription. Les candidats nationaux et internationaux sont encouragés à postuler. Les candidats intéressés doivent envoyer un Curriculum Vitae, un résumé des intérêts et des objectifs de la recherche et les coordonnées de deux personnes de référence.

Contexte de travail

L'équipe "Réseaux de régulation génique, spécification d'axes et morphogenèse de l'embryon d'oursin" fait partie de l'Institut de biologie Valrose à Nice.
Le domaine de recherche de cette équipe concerne l'étude des mécanismes de spécification des axes embryonnaies et l'analyse des réseaux génétiques activés par les mophogènes Nodal BMP2/4. (voir les publications récentes Lapraz F, Haillot E, and Lepage,T – 2015 - A deuterostome origin of the Spemann organiser suggested by Nodal and ADMPs functions in Echinoderms; Nature communications and Molina MD, Quirin M, Haillot E, De Crozé N, Range R, Rouel M, Jimenez F, Amrouche R, Chessel A, Lepage T- MAPK and GSK3/ß-TRCP-mediated degradation of the maternal Ets domain transcriptional repressor Yan/Tel controls the spatial expression of nodal in the sea urchin embryo- PLOS genetics 2018 Sep 17;14(9).

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