Description du sujet de thèse

Un défi majeur en biologie contemporaine consiste à comprendre comment la variation génétique interagit avec les facteurs environnementaux pour façonner le développement et influencer la susceptibilité aux maladies. Ce projet de doctorat, financé par la FRM, vise à disséquer les mécanismes moléculaires sous-jacents aux interactions génotype-environnement dans la régulation des cellules souches, en utilisant le système germinal du nématode Caenorhabditis elegans comme modèle. Ce système est strictement régulé par la voie de signalisation Delta-Notch, hautement conservée.

Le projet s’articule autour de deux objectifs principaux :

Caractériser comment la variation génétique naturelle et les conditions environnementales interagissent pour moduler la signalisation Delta-Notch et l’activité du niche des cellules souches.

Introduire des mutations ciblées dans un panel de fonds génétiques diversifiés, afin d’identifier de nouveaux allèles influençant la pénétrance et l’expressivité de ces mutations, en se concentrant particulièrement sur les variantes capables de supprimer la prolifération excessive des cellules germinales.

Ces approches complémentaires permettront au doctorant de comprendre comment la diversité allélique naturelle module les réponses au stress environnemental et aux perturbations génétiques, et d’identifier des modificateurs génétiques de l’activité du niche des cellules souches germinales. Plus largement, le projet offrira des pistes pour expliquer pourquoi certains individus sont plus sensibles aux changements environnementaux et pourquoi certaines mutations génétiques conduisent à des résultats phénotypiques variables selon le contexte génétique. Cette recherche interdisciplinaire combine génétique, biologie moléculaire, bioinformatique et biologie du développement, et s’adresse idéalement aux candidats intéressés par les interactions gène-environnement, la génétique des maladies et la régulation des cellules souches.

Contexte de travail

Formation & parcours académique :
Master en biologie évolutive, génétique, biologie moléculaire, biologie du développement ou domaine connexe.
Solide compréhension de la génétique quantitative, biologie du développement, et bioinformatique.
Compétences techniques :
Expérience préalable (ou forte motivation à apprendre) en travail avec Caenorhabditis elegans.
Maîtrise des techniques de génétique moléculaire : mutagenèse, clonage, PCR, CRISPR/Cas9, etc.
Compétences en microscopie, notamment pour l’analyse des lignées germinales.
Connaissances en analyses statistiques et bioinformatiques pour le traitement de données génétiques.
Capacité à gérer des expériences à haut débit, notamment sur des panels de souches génétiques variées.
Compétences transversales :
Autonomie, rigueur scientifique, capacité d’analyse critique.
Goût pour le travail collaboratif en équipe interdisciplinaire.
Bonne capacité de rédaction et de communication scientifique.
Langue :
Excellente maîtrise de l’anglais, tant à l’écrit qu’à l’oral (niveau équivalent B2 minimum, C1 recommandé).
Le français n’est pas requis, mais l’envie de s’intégrer dans un environnement francophone est un plus.

Équipe d’accueil
Le doctorant ou la doctorante intégrera l’équipe dirigée par Christian Braendle, intitulée « Interactions gène-environnement dans le développement et l’évolution ».
Cette équipe fait partie de l’Institut de Biologie Valrose (iBV) — une unité mixte de recherche CNRS / INSERM U1091 / Université Côte d’Azur.
http://ibv.unice.fr/research-team/braendle/

Le laboratoire est situé au cœur du Parc Valrose, sur le campus de la Faculté des Sciences de l’Université de Nice (Université Côte d’Azur), à Nice (06100).

Contraintes et risques

Le poste comporte certaines contraintes liées à l’environnement de travail en laboratoire :
- Activités en laboratoire nécessitant le respect des règles d’hygiène et de sécurité en vigueur.
- Manipulation de réactifs courants dans un cadre sécurisé, selon des protocoles standardisés.
- Port d’équipements de protection individuelle (gants, blouse, lunettes) requis selon les procédures établies.