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Contrat Doctoral H/F pour étude de l'effet des perturbateurs endocriniens sur les microbiotes

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Informations générales

Référence : UMR7267-JEABER0-001
Lieu de travail : POITIERS
Date de publication : lundi 11 mai 2020
Nom du responsable scientifique : Jean-Marc Berjeaud
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Le doctorant sera chargé de réaliser l'ensemble des expérimentations nécessaires à la détermination de l'effet de trois types de perturbateurs endocriniens (PEs) sur la virulence des bactéries pathogènes Il participera également à l'évaluation de l'effet des PEs sur la survie des bactéries des microbiotes. Il sera ainsi encadré par les membres de l'équipe Microbiologie de l'Eau du laboratoire EBI (UMR7267) pour l'ensemble des manipulations de biologie moléculaire et de microbiologie et par ceux de l'équipe HEDEX du CIC du CHU de Poitiers pour les dosages biochimiques de facteurs de virulence.
Les pays industrialisés sont aujourd'hui confrontés à la présence de micropolluants organiques dans les milieux dont les origines sont diverses : par exemple, les pesticides provenant de l'agriculture, du désherbage ou des rejets industriels ; les hydrocarbures polycycliques aromatiques provenant de la combustion incomplète de composés organiques et produits pétroliers ou des usines d'incinération. Parmi ces polluants, certains sont connus pour être PEs, c'est-à-dire capables de modifier le fonctionnement du système hormonal d'un organisme. Ces molécules interagissent ainsi avec le métabolisme humain et peuvent affecter les grandes fonctions de reproduction, croissance et développement, maintien de l'homéostasie interne, disponibilité énergétique.
Cependant, les PEs pourraient également agir directement sur les bactéries. Soit en interagissant avec les microorganismes et ainsi augmenter leur virulence ou leur résistance aux antibiotiques. En outre, certains PEs ont montré une activité antimicrobienne ce qui pourrait entrainer lors de l'exposition à ces molécules une modification de composition des microbiotes pouvant éventuellement générer un déséquilibre ou dysbiose.
Ainsi, l'exposition aux PEs peut affecter la santé humaine non seulement directement, mais également en agissant sur la physiologie des bactéries ce qui pourrait augmenter la pathogénicité de certaines conduisant à l'augmentation des infections par des mécanismes moléculaires encore non élucidés. Enfin, ils pourraient également participer à la sélection au sein du microbiote de microorganismes dont l'accroissement pourrait avoir un effet délétère.
Dans le projet de recherche proposé (intitulé MicrobiotE, polluAnt Santé Environnement - MEnASE) nous avons choisi d'étudier l'effet de trois types de PEs présents dans l'eau et constituent ainsi des sources potentielles importantes d'exposition humaine via l'alimentation, l'hygiène ou même l'inhalation de gouttelettes d'aérosols. Ces PEs peuvent alors se retrouver en contact direct avec divers microbiotes humains notamment intestinaux, cutanés et pulmonaires.
L'objectif général du projet MEnASE, qui sera mené en partenariat par trois équipes de chimie, épidémiologie et microbiologie consiste à identifier les risques liés à l'exposition aux perturbateurs endocriniens en termes de réponse de constituants bactériens, commensaux et pathogènes, de trois microbiotes humains, cutané, pulmonaire et intestinal, après avoir réalisé une cartographie des PEs de ressources locales en eau et établi l'exposome aux PEs des populations concernées.

Contexte de travail

La thèse se déroulera au CNRS. Au laboratoire Ecologie & Biologie des Interactions (EBI), UMR7267 à Poitiers. EBI est constitué de 83 membres dont 60 permanents (Chercheurs, enseignants-chercheurs, personnels d'appui à la recherche), 5 chercheurs non permanents, 5 personnels d'appui en CDD et 13 doctorants. Il comprend trois équipes dont les modèles biologiques sont différents, arthropodes pour EES, plantes pour SEVE et Microorganismes pour MDE. Les thématiques principales du laboratoire sont l'étude des interactions hôte-microorganismes et des interactions entre organismes et milieux. Le Doctorant sera accueilli dans l'équipe MDE, sous le responsabilité de la responsable de l'équipe et sera encadré par deux membres de l'équipe, dont le porteur du projet MEnASE.

Contraintes et risques

Manipulation de bactéries pathogènes de classe 2.

Informations complémentaires

Les compétences attendues du futur doctorant sont la microbiologie générale et moléculaire. Des connaissances pratiques des méthodes de dosages biochimiques seraient un plus.
La date limite de dépôt des candidatures est le 29 mai 2020.

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