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H/F Thèse sur la Biodiversité et phylogénétique des éponges Homoscleromorpha

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 31 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : H/F Thèse sur la Biodiversité et phylogénétique des éponges Homoscleromorpha
Référence : UMR7263-KHEBOU-043
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 07
Date de publication : mercredi 10 juillet 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

Description du sujet de thèse

Au cours des 15 dernières années, l'exploration d'habitats peu accessibles dans des régions isolées a permis d'améliorer considérablement la connaissance sur la biodiversité de certains groupes d'éponges. Les éponges Homoscleromorpha constituent une petite classe très largement distribuée dans des habitats obscurs, de type grottes sous-marines. Cette classe est composée d'un seul ordre et de deux familles, connaissant un des taux de nouvelles descriptions les plus rapides. Aujourd’hui, la majorité de la connaissance sur la diversité de ce groupe concerne la Mer Méditerranée et la région Caraïbe. A la faveur de différentes campagnes océanographiques, il a été possible d’acquérir un grand nombre d’échantillons provenant de régions méconnues de l’océan mondial. L’équipe NEMO et ses collaborateurs du programme franco-brésilien MARRIO dispose aujourd’hui d’une collection d’Homoscleromorpha couvrant la Méditerranée, les Caraïbes, l’Atlantique Est et Ouest sub-tropical, l’Atlantique du Nord-Est, l'Océan Pacifique, et l'Océan Indien.
Au cours de la dernière décennie, ce type de matériel a non seulement permis à notre équipe de décrire de nouveaux taxons, mais également de bouleverser significativement la systématique de ce groupe. Néanmoins les difficultés des taxonomies traditionnelle (basée sur des caractères morphologiques souvent absents ou trop polymorphes) et moléculaire (avec des problèmes récurrents d'amplification d'ADN et de résolution des marqueurs génétiques traditionnels) font que chaque étude d'une nouvelle collection représente un véritable défi et qu’il est actuellement impossible de raconter les processus évolutifs qui ont conduit à la biodiversité actuelle.

Objectif 1 : Description d’éponges nouvelles par une approche de taxonomie intégrative
Le premier objectif de cette thèse sera d'étudier des collections d’Homoscleromorpha majoritairement récoltées dans des grottes de l’Archipel du Cap Vert, de Mayotte, de la Réunion et de Madagascar parmi lesquelles se trouvent un très fort pourcentage d’espèces nouvelles. En complément, le doctorant reverra la position taxonomique de certaines espèces de Méditerranée et du NE Atlantique. Cet objectif de la thèse conduira à plusieurs publications de description de taxons nouveaux pour la science ou de révision de certains autres. Par ailleurs, il conduira également à la première analyse biogéographique de la diversité des Homoscleromorpha à l’échelle mondiale.

Objectif 2 : Analyse phylogénétique des Homoscleromorpha
Le deuxième objectif sera de produire une phylogénie robuste, basée sur l'utilisation d'au moins deux marqueurs moléculaires (une partie des séquences déjà acquise) et de différents jeux de données phénotypiques. Pour se faire, on s’appuiera sur d’autres collections d’échantillons préalablement identifiés (Pacifique, Caraïbes et Méditerranée)., le candidat appliquera à une sélection d’espèces réparties parmi les différents genres connus au sein des Homoscleromorpha une approche NGS. La technique de Restriction site Associated DNA (RAD) tag sequencing sera privilégiée, une technique qui permettra d’identifier et de génotyper des polymorphismes de séquence d’ADN beaucoup plus longues dans de nombreux échantillons pour un coût moins élevé que le séquençage de génome total, et ce, sans avoir besoin d’un génome de référence. Si un nombre suffisant devenait disponible dans le courant de la thèse, le doctorant pourra également s’appuyer sur la production de génomes complets dans le cadre de différents programmes auxquels participent l’équipe d’accueil (Sanger AGS, PEPR ATLASea).

Contexte de travail

Compétences requises : Gout pour les sciences naturelles et l’observation de la diversité du vivant, et bonne connaissance de la classification des Métazoaires, avec idéalement une expérience dans la pratique de la taxonomie des éponges. Approches morphologiques : préparation de coupes de charpentes squelettiques, de spicules dissociés, et de coupes cytologiques. Approches moléculaires : extraction d’ADN, PCR et construction d’arbres phylogénétiques. Dans le courant de la thèse, le candidat sera formé aux méthodes d’analyse de données génomiques.

Activités assurées par le doctorant : Les échantillons d’éponge ont été acquis au cours de plusieurs campagnes d’échantillonnage, et une bonne partie des analyses génétiques a déjà été réalisée (PCR, séquençages, début d’alignement). Aussi, le travail portera majoritairement sur les analyses morphométriques, puis de génomiques. Il s’agira de réaliser des préparations du squelette des éponges de manière à conduire des observations au microscope optique et électronique. Pour certains cas particuliers, le(la) doctorant(e) devra suivre les différentes étapes de préparation pour des études cytologiques. Sous la direction de T. Pérez, il interprétera les différents jeux de données morphologiques pour réaliser les descriptions des échantillons en s’appuyant sur la littérature. Il recevra une formation théorique et pratique en biologie moléculaire, et pourra être amené à reproduire certaines extractions d’ADN et PCR. Enfin, il réalisera des arbres phylogénétiques, basés sur un ou deux marqueurs, et raisonnera selon une approche intégrative pour statuer sur l’identité de chacun des échantillons. Le doctorant bénéficiera de l’encadrement scientifique de l’équipe NEMO dans laquelle plusieurs chercheurs ont une bonne expérience dans la biologie et la taxonomie des Homoscleromorpha. Il sera co-dirigé par C. Fauvelot (DR IRD, Entropie) pour l’application des approches NGS. Enfin, ce travail s’inscrit dans le cadre d’une collaboration internationale avec le Cap Vert et le Brésil, aussi le doctorant pourrait aussi avoir à interagir avec des étudiants et chercheurs de ces deux pays, et pourra avoir à réaliser un séjour dans un laboratoire partenaire du Brésil.

Programmes de recherche
• Programme Biodiversa+ SponBIODIV : Marine sponge biodiversity from genes to ecosystems: delivering knowledge and tools for sustainable management and conservation
• Programme AMIDEX International MARRIO: MARseille to RIO: MARine biodiversity under global change scenaRIOs

Contraintes et risques

Idéalement, le candidat devra être apte à l’embarquement et à la plongée scientifique pour participer aux travaux de terrain complémentaires.