Description du sujet de thèse

Un poste de doctorant est à pourvoir dans l'équipe Viral replicase structure and Function au laboratoire AFMB (https://www.afmb.univ-mrs.fr/en/) (Aix Marseille Université et CNRS), à MARSEILLE France. Le poste sera entièrement financé par NidoRep, une subvention de démarrage du Conseil européen de la recherche (ERC) dirigée par le Dr Ashleigh Shannon (chercheur principal (PI)), avec des contrats gérés par le CNRS. Le candidat sera co-supervisé par le Dr Bruno Canard
Le projet explorera comment des virus distincts de l'ordre des Nidovirales régulent la réplication virale au niveau structurel et fonctionnel. Les nidovirus représentent un groupe intrigant de virus à ARN positif, dont les génomes de tailles diverses (11-41 kb) reflètent une longue histoire d'adaptation à des niches spécifiques. Ils restent pour la plupart négligés, à l'exception de la famille des Coronaviridae (CoV) à grand génome (32 kb), qui comprend le célèbre pathogène humain SARS-CoV-2. À l'autre extrémité du spectre de taille se trouve la famille des Arteriviridae (ArV) à petit génome (11 kb), un groupe peu étudié d'agents pathogènes prévalents qui infectent les animaux et qui représentent une menace importante de propagation à l'homme.
NidoRep vise à décrypter l'évolution structurelle et fonctionnelle d'enzymes virales spécifiques des familles CoV et ArV. Il se concentrera plus particulièrement sur le complexe de transcription et de réplication virale (RTC), au cœur duquel se trouve l'ARN polymérase et son domaine N-terminal unique, connu sous le nom de NiRAN.

Contexte de travail

L'AFMB est un centre de recherche en biologie structurale et en protéomique, composé de cinq équipes de recherche distinctes et soutenu par des plateformes techniques de pointe et divers services, notamment le clonage parallèle et robotisé, l'expression, la purification et la cristallisation, la cryo-EM, la bioinformatique, le criblage antiviral, ainsi que la conception et la synthèse de médicaments.
Les candidats formeront une équipe composée de deux étudiants en doctorat, d'un post-doctorant, d'un technicien de recherche (ingénieur) et du chercheur principal (Ashleigh Shannon), dans le cadre de l'équipe plus large des réplicases virales : Structure, fonction et conception de médicaments du Dr Bruno Canard. À ce titre, ils auront accès à des équipements supplémentaires spécialisés dans l'étude des enzymes virales nécessaires à la recherche prévue, notamment un laboratoire de radioactivité, des dispositifs de séquençage et divers équipements de biochimie pour mesurer l'activité enzymatique.
Nous recherchons des personnes très motivées et collaboratives, désireuses d'améliorer leurs connaissances dans les domaines de la biologie structurale et de la biochimie.
Le projet comprendra le clonage, la mutagenèse, l'expression et la purification de protéines et des études d'activité fonctionnelle avec des protéines purifiées, ainsi que la caractérisation structurelle par cristallographie ou CryoEM (plates-formes disponibles sur place). Les études fonctionnelles peuvent inclure des travaux avec la radioactivité (H3, P32), qui sont effectués dans un laboratoire de type L2, sous réserve de restrictions (examen médical et autorisation préalable).
Exigences spécifiques
- Master ou équivalent (dans les domaines de la biologie structurale, de la biologie moléculaire, de la biochimie ou dans un domaine connexe).
- Connaissances de base et expérience en cristallographie ou CryoEM (ou SAXS).
- Expérience de la manipulation de l'ADN/ARN (clonage, mutagenèse, PCR).
- Expérience de l'expression et de la purification de protéines, de préférence à l'aide d'un système bactérien (E.coli).
- La connaissance d'autres techniques de chimie/biochimie, telles que LC/MS, SEC-MALS, co-immunoprécipitation, réticulation, western blots, ITC, BLI, MST, est fortement souhaitée.
- Bonne aptitude à la communication orale et écrite en anglais et/ou en français.

Contraintes et risques

Une partie du matériel de la plateforme de criblage est situé dans un laboratoire de type L2, ou est manipulé de la radioactivité (H3, P32) et dont l’accès est soumis à des restrictions (visite médicale et autorisation préalable). Le laboratoire est également habilité OGM/MOTs. Le doctorat/la doctorate devra pouvoir remplir ces critères d’habilitation même s’il/elle n’aura pas à manipuler de radioactivité et/ou de MOTs. En raison des équipements matériels spécifiques nécessaires à l’exercice de l’activité, le télétravail n’est pas éligible.