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Thèse : Quels sont les mécanismes de résistance des microalgues du phytoplancton aux virus (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 8 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR7232-DIDPEU-016
Lieu de travail : BANYULS SUR MER
Date de publication : vendredi 17 juin 2022
Nom du responsable scientifique : YAU Sheree
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La moitié de l'activité photosynthétique sur Terre a lieu dans les océans et est assurée par le phytoplancton, qui abrite une grande diversité de microalgues, mais aussi des virus les infectant. Parmi eux, les virus ADN "géants" sont une cause majeure de mortalité des microalgues du phytoplancton. Les virus modulent donc ces populations et les cycles biogéochimiques. Les microalgues de diverses lignées (chlorophytes, haptophytes, dinoflagellées et diatomées) développent une résistance aux virus. Ainsi, après une lyse induite par le virus et un déclin de la population, les cellules résistantes au virus prennent le relai [1,2]. Ces cellules ne lysent plus lorsqu'elles sont à nouveau confrontées au virus initial. Malgré leur importance écologique, on ne sait presque rien des mécanismes moléculaires qui interviennent dans l'émergence de la résistance antivirale. Les Ostreococcus sont des picoalgues vertes de la taille d'une bactérie (1 μm) qui prédominent dans les eaux côtières. La possibilité de cultiver et d'effectuer facilement de la génomique fonctionnelle sur les Ostreococcus et leurs prasinovirus "géants" en fait un système remarquable pour découvrir les bases moléculaires des interactions microalgues-virus. Des études fondamentales indiquent que la résistance aux virus chez Ostreococcus est liée à des changements structurels concentrés sur un chromosome dit "outlier" [3-5}, qui présente en outre une structure bipartite, une région codant les gènes surexprimés dans les cellules résistantes aux virus [4].
Les objectifs de ce projet doctoral sont donc les suivants :
1) Elucider la dynamique du génome du chromosome hypervariable "aberrant" codant les gènes de résistance candidats.
2) Identifier les facteurs régulant le modèle d'expression génique bipartite inhabituel en suivant les changements d'expression dans les lignées cellulaires sensibles et résistantes, ainsi que pendant l'infection.
3) Valider la fonction des éléments régulateurs par manipulation génétique et dépistage de la dérégulation de la résistance antivirale.

Contexte de travail

Ce projet sera réalisé au sein de l'équipe de Génomique évolutive et environnementale du phytoplancton (Genophy) dans l'UMR7232 à Banyuls sur mer. Il s'insère dans le cadre d'une collaboration Weizmann-CNRS Israël-France entre les équipes Genophy (CNRS) et Vardi (Weizmann). Le/la doctorant.e bénéficiera à ce titre d'un financement consacré aux frais de mobilité.

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