Description du sujet de thèse

Développement d’approches de spectrométrie de masse structurale pour la caractérisation des interactions protéine.
La thèse sera rattachée à l'Ecole Doctorale des Sciences Chimiques de l'Université de Strasbourg (ED222).
Objectifs de la thèse : L’objectif de cette thèse sera de développer des méthodes de spectrométrie de masse structurale, principalement basées sur la spectrométrie de masse native (nMS) et le cross-linking (XL-MS), pour la caractérisation des complexes protéine/ARN et protéine/ADN.

Les approches de spectrométrie de masse structurale (MS) se sont imposées comme des techniques clés pour la caractérisation in vitro des complexes protéine/ADN ou protéine/ARN. La spectrométrie de masse native permet la mesure de la masse d’assemblages non covalents intacts, offrant une détermination rapide et précise des stœchiométries. L’échange hydrogène/deutérium couplé à la MS (HDX-MS) révèle les régions protéiques affectées par la liaison aux acides nucléiques, mais ne fournit pas d’informations sur l’ADN ou l’ARN. Enfin, les approches de spectrométrie de masse couplées au cross-linking (XL-MS) apparaissent comme les méthodes les plus puissantes pour obtenir des informations à la fois sur la protéine et l’acide nucléique. Cependant, bien que le XL-MS ait gagné en maturité et popularité dans l’étude des interactions protéine/protéine, il reste encore peu utilisé pour caractériser les complexes protéine/ADN ou protéine/ARN, principalement en raison de la complexité des workflows analytiques et bioinformatiques.
Le projet NAProtXLMS vise à :
1) Synthétiser de nouveaux réactifs de cross-linking chimiques, basés sur le repositionnement de médicaments utilisés en thérapie, en sondes multifonctionnelles de cross-linking, et les comparer à la méthode de référence UV-XL.
2) Développer des workflows analytiques protéomiques sensibles et robustes basés sur la MS, pour le cross-linking chimique protéine/ADN et protéine/ARN, en mettant au point de nouvelles méthodes LC-MS/MS pour améliorer l’enrichissement, la séparation et l’identification des conjugués Peptide-Oligo in vitro et in vivo.
3) Évaluer les nouveaux workflows XL-MS non seulement sur des échantillons commerciaux de référence, mais aussi sur deux systèmes modèles bien caractérisés (récepteurs nucléaires/ADN et ribonucléoprotéines/ARN), afin d’obtenir une caractérisation plus exhaustive et complète de leur rôle dans les processus biologiques.
L’objectif de cette thèse sera donc de développer de nouvelles approches XL-MS pour la caractérisation des complexes protéine/acides nucléiques. En collaboration avec des chimistes, de nouveaux réactifs chimiques de cross-linking pour les complexes protéine/acide nucléique seront développés et évalués. Toutes les étapes du workflow XL-MS — incluant la réaction de pontage chimique, les digestions enzymatiques, les méthodes MS et le traitement des données pour l’identification des cross-links peptide/acide nucléique — devront être optimisées. Ce travail de thèse permettra au doctorant d’utiliser des instruments de spectrométrie de masse de dernière génération (Eclipse Tribrid Orbitrap, TimsTOF). La méthodologie sera appliquée dans le cadre de plusieurs collaborations associées à un projet ANR.

Contexte de travail

L’Institut Pluridisciplinaire Hubert CURIEN (IPHC), unité mixte de recherche sous cotutelle du CNRS et de l’Université de Strasbourg (UMR7178), est un laboratoire pluridisciplinaire où des équipes de recherche de cultures scientifiques différentes (écologie, physiologie et éthologie, chimie et physique subatomique) développent des programmes de très haut niveau avec pour socle l’instrumentation scientifique. L'IPHC est structuré en 3 départements et comptabilise un effectif total de 393 agents (H/F) dont 257 agents permanents (soit 119 chercheurs et enseignants-chercheurs et 138 ingénieurs et techniciens H/F), 46 agents en CDD et 102 doctorants H/F.
Le candidat (H/F) intègrera l'équipe "Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique" (LSMBO) de l’IPHC composée de 9 chercheurs et enseignants-chercheurs (H/F), de 11 ingénieurs (H/F), de post-doctorants et de doctorants et pourra bénéficier de l'ensemble des conditions matérielles (instrumentation LC-MS/MS), humaines (partage d'expertises) et informatiques (accès à l'ensemble des outils logiciels pour le traitement des données LC-MS/MS), nécessaires à la bonne réalisation de ce projet de thèse.

Le candidat (H/F) devra :
- être titulaire d'un diplôme d'un master en sciences,
- avoir de solides connaissances de la biochimie des protéines, de la spectrométrie de masse et de la chomatographie
- avoir une expérience antérieure en spectrométrie de masse et en chromatographie requise. Une expérience en MS des peptides et des protéines ou en HDX-MS sera un atout majeur.
- Maîtriser l'anglais à l'écrit et à l'oral (de niveau B2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues) afin d'être en mesure de rédiger des rapports de résultats et de les présenter lors de réunions et de conférences.
Le contexte multidisciplinaire et collaboratif de ce projet nécessite que Le candidat (H/F) ait une forte motivation, une curiosité pour élargir son domaine d'expertise, une autonomie et une capacité à travailler en équipe avec de fortes contraintes pour respecter les délais.
Le candidat (H/F) bénéficiera de l'accès à un restaurant administratif, d'une prise en charge partielle des titres de transport, d'un comité d'entreprise, la possibilité de télétravail pour une partie des activités et de formations pour l'adaptation au poste de travail.


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

-Travail occasionnel en horaire décalé.
-Travail dans un environnement certifié ISO 9001