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Doctorat H/F dans le cadre du projet HIGH PASM

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 27 septembre 2021

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Informations générales

Référence : UMR6266-RAPCAM-002
Lieu de travail : MONT ST AIGNAN
Date de publication : lundi 6 septembre 2021
Nom du responsable scientifique : Emmanuel ELIOT
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 15 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

L'émergence et la réémergence d'agents pathogènes humains offrent la possibilité d'examiner l'évolution des agents pathogènes dans l'espace et le temps en relation avec les interactions entre les populations et les facteurs environnementaux et de comprendre comment les interactions entre l'homme et l'environnement influencent les caractéristiques pathogènes.
À Chypre, le paludisme était endémique jusqu'en 1967, date à laquelle l'île a été déclarée exempte de paludisme. Depuis la fin du 19ème siècle, le paludisme était un enjeu majeur de la politique coloniale, et notamment de son éradication. (Shelley, H. et Aziz, M. 1949). Malgré de récentes épidémies localisées (Emms H., 2020), la situation est aujourd'hui sous contrôle. Le Plasmodium, le parasite responsable du paludisme, a été un puissant agent sélectif dans l'évolution des populations (Nau J-Y., 2008). À la fin du XIXe siècle, le paludisme était endémique sur un tiers du pays, où vivait 10 % de la population, et deux millions d'hectares de terres n'étaient pas cultivés à cause du paludisme (Dagen M., 2020). Les hémoglobinopathies sont parmi les maladies génétiques les plus fréquentes dans le monde. Le lien entre le paludisme et l'alpha et la bêta-thalassémie a fait l'objet de controverses scientifiques depuis le début du 20e siècle (Akide-Ndunge OB et al., 2003).
La coïncidence entre les zones endémiques au paludisme et l'effet protecteur de la thalassémie sur la sévérité des infections palustres a été difficile et longue à expliquer (Weatherall., J, 2004). Cependant, dans les régions où le paludisme est endémique depuis longtemps, on enregistre des incidences et des prévalences élevées de thalassémie qui semblent avoir un effet protecteur sur les infections palustres au sein des populations. Chypre enregistre aujourd'hui la plus forte prévalence de thalassémie au monde (Kyrri AR et al., 2013). La thalassémie provoque la délétion d'un gène de la protéine globulaire qui compose l'hémoglobine. Elle est responsable d'une anémie sévère chez les individus homozygotes mais de troubles bénins chez les individus hétérozygotes.

Des mécanismes épidémiologiques et moléculaires ont été récemment documentés pour l'alpha (Fowkes FJ. Et al., 2008) et la bêta-thalassémie (Kazazian, H.H. et Boehm, C.D. 1988). Les conditions environnementales et la gestion ont un impact sur la gravité clinique de la bêta-thalassémie (Origa R., 2017) et sur le phénotype des patients (Musallam K.M. et al. 2013). La compréhension du rôle des facteurs environnementaux et des changements de paysage dans la propagation du paludisme en Europe du Sud a été documentée (Sallares R., 2006, pendant la période holocène, par exemple) mais peu d'études visent à comprendre la relation entre le paludisme et les schémas géographiques de la thalassémie en association avec les schémas de paysage et les usages à travers l'espace et le temps.

La première étude épidémiologique sur la thalassémie à Chypre a été réalisée en 1946, sous la domination britannique. Depuis 50 ans, Chypre met en œuvre un programme de prévention de la population basé sur le dépistage prénuptial (Schwartz-Cowan, R. 2009). Des différences dans la distribution des mutations de l'alpha- et de la bêta-thalassémie entre les districts de l'île sont observées (Kontouris P., et al., 2016 ; Plato, C.C. et al. 1964) mais ces modèles géographiques par-ticuliers n'ont pas été associés à une histoire d'utilisation des terres.

Depuis une quinzaine d'années, des recherches en écologie (Manel et al., 2013) et en géographie (Carrel M. et al., 2013, 2015) ont tenté de combiner des méthodes issues de la génétique des populations et de l'écologie du paysage afin d'évaluer " le rôle des variables du paysage dans le modelage de la diversité génétique et de la structure des populations " (Storfer A., et al., 2007) et " les processus populationnels et environnementaux en interaction qui permettent aux maladies de persister et/ou d'évoluer " (Carrel et al., 2013). Même si la fusion des méthodes et des théories de ces deux disciplines doit être prise avec précaution, elles peuvent contribuer à la compréhension des transformations des maladies et des paysages à Chypre.

Se concentrer sur le lien entre l'utilisation des terres, la dynamique de la population, la thalassémie et le paludisme soulève des problèmes méthodologiques en termes de disponibilité et de comparabilité des données. À Chypre, les données seront recherchées dans les sources archivées et les programmes épidémiologiques nationaux. Elle combinera les données produites et compilées par le système de santé colonial avec des données plus récentes basées sur des informations génétiques.

Contexte de travail

Vous contribuerez au projet HIGH PASM (High-resolution Paleoclimate Ar-chives & Societal vulnerability for the last Millennium in Cyprus) qui examine les relations entre les variations climatiques et la dynamique des maladies à Chypre. L'objectif principal est d'étudier l'émergence et la réémergence de pathogènes humains qui offrent la possibilité d'examiner l'évolution des pathogènes dans l'espace et le temps en relation avec les interactions entre les populations et les facteurs environnementaux et de comprendre comment les interactions entre l'homme et l'environnement influencent les caractéristiques pathogènes.
- Vous effectuerez des recherches universitaires dans les domaines de la géographie de la santé, de l'écologie du paysage terrestre et de l'épidémiologie.
- Vous publierez les résultats de vos recherches dans des publications universitaires.
- Vous présenterez les résultats de vos recherches lors d'ateliers et de conférences.

Le candidat au doctorat contribuera à :

1. Cartographie et analyse des variations géographiques du paludisme à Chypre au cours de la première moitié du 20e siècle.
2. Explorer le lien entre le paludisme et les schémas géographiques de la thalassémie.
3. Comprendre le rôle de l'utilisation des terres et de la gestion du paysage dans l'explication des variations géographiques.
4. Contribuer au concept interdisciplinaire de paysage

Contraintes et risques

Vous serez basé à l'Université de Rouen en France où la bourse de doctorat est affiliée. Vous passerez au moins 2 à 3 mois par an à l'Université de Nicosie à Chypre.

Vous êtes titulaire d'un master en géographie, en écologie humaine, en épidémiologie ou dans une discipline connexe. Idéalement, vous devez avoir des connaissances dans certains des domaines suivants :
1- Statistiques, cartographie et système d'information géographique (SIG).
2- Vous avez de solides compétences en communication orale et écrite en anglais
3- Une bonne connaissance du grec est un avantage mais n'est pas obligatoire.

Informations complémentaires

Votre candidature doit comprendre :
Votre CV
- Votre lettre de motivation (max. 500 mots) exprimant votre intérêt pour la poursuite de ce doctorat
-Les coordonnées de deux personnes de référence
- Le diplôme le plus élevé que vous avez obtenu

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