Doctorant (H/F) Les relations hôtes-parasites favorisent elles les transferts horizontaux chez les animaux ?

Description du Poste

Sujet De Thèse

Chez les métazoaires, l’information génétique est très largement transmise de parents à descendants via la reproduction. Néanmoins, dans les dernières années, on s’est rendu compte que des lignées de métazoaires parfois très distantes ont pu échanger de l’ADN au cours de l’évolution. On parle alors de transferts horizontaux. Bien que ces transferts soient nettement moins fréquents comparativement aux procaryotes, il est clair qu’ils ont contribué de manière très significative à l’évolution des métazoaires, soit en permettant la colonisation de parasites génomiques tels que les éléments transposables1, soit par le transfert de gènes à fort potentiel adaptatif2. En dépit de l’importance évolutive de ces transferts horizontaux, les mécanismes et facteurs favorisant leur survenue restent très largement inconnus. L’objectif de la présente thèse est d’explorer, par une approche bioinformatique, l’hypothèse que les transferts horizontaux sont favorisés par le parasitisme. En effet, on s’attend à ce que la proximité physique existant entre l’hôte et son parasite favorise l’échange de matériel génétique, de manière directe ou indirecte, entre les protagonistes. La thèse reposera sur l’analyse de deux jeux de données. Le premier est constitué de papillons et de leurs insectes parasitoïdes, tous collectés au sein d’une réserve naturelle au Costa-Rica. Les interactions écologiques de parasitisme ont été particulièrement bien décrites par des collaborateurs et nous avons séquencé les génomes de 227 espèces (95 parasitoïdes/132 hôtes). Ce jeu de données permettra de mesurer la contribution des connections écologiques entre les espèces du réseau au flux de transferts horizontaux. Le second jeu de données, plus large, sera constitué d’un échantillonnage de génomes de métazoaires parasites et de leurs hôtes disponibles publiquement (n=592 espèces parasites au total). Ce deuxième jeu de données permettra d’étendre les conclusions à d’autres clades d’animaux (notamment les vertébrés en tant qu’hôtes) et à différents types de relations parasitaires et (ex : hématophagie). Nous recherchons une personne intéressée par les sciences de l’évolution, avec une appétence pour la bioinformatique.

Votre Environnement de Travail

La personne recrutée intègrera le laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) situé sur le campus universitaire LyonTech La Doua à Villeurbanne (https://lbbe.univ-lyon1.fr).
La thèse sera co encadrée par Julien Varaldi (MCF HDR, LBBE, Univ. Lyon 1) et Clément Gilbert (DR CNRS, laboratoire EGCE, Univ. Paris-Saclay). L’essentiel des analyses prévues dans la thèse seront effectuées au laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive à Lyon, mais plusieurs séjours au laboratoire EGCE sont envisagés afin de faciliter le partage de connaissances.
Ce projet s’inscrit dans le cadre plus large d’un projet ANR financé (VIRHOZFER, 2024 – 2029), impliquant plusieurs membres des laboratoires LBBE (Univ. Lyon 1) et EGCE (Univ. Paris Saclay) avec lesquels la personne recrutée pourra interagir autant que besoin. Tous les coûts associés au bon déroulement de la thèse (contribution au cluster, participation aux congrès, frais de publications) seront couverts par le projet ANR VIRHOZFER.
Le projet de doctorat repose exclusivement sur des données génomiques et des ressources bioinformatiques. Ces deux éléments sont entièrement disponibles dans l'équipe d'accueil. La partie informatique du projet sera possible grâce à l'accès au cluster bioinformatique du LBBE/PRABI Lyon (25 nœuds pour 1200 cpu, dont 4 nœuds « bigmem » avec 1 To de RAM et ∼300 To de stockage beeGFS). Le cluster est utilisé par 150 personnes du FR BioEnvis chaque année (∼5000000 h de calculs par an). En outre, nous aurons accès au CC-IN2P3 pour le stockage à long terme des données.

Nos petits + :
• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Contrat de protection sociale complémentaire

Rémunération et avantages

Rémunération

2300,00 € brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche