Post-doctorat (H/F) Analyse génomique du régime alimentaire du renard

Description du Poste

Les Missions

Description du projet :
L’évolution de la structure des paysages agricoles au cours des dernières décennies (remembrement, diminution des haies/bosquets, homogénéisation du paysage), en lien avec l’intensification de l’agriculture, est considérée comme la principale cause de déclin de la biodiversité dans ces milieux (Macdonald et al. 2007, BirdLife International 2018, Batary et al. 2020). Si l’impact au niveau spécifique a été plutôt bien documenté, il existe encore un manque de connaissance sur l’impact de l’évolution du paysage sur les relations interspécifiques, telles que la compétition ou la prédation, en particulier dans les milieux tempérés.
La prédation est une pression adaptative très importante pour les espèces et est considérée comme l’une des composantes structurantes du fonctionnement d’un écosystème, à la fois via les relations directes de prédation, mais aussi la compétition entre prédateurs pour les proies. Compte tenu des différents niveaux trophiques possibles, l’étude de la prédation peut rapidement devenir très vaste et complexe, car cela nécessite en effet de pouvoir estimer (i) la composition spécifique et l’abondance des espèces de proies, (ii) la composition et l’abondance des espèces de prédateurs, et enfin, (iii), la consommation des espèces de proies par ces prédateurs.
Le programme IPARI (Impact de l’évolution du Paysage Agricole sur les Relations Interspécifiques) vise à préciser comment le paysage modelé par les systèmes de production structurent les chaînes trophiques dans des agroécosystèmes intensifs soit en modulant les taux de prédation (effets comportementaux et équilibre proies principales/proies alternatives) soit en modulant les abondances des prédateurs (prédation partagée).
Dans le cadre de ce programme, nous souhaitons nous concentrer sur les relations trophiques impliquant mammifères et oiseaux prédateurs, au sein des agrosystèmes intensifs en France. En effet, les questions du rôle de la régulation de certaines espèces proies (e.g. le renard roux et son rôle potentiel d’auxiliaire de culture - car prédatant les campagnols en milieu herbager; son impact sur certaines espèces enjeux de conservation montrant des tendances évolutives négatives comme les perdrix grise et rouge en milieu agricole) par les prédateurs généralistes sont récurrentes et utilisées pour argumenter sur la gestion, et en particulier, sur les prélèvements effectués sur les petits et meso-carnivores, et le renard en premier lieu. Nous souhaitons donc étudier les relations impliquant les petits mammifères herbivores (micromammifères et lagomorphes) et leurs prédateurs, mammifères (mésocarnivores) et aviaires (rapaces et corvidés).

L’objectif de notre projet est d‘identifier les principales relations prédateurs-proies mammifères/oiseaux et de modéliser leur fonctionnement en fonction de la structure du paysage agricole (façonnée par les systèmes de production et les pratiques). Pour étudier ces relations interspécifiques, nous allons donc : (1) estimer les densités de prédateurs (renard roux, mustélidés, buse variable et corneille noire) ; (2) estimer les densités de proies (micromammifères et lièvres) ; (3) Etudier le régime alimentaire des prédateurs ; et (4) estimer les taux de prédation et les relations liant les différentes espèces.
Les missions de la personne recrutée visent à renseigner le point 3. L’étude du régime alimentaire des prédateurs, et notamment des mésocarnivores, se fera par le prélèvement et l’analyse génomique de crottes récupérées sur la zone d’étude.
L’analyse génomique (extraction, amplification et séquençage de l’ADN) a été réalisée par le laboratoire Antagène - partenaire du projet. Les données seront donc disponibles au début du contrat.
Objectifs :
1. Actualiser les connaissances sur le régime alimentaire d’une communauté de mésocarnivores dans une même zone d’étude et de ses variations saisonnières, en distinguant les végétaux, les insectes, les espèces d’oiseaux, et les espèces de mammifères dont le lièvre ;
2. La détection potentielle de proies non identifiées dans le régime alimentaire de mésocarnivores ;
3. Analyse précise et étude d’une potentielle spécialisation du régime alimentaire du renard roux;

L'Activité

Les activités principales seront :
● Analyses bio-informatiques
La correspondance de ces séquences avec des séquences connues de proies sera faite avec les données disponibles dans les bases de séquences internationales (type GenBANK). Ainsi pour chaque crotte sera déterminée la liste des espèces de proie présentes et l’identification de l’espèce de mesocarnivores émettrice de la crotte.
● Analyses écologiques
Une fois la composition en proies de chaque crotte établie, le travail de la personne recrutée sera de décrire spatialement et temporellement le régime alimentaire des mesocarnivores identifiés et d’identifier les déterminismes écologiques de la composition du régime alimentaire (effet espèce, effet saison, effet spatial par exemple).
L’empreinte individuelle des renards permettra d’aborder la question de la spécialisation du régime alimentaire vers telle ou telle proies afin d’identifier des individus spécialistes dans un régime alimentaire généraliste en moyenne.
Enfin, à partir des recaptures individuelles, il sera possible d’estimer une abondance par des méthodes de capture-recapture génétique.
● Rédaction d’articles scientifiques

Votre Profil

Compétences

Il est attendu de la candidate ou du candidat un doctorat en écologie, et si possible une expérience en traitement des données de séquençage haut débit. Une expérience préalable en analyse de données metabarcoding est un plus. De bonnes capacités rédactionnelles sont également souhaitées notamment en anglais. Enfin une maitrise des outils de modélisation statistique sera également appréciée.

Votre Environnement de Travail

Le Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE, UMR CNRS 5558 : https://lbbe.univ-lyon1.fr/) est un laboratoire de, l’Université Claude Bernard Lyon 1, du CNRS et de VetAgro Sup, situé sur le campus de La Doua, à Villeurbanne. Environ 200 personnes participent à la recherche effectuée au LBBE en associant la modélisation mathématique et informatique à des questionnements en écologie évolutive, en génomique et en santé. Le LBBE, laboratoire de premier plan en écologie, possède une longue histoire de collaboration scientifique avec des partenaires en charge d’études et de recherche sur la faune sauvage tel que l’Office Français de la Biodiversité et les gestionnaires de la faune sauvage (Fédérations de chasse, Parcs Nationaux).

Nos petits + :
• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Contrat de protection sociale complémentaire

Rémunération et avantages

Rémunération

à partir de 3071.50 € brut mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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