Description du sujet de thèse

Description :
Comprendre la formation des barrières reproductives entre les espèces naissantes permet de comprendre l'origine des nouvelles espèces et donc le maintien de la biodiversité sur terre. Les barrières reproductives peuvent s'accumuler à la suite d'une adaptation à une niche écologique spécifique ou de préférences d'accouplement, ou provenir d'incompatibilités entre deux ou plusieurs loci qui interagissent entre eux dans le contexte génomique des hybrides interspécifiques. Étant donné que la recombinaison entre le matériel génétique d'espèces naissantes peut dissoudre les frontières entre les espèces, une compréhension approfondie de l'évolution et de la régulation de la recombinaison méiotique au cours du processus de spéciation est essentielle pour comprendre la formation des espèces. Si les barrières géographiques qui empêchent la reproduction sexuée sont considérées comme jouant un rôle important dans le déclenchement du processus de spéciation, les mécanismes moléculaires qui suppriment la recombinaison entre les espèces naissantes semblent jouer un rôle dans le maintien des frontières entre les espèces en sympatrie. Par exemple, les réarrangements chromosomiques peuvent jouer un rôle central dans la suppression locale de la recombinaison chez les individus hétérocaryotypes et favoriser la spéciation par le couplage de combinaisons adaptatives d'allèles dans les régions réarrangées. La présence de réarrangements chromosomiques hétérozygotes peut également entraîner une ségrégation chromosomique incorrecte pendant la division cellulaire méiotique et provoquer une rupture de la méiose. On suppose donc que l'accumulation de réarrangements chromosomiques entre les génomes parentaux compromet gravement la fertilité de leurs hybrides F1 et constitue une source d'isolement reproductif. De même, les incompatibilités génétiques dans le mécanisme de recombinaison qui se sont accumulées chez les espèces parentales peuvent être impliquées dans la stérilité hybride. Le rôle de la recombinaison méiotique dans la spéciation peut donc être multiple, mais on en sait peu sur son rôle lors de la spéciation chez les oiseaux chanteurs. Le projet de doctorat vise à combler cette lacune et à étudier la régulation du taux de recombinaison chez deux oiseaux chanteurs du genre Ficedula.
Activités :
Le projet de doctorat utilisera deux approches indépendantes pour obtenir des estimations du taux de recombinaison chez les gobe-mouches à collier et les gobe-mouches noirs. L'un des objectifs sera ensuite d'étudier la régulation à petite échelle du paysage de recombinaison chez ces deux oiseaux chanteurs. Sous un autre angle, l'influence des réarrangements chromosomiques à grande échelle sur le paysage de recombinaison et leur rôle dans la spéciation seront étudiés. Le projet de doctorat abordera ainsi les causes et les conséquences de la variation du taux de recombinaison dans le génome aviaire, couvrant la régulation à petite et à grande échelle du taux de recombinaison, ainsi que le rôle du mécanisme de recombinaison dans l'adaptation spécifique à l'espèce et la stérilité hybride.
Profil recherché :
La personne recrutée devra avoir un intérêt fort pour la génomique évolutive et l'écologie ; elle devra être disposé à suivre une formation approfondie en bio-informatique et en analyse statistique des données et savoir communiquer en anglais et aimer le travail en équipe.

Contexte de travail

La personne recrutée intégrera le Laboratoire de Biométrie et de Biologie Évolutive (LBBE - https://lbbe.univ-lyon1.fr/), sous la direction de Carina MUGAL et la co-direction de Laurent DURET. Elle disposera d'un bureau et d'un ordinateur portable, ainsi que d'un accès au cluster haute performance du CC LBBE/PRABI. La plupart des données génomiques utilisées dans le cadre de sa thèse sont déjà séquencées et facilement accessibles. De nouvelles données génomiques seront produites au cours de la première année de doctorat, grâce à un financement déjà assuré dans le cadre du projet SpeCular, financé par l'ANR sur quatre ans. Ce projet de doctorat bénéficiera également d'une collaboration internationale de recherche établie sur la spéciation chez les gobemouches Ficedula, avec Anna Qvarnström (Université d'Uppsala, Suède) et David Wheatcroft (Université de Stockholm, Suède).

Nos petits +
:• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Participation financière au frais de mutuelle