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Doctorant H/F métagénomique du blé

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 17 août 2022

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Informations générales

Référence : UMR5557-YVAMOE0-002
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mercredi 27 juillet 2022
Nom du responsable scientifique : Yvan MOENNE-LOCCOZ
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 26 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les sols dans lesquels les céréales sont cultivées peuvent présenter une communauté microbienne capable d'inhiber des phytopathogènes et/ou d'induire des réponses ISR chez la plante, limitant ainsi les maladies racinaires. Ces sols sont dits résistants aux maladies. Dans d'autres sols, non résistants, la communauté microbienne n'a pas ces capacités et les maladies racinaires peuvent être importantes. Néanmoins, l'écologie de la communauté microbienne rhizosphérique va aussi dépendre du génotype (lignée) de la plante, ce qui va moduler les capacités de résistance.
Les capacités de résistance des sols aux maladies sont assez mal comprises, et les traits végétaux capables de moduler la résistance des sols aux maladies sont très peu étudiés. Dans ce contexte, le projet vise à tester les hypothèses suivantes :
Les capacités de résistance des sols aux maladies sont liées à la diversité de la communauté microbienne, et les techniques de gestion du sol améliorant le statut organique du sol sont susceptibles d'augmenter la résistance des sols aux maladies.
La résistance des sols aux maladies dépend aussi très fortement de la lignée de plante, et la comparaison de lignées devrait permettre d'identifier les traits génétiques végétaux associés à une meilleure résistance du sol aux maladies.
Le projet reposera largement sur des approches de métagénomique, qui pourront être complétées par du métabarcoding, de la qPCR, ou l'analyse de mécanismes d'interaction plante-microorganisme. Il comprendra les parties suivantes :
1. Comparaison, sur des essais agronomiques (orge ou blé), de techniques de gestion de la matière organique du sol en ce qui concerne leurs conséquences sur l'écologie microbienne de la rhizosphère et la santé de la plante.
2. Comparaison de l'écologie microbienne rhizosphérique d'un grand nombre de lignées de blé (plus de 200 lignées) cultivées dans un même sol naturel, afin de permettre une analyse par génétique d'association des traits génétiques du blé impliqués dans la résistance du sol aux maladies, i.e. via leur impact sur le fonctionnement microbien de la rhizosphère.
3. Comparaison d'un grand nombre de lignées de blé (plus de 200 lignées) cultivées en présence d'une communauté microbienne synthétique, afin de permettre une analyse par génétique d'association des traits génétiques du blé impliqués dans la résistance du sol aux maladies.

Contexte de travail

Le projet de thèse sera dirigé par Yvan Moënne-Loccoz et codirigé par Daniel Muller, dans l'équipe Rhizosphère de l'UMR CNRS Ecologie microbienne. Cette équipe s'intéresse à l'écologie des microorganismes phytobénéfiques.
Le projet de thèse s'inscrit dans le cadre de collaborations avec plusieurs équipes françaises, suisses et allemandes, et la personne recrutée sera amenée à collaborer avec ces équipes (y-compris en anglais).

Contraintes et risques

Pour des expériences conjointes réalisées à Clermont-Ferrand, des missions de plusieurs jours/semaines seront vraisemblablement nécessaires sur le site clermontois de Crouël.

Informations complémentaires

Profil recherché :
Compétences en écologie microbienne.
Compétences et intérêt pour les approches omiques, notamment la métagénomique. Cela nécessitera notamment de fortes compétences avec le logiciel R, ou la capacité d'acquérir les compétences nécessaires pour la maîtrise de R.
Compétences de base en statistiques.
Capacité à fonctionner en équipe, et en collaboration avec d'autres équipes de recherche.
Bonne maîtrise de l'anglais.

Les dossiers de candidature comprendront un CV, une lettre de motivation avec une explication des techniques maîtrisées et une justification de l'adéquation au poste, et les coordonnées complètes de deux personnes référentes.

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