Description du sujet de thèse

De même que les autres organismes vivants, les bactéries sont elles aussi exposées aux infections virales. Les virus bactériens, appelés phages, sont les entités biologiques les plus abondantes sur notre planète. Afin de résister aux phages, les bactéries ont développé un arsenal de systèmes de défenses qui forment des barrières naturelles contre l’infection, définissant ainsi l’immunité bactérienne. Des dizaines de systèmes de défense ont récemment été découverts chez les bactéries, mettant en lumière une immense diversité de mécanismes moléculaires, dont certains sont conservés dans l’immunité eucaryote. A leur tour, les phages ont évolué des protéines dites d’anti-défense afin de contrer l’immunité bactérienne et de restaurer l’infection. La connaissance de ces protéines d’anti-défense et de leurs mécanismes permettrait de mieux prédire les interactions entre phages et bactéries, et plus généralement d’améliorer notre compréhension des interactions virus-hôte à travers l’arbre du vivant. Cependant, peu de protéines d’anti-défense sont encore connues à ce jour, ce qui contraste avec les 250 familles de systèmes de défense bactériens désormais mises en évidence.
L’équipe Génomique Moléculaire des Micro-organismes dirigée par François Rousset au CIRI étudie les mécanismes moléculaires des interactions phages-bactéries et leur évolution dans le domaine eucaryote. Ce projet de thèse vise à développer des approches computationnelles de génomique comparative et de bioinformatique structurale afin d’améliorer notre compréhension des stratégies d'anti-défense chez les phages et de leur mode d’action. Ce projet bioinformatique sera réalisé en collaboration avec la partie expérimentale du laboratoire.

Missions :
- Conceptualiser et réaliser un projet de recherche en génomique des phages
- Utiliser et développer de nouveaux outils d’IA pour l’étude des phages

Activités :
- Développement de codes en Bash et Python
- Analyse de données de génomique
- Veille scientifique
- Rédaction d'articles scientifiques
- Présentation orale des travaux

Compétences attendus :
- Connaissances approfondies en biologie des phages, en biologie évolutive et en bioinformatique structurale.
- Maîtrise de Bash, de Python et des clusters de calculs
- Excellente capacité de communication écrite et orale en anglais

Contexte de travail

La thèse sera supervisée par François Rousset et réalisée au CIRI au bâtiment Rosalind Franklin sur le campus de Gerland. La/le candidat(e) aura accès au cluster de calcul de l’ENS de Lyon.

Contraintes et risques

Rattachement à l’école doctorale E2M2