Thèse de doctorat H/F + : Génomique éco-évolutive de la faune australe antarctique française en réponse au virus Influenza aviaire H5N1

Description du Poste

Sujet De Thèse

Thèse de doctorat: Génomique éco-évolutive de la faune australe antarctique française en réponse au virus Influenza aviaire H5N1.

Depuis la fin de 2022, le virus influenza aviaire hautement pathogène H5N1 provoque des mortalités catastrophiques chez les oiseaux et mammifères marins. En octobre 2024, cette épizootie a atteint les Terres Australes Antarctiques Françaises (TAAF), causant des mortalités exceptionnelles chez trois espèces remarquables : l'éléphant de mer austral (Mirounga leonina), le manchot royal (Aptenodytes patagonicus) et le grand albatros (Diomedea exulans). Ces espèces font l'objet de suivis démographiques, écologiques et épidémiologiques depuis des décennies par les équipes du Centre d'Études Biologiques de Chizé (CEBC) et du Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE), en coopération avec l'Institut polaire français Paul-Émile Victor (IPEV). Cependant elles ont été peu ou jamais été étudiées sur le plan génétique et moléculaire. L’épidémie de H5N1 dans les TAAF soulève des questions quant à l’impact démo-génétique de l’épizootie sur les populations d’oiseaux et de mammifères, les déterminants génétiques de la résilience/vulnérabilité au virus, notamment au niveau des gènes impliqués dans les réponses immunitaires, et le risque que certaines espèces puissent favoriser une préadaptation du virus à l’homme.
Cette thèse s’inscrit dans une initiative MITI Santé inter-instituts du CNRS (Écologie & Environnement – Biologie) et vise à exploiter la complémentarité entre la génomique des populations, la phylogénomique, l'évolution moléculaire et fonctionnelle, et la virologie moléculaire pour (i) caractériser l’impact de l’épizootie H5N1 sur les populations des TAAF, et (ii) identifier les déterminants génétiques des différences intra- et inter-espèces dans la vulnérabilité / résistance au virus. La thèse s’organisera en quatre volets :
1. État de la diversité génétique pré-épizootie. Établir une référence historique de la diversité génétique prédatant l'épizootie par l’analyse des génomes entiers de 20 individus par espèce. Les analyses bioinformatiques et génomiques des populations viseront à comprendre les forces évolutives ayant façonné les génomes et leur capacité à répondre à l'épizootie.
2. Impact de l'épizootie sur la santé génétique des populations. Mesurer l'évolution de la diversité et du fardeau génétique en comparant les données génétiques des populations avant (volet 1) et pendant/après l'épizootie. Pour ce faire de nouveaux génomes de ~20 individus (10 morts du H5N1 et 10 exposés mais sains) seront comparés à la cohorte historique. Cette étape visera à identifier les nouvelles signatures génétiques de sélection et modéliser la résilience des populations par la génomique des populations.
3. Différences inter-espèces de vulnérabilité/sensibilité au H5N1 - Évolution moléculaire. Analyser l'évolution moléculaire à une large échelle taxonomique de gènes candidats identifiés dans le volet 2 et dans la littérature comme susceptibles de contribuer à des variations intra- et inter espèces de la vulnérabilité/résistance au virus H5N1. Un accent particulier sera porté sur les gènes impliqués dans la réponse antivirale innée.
4. Validation fonctionnelle en collaboration avec l’Institut Pasteur Paris. Pour les gènes candidats jugés les plus pertinents, évaluer et comparer l'activité antivirale d'orthologues mammifères/oiseaux et humains via des approches d'ingénierie cellulaire et virologie moléculaire. Cette étape permettra de tester le potentiel de préadaptation du virus à l'homme chez les espèces mammifères.
Les échantillons ayant déjà été collectés lors de campagnes de terrains antérieures, le projet n'inclut donc pas de mission de terrain. Une grande partie des données de génomes complets ayant déjà été générées et validées, l’essentiel du travail de thèse reposera sur leur analyse bio-informatique et génomique évolutive.

Votre Environnement de Travail

Le/la doctorant(e) sera hébergé(e) au sein de l’UMR MIVEGEC à Montpellier, dans l’équipe EVCO, sous la direction de Michael C. Fontaine. MIVEGEC est spécialisée dans l’étude des maladies infectieuses, des processus écologiques, évolutifs, et génétiques entre les hôtes, les pathogènes et les vecteurs. MIVGEC regroupe 123 titulaires, chercheurs, enseignant-chercheurs, ingénieurs et techniciens de l’IRD, du CNRS, de l’Université de Montpellier et de l'INRAE qui sont présents à Montpellier et dans le monde. La thèse se déroulera en collaboration entre les laboratoires MIVEGEC (MC Fontaine, S Jacquet), RBIV - Institut Pasteur Paris (N Naffakh), CEBC (T Bonnet, C Guinet, C Barbraud), et le CEFE (C Lebohec et T Boulinier). Elle bénéficiera du soutien d’un bio-informaticien, de la plateforme bioinformatique iTrop de l’IRD et des infrastructures de calcul et de stockage de données locales et nationales (IFB, iTrop, MIVEGEC, et CNRS). La thèse inclura un séjour au sein de l'équipe de N Naffakh de l’UMR Virologie de l'Institut Pasteur Paris spécialisée dans la biologie du virus influenza pour la réalisation des analyses fonctionnelles (volet 4).

Contraintes et risques

Le/la candidat(e) recruté(e) aura des connaissances solides de génétique des populations et de génomique évolutive, et maîtrisera un langage (bio-)informatique de programmation (e.g. R, Python, bash), et sera familier avec l’utilisation de cluster de calcul haut débit. Le/la candidat(e) aura une expérience directe d'analyse de données de séquençage, en particulier dans la manipulation de vastes jeux d'alignement de données génomiques de nouvelle génération. Le/la candidat(e) pourra communiquer en Anglais, une partie du laboratoire d'accueil étant non-francophone. Il/elle sera doué(e) de bonnes capacités de communication, d’autonomie, de travail en équipe, de synthèse des travaux en cours et sera soucieux(se) d'appliquer les procédures idoines garantissant la réplicabilité des analyses bio-informatiques, notamment par la mise en place de procédures transparentes et reproductibles. Une expérience préalable en biologie moléculaire et travail en laboratoire (extraction d'ADN, construction de librairies) serait un plus, mais pas indispensable.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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