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Doctorant (H/F): Développement d'analyse chromatographique couplée à la spectrométrie de masse haute résolution pour caractériser la méthylation des microARN.

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mardi 30 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Doctorant (H/F): Développement d'analyse chromatographique couplée à la spectrométrie de masse haute résolution pour caractériser la méthylation des microARN.
Référence : UMR5280-KARFAU-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mardi 9 juillet 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2135 € brut mensuel
Section(s) CN : Chimie physique, théorique et analytique

Description du sujet de thèse

Les microARN (miARN, miR) sont des régulateurs post-transcriptionnels de l'expression des gènes. Les méthylations de leur séquence jouent un rôle clé dans leur maturation et leur fonction. Identifier la présence et la localisation de ces méthylations, ainsi que leur impact sur l’activité du miARN, reste un défi majeur, que nous proposons d’explorer pour la première foispar une approche d’analyse chromatographique multidimensionnelle à très haute résolution. Notre modèle d’étude principal sera le miR-K11 codé par l’Herpès-virus lié au sarcome de Kaposi (KSHV).

Dans le premier temps du projet, les équipes ISA synthétiseront une chimiothèque de miR à méthylation contrôlée sur des positions spécifiques. Le/La doctorant.e aura pour objectif de développer la méthode de séparation des miR méthylés, avec un focus sur les isomères de position. Des méthodes de type RPLC, HILIC et SFC seront évaluées. La mobilité ionique couplée à la spectrométrie de masse haute résolution sera également testée. Suite à la mise au point des méthodes en utilisant les banques d’ARN synthétiques, le/la doctorante étudiera la corrélation entre la structure du miARN et son comportement chromatographique, et étudiera la robustesse de l’analyse sur fractions purifiées et enrichies issues de culture cellulaire.

Contexte de travail

L'Institut des Sciences Analytiques (ISA) est un laboratoire dédié au développement de nouvelles techniques d’analyse appliquées aux mélanges complexes. En rejoignant l’équipe Chromatographie et Techniques Couplées, le/la doctorant/e aura accès à une plateforme instrumentale de pointe, incluant les outils et moyens nécessaires à la synthèse de miARN, des instruments de chromatographie liquide bidimensionnelles de divers constructeurs, des instruments de chromatographie en fluide supercritique, de mobilité ionique et de spectrométrie de masse haute résolution (QToF).

Contraintes et risques

aucun

Informations complémentaires

Activités
- Développement de méthodes chromatographiques
- Traitement de données LC-MS, LC-IMMS et LC-MS/MS
- Rapporter l’état d’avancement aux différents membres du projet (3 laboratoires)
- Proposer, lorsqu'il le jugera nécessaire des développements instrumentaux
- Présenter ses travaux de recherche via la publication d'articles scientifiques et de communication à des congrès nationaux et internationaux.
Compétences
Le/la candidat(e) doit être titulaire d'un Master ou diplôme d’ingénieur dans le domaine de la chimie analytique. Il/elle doit avoir de fortes compétences :
- en développement de méthodes chromatographiques
- en traitement de données MS


Le/la candidat(e) doit :
- Savoir communiquer à l'oral et à l'écrit en anglais scientifique,
- Faire preuve d'autonomie et être force de proposition
- Avoir de bonnes aptitudes à travailler au sein d'une collaboration (contributions à un projet collectif, réunions et missions hors du laboratoire)
Expérience souhaitée : stage de 6 mois ou projet de fin d’études en LC-MS. Une expériences d’analyse d’oligonucléotides sera un plus.

Le dossier de candidature doit inclure les documents suivants :
• Une lettre de motivation
• Un CV détaillé, avec mentions des stages ou projets en développement chromatographique
• Lettres de recommandation envoyées directement par les référents (non obligatoire)