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DOCTORANT CDD (H/F) : Modélisation de la dynamique évolutive du Snowflake Yeast

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 2 juin 2022

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Informations générales

Référence : UMR5251-AGNCHE-003
Lieu de travail : TALENCE
Date de publication : jeudi 12 mai 2022
Nom du responsable scientifique : Christèle ETCHEGARAY
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La multicellularité constitue une des innovations les plus déterminantes dans l'histoire du vivant. Sa multiple apparition au cours de l'évolution atteste de son succès évolutif. Pourtant, les études théoriques et expérimentales pointent vers de nombreux obstacles à son maintien. Les conditions ayant pu favoriser la sélection de formes multicellulaires restent donc largement spéculatives et demandent à être validées théoriquement et expérimentalement.

Pour cela, l'équipe de biologistes de Bertrand Daignan-Fornier (IBGC) développe des expériences de compétition évolutive entre des formes unicellulaire et multicellulaire de la levure Saccharomyces Cerevisiae. En particulier, la forme multicellulaire, appelée snowflake, correspond à un organisme où il n'y a pas séparation des cellules après division, générant une géométrie branchée. Les expériences visent ainsi à questionner l'importance de la géométrie des snowflakes sur ses propriétés physiques et physiologiques (organisation spatiale, capacités à coopérer, à se propager et envahir efficacement un environnement), et ainsi identifier par quels mécanismes la multicellularité peut procurer des avantages sélectifs.

Dans cette thèse, nous nous proposons de développer des modèles mathématiques de la dynamique évolutive du Snowflake Yeast, en partant d'une description individuelle pour aller vers une description populationnelle. L'objectif sera d'une part de mieux comprendre la croissance d'une entité en fonction de son environnement, et d'autre part de reproduire numériquement les expériences de compétition évolutive menées à l'IBGC. Nous utiliserons pour cela des approches de modélisation déterministe et/ou stochastique (modèles à base d'agent, équations intégro-différentielles, processus stochastiques).

Cette thèse nécessite une bonne formation en mathématiques appliquées, un intérêt pour la biologie et l'interaction interdisciplinaire, ainsi que des compétences en programmation Python.

Contexte de travail

La personne recrutée évoluera au sein de l'Institut de Mathématiques de Bordeaux, et sera rattachée au Centre Inria de l'Université de Bordeaux dans l'équipe-projet MONC (Modélisation Mathématique pour l'Oncologie).

L'Institut de Mathématiques de Bordeaux (IMB) est une unité mixte de recherche (UMR 5251), CNRS, Université de Bordeaux, Bordeaux INP. Laboratoire d'accueil de l'École Doctorale de Mathématiques et Informatique, l'IMB regroupe l'essentiel de la recherche en mathématiques du site bordelais. La recherche à l'IMB est structurée autour de 7 équipes et rassemble les activités scientifiques de 141 chercheuses et enseignants-chercheurs, 125 doctorantes et post-doctorants, et 16 personnels d'assistance à la recherche. L'IMB est partenaire du CEA avec le Labri, l'I2M, le Centre Inria de l'Université de Bordeaux, l'IMS, le CEA/DAM. Le laboratoire participe actuellement à 25 projets ANR, 3 projets du Conseil Régional d'Aquitaine, 3 IUF et à 2 projets Européen H2020.

Inria est l'institut national de recherche en sciences et technologies du numérique. La recherche de rang mondial, l'innovation technologique et le risque entrepreneurial constituent son ADN. Au sein de 200 équipes-projets, pour la plupart communes avec les grandes universités de recherche, plus de 3 900 chercheurs et ingénieurs y explorent des voies nouvelles, souvent dans l'interdisciplinarité et en collaboration avec des partenaires industriels pour répondre à des défis ambitieux.

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