Description du sujet de thèse

Le travail de recherche est à réaliser dans le cadre du projet nanoPestIS (Approche intégrative pour déterminer le devenir et l'impact environnemental et sanitaire d'une exposition à long-terme à un nanopesticide commercial de cuivre)
Le cuivre (Cu) est depuis longtemps utilisé en agriculture pour ces propriétés antifongiques et antibactériennes. L'application répétée de pesticides à base de Cu est la principale source de pollution cuprique des sols agricoles. Compte tenu de la toxicité du Cu pour l'environnement et la santé rapportée par l'EFSA, la Commission européenne (CE) a recommandé en 2018 de réduire le recours au Cu et a limité son utilisation phytosanitaire à 28 kg/ha sur 7 ans.
Des nanopesticides à base de nanoparticules (NPs) de Cu constituent une alternative aux pesticides conventionnels riches en Cu et sont déjà utilisés en agriculture conventionnelle et biologique hors UE. Leur taille nanométrique facilite le passage systémique pour des effets biocides plus importants que les formes conventionnelles, tout en réduisant les taux d'applications de Cu sur les sols. Face à la nécessité de réduire l'usage de Cu, ces formulations « nano » sont susceptibles d'être rapidement mises sur le marché européen et d'être pulvérisées en France. Toutefois, le nombre limité de données sur le devenir et les impacts des NPs de Cu ne permet pas d'évaluer le risque spécifique lié à leur taille, en particulier, si la réduction de l'utilisation de Cu ne se fait au détriment d'une plus grande toxicité des NPs pour l'environnement et l'Homme.
Le projet NanoPestis a pour but de caractériser l'exposition à un nanopesticide commercial à base de NPs de Cu dans des agroécosystèmes terrestre et aquatique. Par une approche intégrée, la transformation, le transfert et la toxicité du nanopesticide seront évalués depuis des plants de tomates vers le sol et le milieu aquatique, mais aussi jusqu'à des consommateurs primaires (larves d'amphibien). L'objectif est d'évaluer le risque nanospécifique pour l'environnement et la santé lié à la dissémination de NPs de Cu afin d'aider les politiques publiques dans leurs décisions à autoriser ou non la mise sur le marché Européen de tels produits.

Activités principales
Il s'agira de :
- suivre les cultures des modèles biologiques utilisés (plants de tomates et larves d'amphibien essentiellement),
- mettre en place les designs expérimentaux avec les différents modèles biologiques pour étudier l'impact de leur exposition au nanopesticide de cuivre
- réaliser les extractions aqueuses pour obtenir les lixiviats auxquels seront exposées les larves pour étudier les effets du cuivre sur leur développement,
- réaliser les essais d'écotoxicologie chez les différents modèles biologiques pour étudier les toxicités aiguë, chronique et génétique des différentes expositions au nanopesticide de cuivre ainsi que les perturbations sur le microbiote intestinal des larves
- traiter les résultats des essais biologiques (statistiques, biostatisques), les mettre en forme et les présenter (en interne et dans les colloques/workshop/congrès),
- rédiger les résultats en vue de leur publication
- rédiger des rapports intermédiaires tous les 6 mois
- faire le lien avec les autres partenaires du projet

Activités secondaires
- prendre en main les appareils de cytométrie de flux et de PCR du laboratoire
- participer à la Structure de Bien Être Animal du laboratoire
- participer à l'application des principes et des règles d'hygiène et sécurité au laboratoire,
- participer aux observations et autres techniques physico-chimiques de détection des nanoparticules de cuivre dans le vivant, utilisées par l'Université de Rouen
- transmettre ses connaissances en participant à la formation des stagiaires aux techniques expérimentales du laboratoire.

Profil souhaité du/de la doctorant(e) :
Titulaire d'un Master en écotoxicologie ou diplôme d'ingénieur dans le domaine des sciences de l'environnement et motivée par l'écotoxicologie. Le/la candidat(e) devra posséder des connaissances théoriques et pratiques solides en écotoxicologie ainsi que des connaissances en biologie moléculaire (cytométrie de flux, RTPCR) et en traitement (bio-)statistique des données. Des savoir-faire en conduites de test écotoxicologiques sont également souhaités. Un goût pour l'expérimentation biologique est fortement recherché. La maitrise du français ainsi qu'un bon niveau en anglais sont requis. Des affinités pour la physico-chimie serait les bienvenues pour participer aux tâches de caractérisation des nanoparticules de cuivre dans le vivant. Des compétences pour rendre compte de son activité régulière à ses responsables sont attendues ainsi qu'autonomie, rigueur scientifique, capacité et goût à travailler en équipe sans compter qu'une très forte motivation générale est attendue.
Le diplôme d'expérimentation animale devra être obtenu lors de la première année de thèse et son obtention nécessitera de passer 10 jours de formation à Marseille.

Contexte de travail

Ce travail de recherche s'insère dans le projet Nanopestis, coordonné par Dr Bruno Lamas à l'INRAE de Toulouse. Le laboratoire d'Ecologie fonctionnelle et environnement (LEFE, UMR CNRS 5245) ainsi que l'Université de Rouen sont partenaires dans ce projet. Le(la) candidat(e) sera rattaché(e) à l'équipe d'ECotoxicologie Intégrative du LEFE sur le campus de l'ENSAT d'Auzeville Tolosane. Il/Elle travaillera en collaboration étroite avec les différents partenaires (INRAE Toulouse et Univ Rouen) et sera par conséquent susceptible d'y mener certaines expérimentations. Horaires hebdomadaires du laboratoire : 38,5 heures. Les congés seront à prendre sur la durée du contrat.

Contraintes et risques

- Possibilités éventuelles de travail en horaire décalée et de sujétions (week-ends, jours fériés, etc. activités liées au vivant et au bien-être animal).
- Déplacements pour les présentations de résultats aux laboratoires partenaires et aux financeurs ainsi qu'à des congrès nationaux et internationaux.