Description du sujet de thèse

Une bourse de doctorat de 3 ans en biologie régénérative est proposée à l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) en France. Cette bourse est financée par le réseau doctoral Marie Curie REGENERATE-IT.

Le projet de recherche vise à comprendre dans quelle mesure la régénération reflète le développement. Notre équipe a récemment établi des approches transgéniques, d'imagerie en direct et de génomique pour étudier la régénération des pattes chez le crustacé Parhyale hawaiensis (voir tinyurl.com/4vfbspp8). Parhyale peut régénérer ses pattes tout au long de sa vie. Les pattes régénérées sont des répliques fidèles des pattes originales générées pendant le développement (tinyurl.com/ycktdn2z), mais la dynamique transcriptionnelle et cellulaire associée au développement et à la régénération des pattes est significativement différente (tinyurl.com/mr28u57m et non publié). Ces observations suggèrent que des structures identiques pourraient être générées par des mécanismes distincts. L'étudiant.e recruté.e aura l'opportunité de poser cette question en utilisant les ressources de génétique moléculaire, d'imagerie et de génomique établies dans notre équipe.

Différents projets peuvent être envisagés dans ce contexte, en fonction des compétences et des intérêts du candidat, notamment :
1) Découvrir dans quelle mesure les mêmes instructions génétiques sont utilisées pour générer une jambe au cours du développement embryonnaire et de la régénération, en identifiant les éléments cis-régulateurs des gènes de modelage clés et en comparant leur activité au cours du développement et de la régénération chez des animaux transgéniques.
2) Reconstruire les réseaux de régulation génique (GRN) putatifs du développement et de régénération de la jambe, en se basant sur des analyses bioinformatiques de données RNAseq et de profilage chromatinien de cellules uniques, en validant les nœuds sélectionnés et en comparant leurs rôles dans le développement et la régénération avec des expériences in vivo.
3) Identifier les progéniteurs de différents types cellulaires au cours de la régénération, sur la base de la reconstruction de trajectoires cellulaires à l'aide de données snRNseq, de la mise en place d'outils de marquage de type Brainbow et du suivi des cellules, notamment par microscopie en direct.

Contexte de travail

L'étudiant.e recruté.e rejoindra l'équipe “Comparative Developmental Biology and Regeneration” (https://www.averof-lab.org) à l'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL, https://igfl.ens-lyon.fr/), situé sur le campus de l'École Normale Supérieure de Lyon au sud de la ville. L'IGFL offre un environnement scientifique stimulant, axé sur les interfaces du développement, de la physiologie et de l'évolution des animaux. L'équipe de recherche est internationale et la langue de travail est l'anglais.

L'étudiant.e fera également partie de la communauté plus large des étudiant.e.s du réseau doctoral REGENERATE-IT, qui comprend 12 laboratoires à travers l'Europe (www.regenerate-it.eu). Les étudiant.e.s participeront aux activités de formation organisées par le réseau, y compris les détachements, au cours desquels il.elle.s seront accueilli.e.s pour des visites de recherche/formation dans un laboratoire partenaire.

L'étudiant.e. sera inscrit.e comme doctorant.e à l'École Normale Supérieure de Lyon, et sera co-supervisé.e par Michalis Averof et Mathilde Paris.

Contraintes et risques

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Informations complémentaires

L'étudiant.e recevra par le laboratoire hôte une formation en génétique moléculaire et du développement, en microscopie et en génomique, dans le cadre du projet de recherche, ainsi qu'une formation en biologie régénérative dans le cadre du réseau doctoral REGENERATE-IT. La formation sera adaptée aux besoins de l'étudiant.e et du projet sélectionné (voir ci-dessus).

La bourse comprend des périodes de détachement pour formation/recherche dans les laboratoires d'autres partenaires de REGENERATE-IT et la participation aux réunions annuelles et aux formations organisées par le réseau, afin de tirer pleinement parti du large éventail d'expertises disponibles dans le réseau. L'étudiant.e aura l'occasion de développer des compétences en matière de présentation orale, de rédaction et d'autres compétences transférables, notamment au travers d'activités de vulgarisation auprès du grand public.

Les candidat.e.s doivent être titulaires d'une maîtrise en sciences, de préférence dans le domaine des biosciences moléculaires (biologie moléculaire, cellulaire et du développement, génétique ou génomique). Une expérience pratique en biologie du développement, en génétique, en microscopie, en génomique ou en bioinformatique sera appréciée. Les étudiant.e.s fortement motivé.e.s issu.e.s d'autres disciplines (par exemple, la physique) sont également encouragé.e.s à postuler.

Les candidat.e.s doivent être capables de bien communiquer en anglais.

Les candidat.e.s de toutes nationalités peuvent postuler, mais il.elle.s ne doivent pas avoir résidé ou exercé leur activité principale (travail, études, etc.) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant immédiatement leur nomination (les courts séjours tels que les vacances ne sont pas pris en compte).

Les candidat.e.s doivent soumettre une lettre de motivation et un CV.