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Doctorant/e en Microbiologie Environnementale H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 7 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR5240-AUDMAR-001
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : jeudi 16 juin 2022
Nom du responsable scientifique : HUGONI Mylène
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 15 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les Woesearchaeota sont un phylum d'Archaea, décrits pour la première fois en 2015, dont on connaît très peu de choses relatives à leur diversité, leur écologie, leur métabolisme ou encore leurs interactions. Dans le lac Dziani Dzaha (Mayotte), écosystème extrême hypersalin alcalin dont le réseau trophique est qualifié de microbien, les Woesearchaeota représentent la majorité de l'assemblage archéen. Nos analyses préliminaires montrent que les Woesearchaeota du lac Dziani Dzaha présentent moins de 80% de similarité de séquence avec les Woesearchaeota connues, mais suggèrent également que certaines OTUs (i.e. Unités Taxonomiques Opérationnelles) de Woesearchaeota aurait une préférence pour un mode de vie libre tandis que d'autres préfèreraient un mode de vie dit "attaché" aux deux photosynthétiques dominants présents dans la colonne d'eau du lac, à savoir la cyanobactérie Arthrospira fusiformis et la microalgue verte Picocystis salinarum.

Le projet de thèse de Doctorat, mené sous la direction de Mylène Hugoni, Maître de Conférences à l'Université Claude Bernard Lyon 1 dans l'équipe « Microbiologie des Environnements Extrêmes M2E » du laboratoire « Microbiologie, Adaptation, Pathogénie MAP, UMR 5240 », aura pour objectifs (1) d'évaluer les spécificités génomiques des Woesearchaeota liées à l'un ou l'autre des modes de vie par le biais d'approches de métagénomique très haut-débit (type NovaSeq) et de reconstruction de génomes. Nous accéderons à la fraction attachée aux photosynthétiques par une approche de tri cellulaire par cytométrie de flux déjà validée. Le second objectif de ce projet sera (2) d'évaluer, via une approche de métatranscriptomique, le métabolisme cœur associé aux deux modes de vie, et le métabolisme propre au mode de vie attaché aux photosynthétiques, nous permettant de mieux comprendre quelles sont les interactions microbiennes mises en jeu (échange de nutriments et/ou d'énergie).

Ce projet impliquera un travail pluridisciplinaire et collaboratif ambitieux, avec la mise en œuvre de différentes approches de microbiologie, biologie moléculaire, métagénomique et métatranscriptomique mais aussi des techniques de pointe telles que du tri cellulaire par cytométrie de flux en partenariat avec Marc Troussellier et Cécile Roques du laboratoire MARBEC de Montpellier. Ce projet s'appuiera sur les expertises complémentaires de Cécile Bernard, Professeur au Museum d'Histoire Naturelle de Paris et Céline Brochier Armanet, Professeur au Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive de Lyon. Le(la) doctorant(e) aura également en charge la préparation de rapports, de présentations de séminaires et de conférences, et de publications scientifiques.

Nous recherchons une personne curieuse, créative et motivée, avec une solide formation en microbiologie, bioinformatique ou écologie microbienne, pour ce projet de thèse en microbiologie environnementale. Le projet de thèse est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) dans le cadre du projet de recherche Jeune Chercheur MARWEL piloté par M. Hugoni.

Les expériences à mener incluront :

- Plusieurs missions de terrain afin de collecter les échantillons d'eau du lac Dziani Dzaha (Mayotte) nécessaires à la mise en œuvre du projet. Cette partie, conduite en milieu tropical, sur un site où les infrastructures sont absentes nécessite une bonne condition physique et des aptitudes à la rigueur et à l'organisation méticuleuse sous-tendues par la mise en œuvre de missions de terrain.
- Des déplacements à Montpellier, dans le laboratoire MARBEC afin d'aller se former à la procédure de tri cellulaire par cytométrie de flux, qui permettra de collecter les fractions attachées de Woesearchaeota soit à Arthrospira fusiformis soit à Picocystis salinarum.
- La préparation des librairies de séquençage d'ADN et ARN et les analyses bioinformatiques et biostatistiques associées.

Les candidat(e)s recherché(e)s devront :
- Posséder un diplôme de Master en microbiologie, écologie microbienne, biologie moléculaire ou équivalent
- Avoir une expérience pratique des techniques de microbiologie et de biologie moléculaire
- Avoir une bonne maîtrise de la communication orale et écrite, en français et/ou anglais
- Des connaissances pratiques en analyse de données et/ou plus largement en bioinformatique, biostatistiques seront autant d'atouts supplémentaires pour une candidature.

Contexte de travail

Contexte de travail et informations supplémentaires :
L'objectif majeur de l'équipe M2E est de comprendre les processus d'adaptation des microorganismes vivant en milieux extrêmes grâce à une approche multidisciplinaire allant de la physique jusqu'aux techniques de pointe d'omiques environnementales. L'équipe se focalise sur l'étude des Archaea, dont il est primordial de comprendre l'écologie pour mieux appréhender le fonctionnement des écosystèmes et à partir desquelles des solutions biotechnologiques sont développées.

Contraintes et risques

Aucune identifiée

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