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Bourse de doctorat en biologie cellulaire et évolution (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR5239-MARDEL-002
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : lundi 1 juillet 2019
Nom du responsable scientifique : Marie DELATTRE
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

La cellule est un niveau d'organisation biologique qui a été peu exploré d'un point de vue évolutif. Comment les processus cellulaires évoluent-ils ? Dans quelle mesure les mécanismes cellulaires peuvent évoluer sans que les grandes fonctions cellulaires qu'ils sous-tendent ne soient perturbées ? Notre équipe a établi l'embryon de nématode comme système d'étude pour répondre à ces questions.

Les embryons de nématodes présentent de nombreux avantages car ils sont de grande taille, leurs divisions cellulaires sont rapides et stéréotypées et beaucoup d'évènements cellulaires sont visibles par simple microscopie DIC. De plus, l'embryon du nématode C. elegans a été très bien étudié, à la fois d'un point de vue moléculaire que biophysique, offrant un cadre idéal pour des approches comparatives.

Nous avons développé deux axes de recherche : i) explorer les modifications du processus de méiose des ovocytes, permettant l'émergence de l'asexualité dans certaines espèces (ex. [1]), ii) explorer les changements moléculaires et physiques responsables de modifications de la dynamique du fuseau mitotique entre espèces (ex. [2]).

Jusque très récemment, les approches fonctionnelles dans les espèces non-modèles de nématodes étaient compliquées car les techniques comme le RNAi ou des modifications du génome par CRISPR/Cas9 étaient difficiles à mettre en place. Grâce à de nouveaux travaux [3], nous sommes maintenant en mesure d'appliquer ces méthodes aux espèces que nous étudions.

Le but de ce projet de thèse sera donc de i) établir CRISPR/Cas9 dans quelques espèces choisies pour leurs divergences par rapport au modèle C. elegans, ii) utiliser cette technologie en combinaison avec les techniques de RNAi, pour explorer les bases moléculaires des changements de comportement du fuseau méiotique et mitotique entre les espèces. Pour cela, nous génèrerons des lignées transgéniques exprimant des protéines fluorescentes, permettant une mesure précise des paramètre cellulaires. Nous pourrons alors quantifier par ex. la dynamique des microtubules entre espèces, les étapes de ségrégation des chromosomes en méiose, la cytodiérèse, la contractilité du réseau d'actin, etc. pour comprendre quels changements ont conduit à la diversité des mécanismes cellulaires observée entre espèces proches. Des hypothèses pourront ensuite être testées experimentalement par RNAi ou en créeant des mutants par CRISPR/Cas9.

References :
[1]. Grosmaire M, & al. Males as somatic investment in a parthenogenetic nematode. Science. 2019 Mar 15;363(6432):1210-1213. doi: 10.1126/science.aau0099.
[2]. Valfort AC, & al. Evolution of mitotic spindle behavior during the first asymmetric embryonic division of nematodes.PLoS Biol. 2018 Jan 22;16(1):e2005099. doi: 10.1371/journal.pbio.2005099. eCollection 2018 Jan.
[3]. Adams S, & al. Liposome-based transfection enhances RNAi and CRISPR-mediated mutagenesis in non-model nematode systems. Sci Rep. 2019 Jan 24;9(1):483. doi: 10.1038/s41598-018-37036-1.

Contexte de travail

Le laboratoire d'accueil LBMC est situé sur le campus de l'Ecole Normale Supérieure de Lyon (site Monod), dans un environnement multidisciplinaire (30 unités de recherche, de l'archéologie à la physique quantique). De plus, le projet de thèse s'inscrit dans une collaboration transdisciplinaire et internationale (collaboration avec une équipe de biophysiciens de l'IISER Pune, Inde).

Informations complémentaires

Le.a candidat.e devra être titulaire d'un diplôme d'ingénieur et/ou d'un master en biologie ou en biophysique, avoir de solides connaissances en microscopie et biologie moléculaire. Une connaissance du modèle nématode et/ou de la technologie CRISPR/Cas9 sera appréciée. Le poste nécessite de bonnes aptitudes de communication orale et écrite en anglais pour présenter aux congrès, échanger avec nos collaborateurs et rédiger des articles dans des revues scientifiques. Nous recherchons un.e jeune chercheur.se qui saura s'impliquer dans son projet, curieux.se, ayant une bonne autonomie technique et une forte motivation. De plus, le.a candidat.e devra être apte à travailler en équipe sur des projets multidisciplinaires.

Les candidatures devront inclure un CV détaillé ; au moins deux personnes référentes ; une lettre de motivation ainsi qu'un résumé d'une page du mémoire de master.

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