Description du sujet de thèse

Ce projet de thèse utilisera la microscopie à fluorescence pour visualiser la distribution des facteurs de transcription à l'intérieur du noyau des embryons de Drosophila melanogaster et utilisera l'analyse quantitative des images pour révéler les mécanismes possibles guidant leur réorganisation au cours du développement de l'embryon.

Activités
- Visualiser les distributions spatiales des facteurs de transcription du développement, des marques épigénétiques et de l'accessibilité de la chromatine à l'aide de la microscopie à fluorescence quantitative à haute et super-résolution.
- Développer et optimiser les protocoles d'imagerie pour les cibles énumérées ci-dessus.
- Développer un pipeline d'analyse pour caractériser, sur la base d'un seul noyau, les distributions subnucléaires des facteurs de transcription et des marques épigénétiques en utilisant l'autocorrélation, l'analyse des données topologiques et d'autres mesures spatiales quantitatives.
- Identifier si l'architecture de la chromatine (par exemple, les schémas de marques épigénétiques et d'accessibilité) ou d'autres caractéristiques structurelles à l'intérieur du noyau guident la distribution des facteurs de transcription.
- Suivre l'évolution de cette organisation spatiale au cours du développement de l'embryon et déterminer si les différentes lignées cellulaires ont des trajectoires distinctes en ce qui concerne le développement de leur topologie nucléaire.

Compétences
La personne recrutée doit être très motivée et autonome, en plus d'être familière avec la Drosophila melanogaster, sa génétique et son développement embryonnaire. Elle doit également avoir une expérience préalable de la microscopie confocale et de l'analyse computationnelle d'images. La personne recrutée doit avoir une très bonne maîtrise de l'anglais pour communiquer de manière professionnelle et pour assimiler les connaissances contenues dans la littérature scientifique de pointe (niveau C1).

Contexte de travail

Le Centre de Recherche en Biologie cellulaire de Montpellier (CRBM) UMR 5237 est situé sur le campus du CNRS qui comprend également l'IGMM, l'IRIM et le Pôle Chimie Balard. Le CRBM est composé de 160 chercheurs, post-doctorants, doctorants et personnels techniques, couvrant un large éventail de thématiques en biologie cellulaire. Il a accès à une plateforme d'imagerie de pointe (MRI) et à la plus grande plateforme drosophile française (à l'IGH). La personne recrutée travaillera dans l’équipe animée par le Dr Albert TSAI (Organisation nucléaire de la transcription dans les embryons) pour mener des recherches dans le cadre de ce projet de thèse.

Contraintes et risques

Aucune condition de sécurité particulière.