Description du sujet de thèse

Le projet d thèse vise à mettre en place de nouvelles méthodes analytiques pour explorer les interactions hôte-pathogène au cours de l’infection par Mycobacterium tuberculosis (Mtb), l’agent infectieux responsable de la tuberculose. Nous développerons des approches de protéomique sur cellule unique, permettant d’analyser sans a priori le contenu en protéines des cellules une par une, afin de caractériser finement les différentes cellules immunitaires dans le tissu pulmonaire, et de mieux comprendre les processus biologiques impliqués dans la défense contre l’infection par Mtb. Nous développerons également des méthodes ultra-sensibles d’analyse par spectrométrie de masse pour détecter les protéines issues de Mtb au sein des cellules infectées, et étudier comment Mtb échappe à nos défenses immunitaires. Au-delà de la tuberculose, les technologies novatrices développées ici seront utiles pour l'étude d'un large éventail de maladies, y compris le cancer et les maladies auto-immunes.

Contexte de travail

L'IPBS est un centre de recherche conjoint du CNRS et de l'Université de Toulouse au cœur du campus principal de l'Université Toulouse III-Paul Sabatier, qui propose une formation pluridisciplinaire de haut niveau dans les domaines des sciences, de la santé et de l'ingénierie. L'IPBS accueille actuellement plus de 250 personnels scientifiques et administratifs, dont plus de 40 doctorants et post-doctorants de nationalités multiples. L'IPBS comprend 18 équipes de recherche travaillant dans les domaines de l'inflammation, des infections et du cancer, ainsi que 4 plateformes de pointe en protéomique, biophysique et biologie structurale, imagerie moléculaire et cellulaire et exploration fonctionnelle, y compris en laboratoires BSL-3 pour l'étude des maladies infectieuses (tuberculose, SIDA, COVID-19). https://www.ipbs.fr

La thèse sera encadrée par les Drs Yoann Rombouts et Anne Gonzalez de Peredo, tous deux Chargés de Recherche au CNRS. Les travaux de recherche seront réalisés au sein de l'IPBS en collaboration étroite entre deux équipes : « Interactions des mycobactéries avec les cellules hôtes » et « Protéomique et spectrométrie de masse des biomolécules ».

Les recherches de l'équipe « Interactions des mycobactéries avec les cellules-hôte » (http://www.ipbs.fr/fr/interactions-des-mycobacteries-avec-les-cellules-hote) visent à comprendre les interactions hôte-pathogène dans la tuberculose aux niveaux moléculaire et cellulaire, de la découverte de nouveaux gènes de virulence dans Mycobacterium tuberculosis à l'identification des mécanismes immunitaires impliqués dans la défense de l'hôte contre le pathogène, avec l'objectif global de proposer de meilleures stratégies pour contrôler la maladie.

Le travail de l'équipe de "Protéomique et spectrométrie de masse des biomolécules" vise au développement de méthodologies innovantes de préparation et d'analyse des protéines par spectrométrie de masse dans des contextes biologiques diverses dont l'immunologie et les infections bactériennes.

En plus de son travail expérimental, le doctorant participera aux réunions hebdomadaires d'équipe, aux séminaires à l'institut, et à des congrès nationaux ou internationaux. De plus, un comité de thèse sera mis en place pour le suivi d'avancement des recherches du doctorant.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Le travail sur M. tuberculosis (pathogène humain de type 3) implique une formation donnée en interne et l'autorisation d'accès à des zones à régime restrictif ainsi qu'un suivi médical régulier. Le travail sera réalisé sur la souris de laboratoire.

Informations complémentaires

Nous recherchons un(e) candidat(e): - avec des connaissances solides en immunologie et physiopathologie et/ou en protéomique - Motivé(e) par les approches d'expérimentation in vivo, la cytométrie en flux, la biologie cellulaire, la biochimie et la protéomique. Une expérience en expérimentation animale serait un plus. - Curieux/Curieuse, avec un esprit critique et de bonnes capacités de rédaction et de communication