Description du sujet de thèse

Les glycanes sont des biomolécules le plus diversifiées dans la nature qui joue des rôles pivote dans le fonctionnement cellulaire. Ils subissent fréquemment des modifications post-synthétiques, telles que l’ajout de groupements chimiques, permettant une régulation fine de leur activité. Le lysozyme est un facteur majeur de l’immunité innée. Le lysozyme hydrolyse la paroi peptidoglycane des bactéries et contribue à l’activation de la réponse immunitaire. Toutefois, plusieurs Gram positif pathogène, en particulier le Staphylocoque possède une enzyme membranaire qui capable acétyle le peptidoglycane et inhibe l’activité du lysozyme. L’objectif principal de ce projet est de comprendre le mécanisme moléculaire par lequel cette enzyme acétyle le peptidoglycane. Pendant la thèse, nous prévoyons (1) de purifier l’enzyme et d’optimiser les conditions de sa stabilisation ; (2) Utilisation d’outils “protein-design” pour stabiliser la protéine dans différente conformation ; (3) de déterminer sa structure tridimensionnelle par cryo-microscopie électronique (cryo-EM) ; (4) de caractériser la protéine purifiée à l’aide d’approches biochimiques, biophysiques et enzymatiques ; et (5) de développer un test enzymatique in vitro et ainsi le test microbiologique pour identifier et valider des inhibiteurs ciblant cette enzyme.

Contexte de travail

Le poste se situe au sein de l'équipe émergente "Biochimie et Biologie Structurale des Protéines Membranaires" créée en Février 2025 au sein de l'Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS), Toulouse, un centre de recherche d'excellence en maladies infectieuses, cancers et maladies inflammatoires. La laboratoire IPBS est localisé au sein du campus de l'université de Toulouse III-Paul Sabatier. La thématique de recherche de l'équipe est pluridisciplinaires, elle vise à caractériser les protéines membranaires et enzymes d'intérêt thérapeutique, en particulière des enzymes modifiant les glycanes, en utilisant des approches biophysiques, d'enzymologie, et de biologie structurale (cryo-EM)