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Doctorat en biophysique de la division cellulaire (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : dimanche 30 juin 2024 00:00:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Doctorat en biophysique de la division cellulaire (H/F)
Référence : UMR5077-SYLTOU-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : mercredi 1 mai 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2135 € brut mensuel
Section(s) CN : Biologie cellulaire, développement, évolution-développement, reproduction

Description du sujet de thèse

Dans leur habitat naturel, les cellules subissent constamment des contraintes mécaniques, étant notamment déformées ou comprimées. Un environnement mécaniquement contraignant pourrait engendrer une instabilité génomique pendant la division cellulaire susceptible d'entraîner des pathologies telles que le cancer ou des maladies génétiques. Cependant les mécanismes qui contrôlent la robustesse de la division cellulaire sous l'effet du stress mécanique sont encore mal connues. Dans ce projet de thèse, nous proposons d'étudier la robustesse de la mitose dans la levure à fission par des approches interdisciplinaires alliant l'imagerie sur cellules vivantes, la microfabrication et la modélisation. L'association de l'équipe Tournier-Gachet du Centre de Biologie Intégrative de Toulouse (CBI-CNRS; https://cbi-toulouse.fr/fr/), experte dans le contrôle de la division cellulaire1–6 et de Morgan Delarue au sein de l’équipe MILE du laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes de Toulouse (LAAS-CNRS; https://www.laas.fr/en/teams/mile/ et https://delarue-research.org/), experte en microfabrication et en mécanobiologie7–10, apportera l'expertise multidisciplinaire nécessaire à ce projet ambitieux. Nous avons conçu le projet de manière à ce que le doctorant puisse d'abord se familiariser avec les différentes méthodologies mises en œuvre dans les deux équipes, avant de s'engager pleinement dans la compréhension des mécanismes contrôlant la robustesse de la mitose sous stress mécanique.

Références associées au projet :

1. Berthezene, J. et al. Aurora B and condensin are dispensable for chromosome arm and telomere separation during meiosis II. Mol Biol Cell 31, 889–905 (2020).
2. Colin, L. et al. Condensin positioning at telomeres by shelterin proteins drives sister-telomere disjunction in anaphase. Elife 12, RP89812 (2023).
3. Li, T. et al. MAARS: a novel high-content acquisition software for the analysis of mitotic defects in fission yeast. Molecular biology of the cell 28, 1601–1611 (2017).
4. Gay, G., Courtheoux, T., Reyes, C., Tournier, S. & Gachet, Y. A stochastic model of kinetochore–microtubule attachment accurately describes fission yeast chromosome segregation. The Journal of Cell Biology 196, 757–774 (2012).
5. Li, T., Gachet, Y. & Tournier, S. MAARS Software for Automatic and Quantitative Analysis of Mitotic Progression. Methods Mol Biol 2740, 275–293 (2024).
6. Mary, H. et al. Fission yeast kinesin-8 controls chromosome congression independently of oscillations. J Cell Sci 128, 3720–3730 (2015).
7. Alric, B., Formosa-Dague, C., Dague, E., Holt, L. J. & Delarue, M. Macromolecular crowding limits growth under pressure. Nature Physics 18, 411–416 (2022).
8. Delarue, M. et al. SCWISh network is essential for survival under mechanical pressure. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 114, 13465–13470 (2017).
9. Delarue, M. et al. Compressive Stress Inhibits Proliferation in Tumor Spheroids through a Volume Limitation. Biophysical Journal 107, 1821–1828 (2014).
10. Delarue, M. et al. mTORC1 Controls Phase Separation and the Biophysical Properties of the Cytoplasm by Tuning Crowding. Cell 174, 338-349 e20 (2018).

Contexte de travail

La thèse sera conduite au sein de deux instituts internationalement reconnus : Le Centre de biologie intégrative (CBI) et le laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS-CNRS). La proximité de distance entre les deux laboratoires (le LAAS-CNRS et le CBI sont situés sur le même campus de l'Université Paul Sabatier de Toulouse) permettra d'organiser des réunions hebdomadaires.
Le CBI développe des approches multidisciplinaires, multi-échelles en utilisant des organismes modèles, de la bactérie à l'homme. Ce centre rassemble plus de 400 personnes, réparties au sein de trois unités, (i) la Microbiologie (ii) la Biologie Moléculaire, Cellulaire et du Développement et (iii) la Cognition Animale. Le CBI offre un environnement à la pointe des technologies grâce à 8 plateformes technologiques qui comportent des équipements innovants, notamment en imagerie du vivant, en microscopie électronique, en analyse d'images et en bio-informatique.
Les activités de recherche du LAAS-CNRS sont variées, et réparties en 6 départements thématiques, allant des sciences de l’informatiques aux sciences de l’ingénierie. Le département «Micro-Nano-Bio-Technologie » en particulier rassemble les activités du laboratoire à l’interface entre les sciences du vivant et l’ingénierie. Le LAAS-CNRS est entièrement équipé pour la microfabrication grâce à la plateforme de nanofabrication et de microfabrication Renatech, avec une salle blanche de 1500 m2.
Sylvie Tournier (DR2 CNRS) dont l'équipe est rattachée à l'école doctorale "Biologie, Santé, Biotechnologie (BSB)" de Toulouse, sera la directrice de thèse du doctorant. Le co-directeur sera M. Delarue (CRCN CNRS). Ce projet de thèse, financé par une bourse 80/Prime du CNRS est destiné à soutenir et renforcer l'interdisciplinarité entre instituts du CNRS. Ce projet est donc par essence interdisciplinaire et nous souhaitons recruter un(e) étudiant(e) ayant une solide expérience à l'interface entre la physique et la biologie. L'étudiant(e) sera formé aux techniques de pointe de manipulation génétique de la levure et de microfabrication, ainsi qu'aux techniques d'imagerie des cellules vivantes et à l'utilisation de logiciels tels que Matlab pour l'analyse des images et des données. L'équipe Tournier-Gachet et l'équipe de Morgan Delarue disposent d'un solide réseau de collaborateurs internationaux si le doctorant souhaite poursuivre dans le monde académique. De plus, l'ensemble des compétences acquises au cours de la formation doctorale sont très appréciées dans le domaine de la biotechnologie. Il ne fait aucun doute que les compétences développées au cours de ce projet donneront au doctorant un avantage s'il souhaite postuler pour travailler dans l'industrie.

Contraintes et risques

Aucun