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Projet de thèse pour étudier mécanismes régulant l'expansion des boucles d'ADN par le complexe cohésine (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 12 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR5077-FREBEC-001
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 21 novembre 2022
Nom du responsable scientifique : Frederic BECKOUET
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 2 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Nous recherchons un/une doctorant/doctorante très motivé/motivée pour travailler sur les mécanismes moléculaires impliqué dans l'expansion des boucles d'ADN par le complexe cohésine.
La cohésine est un holocomplexe en forme d'anneau doté d'une activité ATPase et qui appartient à la famille des complexes de maintenance structurelle (SMC). En plus de conférer la cohésion des chromatides soeurs, les complexes de cohésine ont la capacité de générer des interactions intrachromosomiques dans le génome de différents organismes. Ces contacts chromosomiques en cis entraînent l'établissement de grandes boucles de chromatine le long du chromosome interphase des mammifères. Ces boucles dépendantes de la cohésine contribuent à la segmentation des chromosomes en domaines topologiquement associés (TAD) auto-interagissants. Les rôles des boucles dépendantes de la cohésine et des TAD dans la régulation des processus biologiques des chromosomes, tels que la transcription des gènes, la réplication de l'ADN et la réparation des cassures double brin, sont activement étudiés. Nous avons récemment découvert, avec d'autres, que la cohésine organise également les chromosomes mitotiques de la levure en boucles, par le biais de voies de régulation similaires à celles que l'on trouve dans les cellules de mammifères.
Les mécanismes moléculaires qui régulent la formation et l'extension des boucles d'ADN dépendantes de la cohésine sont activement étudiés in vivo et in vitro. Un modèle propose que la cohésine organise l'ADN en capturant de petites boucles et que l'extrusion de ces boucles entraîne leur élargissement progressif, jusqu'à des structures de la taille d'une mégabase, jusqu'à ce qu'elles rencontrent des obstacles physiques le long de l'ADN ou qu'elles soient libérées spontanément. Des expériences biochimiques récentes ont fortement étayé ce modèle en montrant que les cohésines purifiées peuvent effectivement extruder les boucles d'ADN de manière dépendante de l'ATP. Néanmoins, la manière dont la cohésine capture et étend l'ADN reste débattue.
Nous avons récemment montré que la stimulation de l'hydrolyse ATP de la cohésine par Scc2, un partenaire de la cohésine impliqué dans le chargement de l'ADN, joue un rôle clé dans l'expansion de la boucle d'ADN in vivo. De plus, notre étude a montré que l'acétylation de la cohésine inhibe l'expansion de la boucle médiée par Scc2. Cependant, le mécanisme par lequel l'acétylation inhibe l'expansion de la boucle reste mystérieux. Par conséquent, nous recherchons un/une doctorant/doctorante très motivé/motivée afin de développer un système reconstitué in vitro dans le but déchiffrer comment l'acétylation de Smc3 contrôle l'activité ATPase et la formation des boucles.

Contexte de travail

Unité de biologie Moléculaire, Cellulaire et du Développement (MCD), CBI, Université Paul Sabatier de Toulouse

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