En poursuivant votre navigation sur ce site, vous acceptez le dépôt de cookies dans votre navigateur. (En savoir plus)

Doctorant en enzymologie (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mardi 23 avril 2024

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler

Informations générales

Intitulé de l'offre : Doctorant en enzymologie (H/F)
Référence : UMR5031-CLASTI-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PESSAC
Date de publication : mardi 2 avril 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 septembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € mensuel
Section(s) CN : Biologie moléculaire et structurale, biochimie

Description du sujet de thèse

Titre français : Les quinone oxydoréductases : mécanistique fondamentale et optimisation pour des applications

Présentation détaillée du projet doctoral
Le projet consiste à utiliser une enzyme de type quinone oxydoréductase dont le mécanisme est basé sur un transfert à 1 seul électron en alternative à la diaphorase dans des boucles d’autoamplification exponentielle pour des immunocapteurs.
Dans le contexte de la pandémie de la COVID19, il a été mis en évidence la nécessité de disposer de moyens de tests plus fiable, reproductible et sensible. Le développement d’outils génériques qui combineraient la spécificité et la simplicité d’un immunodosage et la sensibilité de la technique PCR est un axe de travail pour développer des capteurs peu cher, fiable et sensible.
Les enzymes de la famille des zeta-cristallines ont été identifiées dans les lentilles de chameau ou plus généralement dans les yeux des mammifères ou amphibiens. Peu d’informations sont disponibles dans la littérature au niveau du mécanisme enzymatique de ces enzymes. Elles catalysent la réduction de quinones en présence de NADPH et ont la propriété d’effectuer un transfert à un seul électron sur la quinone. Cette propriété présente un intérêt pour la mise au point d’immunocapteurs développés par notre collaborateur François Mavré au Laboratoire d’Electrochimie Moléculaire à Paris. Classiquement est utilisée la diaphorase mais à l’heure actuelle, le transfert à deux électrons qu’elle catalyse est lié à l’étape limitante lors du processus d’amplification du signal.
Le travail consistera dans un premier temps à produire, purifier et caractériser au niveau mécanistique la zeta cristalline. Une première approche de clonage systématique, d’analyse par bioinformatique des séquences primaires, secondaires, tertiaires et quaternaires, et de caractérisation enzymatique et biochimique de zeta-cristallines trouvées dans la biodiversité naturelle permettra de sélectionner différents types d’enzyme avec des propriétés au niveau de leur spécificité de substrat, stabilité et état oligomérique modulées.
Une deuxième étape consistera à optimiser ces biocatalyseurs pour fabriquer une zeta cristalline artificielle parfaite pour nos applications du point de vue spécificité de substrat, stabilité, pH optimum et température optimale. Des méthodes rationnelle, semi-rationnelle et d’évolution dirigée seront utilisées pour fabriquer des banques de variants. Ces variants seront criblés par la technique de microfluidique en gouttes. Plusieurs cycles d’évolution pourront être envisagés.
Au niveau des résultats attendus, un mécanisme générique sera déterminé au niveau moléculaire et les facteurs structuraux et moléculaires essentiels à l’activité zeta cristalline seront caractérisés. Des banques de variants seront générées et des enzymes optimisées seront obtenues après criblage par microfluidique. Ces nouveaux biocatalyseurs seront caractérisés au niveau biophysique, enzymatique et biochimique.
Les enzymes naturelles ou artificielles purifiées à homogénéité seront testées par notre collaborateur François Mavré au Laboratoire d’Electrochimie Moléculaire au fur et à mesure de l’évolution du projet afin d’affiner les propriétés de l’enzyme artificielle au fur et à mesure des différents cycles d’évolution.

Contexte de travail

Le Centre de Recherche Paul Pascal est reconnu internationalement pour le développement et la caractérisation de systèmes complexes, couvrant différents domaines de la matière molle aux matériaux avancés à l'interface entre la physico-chimie et la biologie.
Tout le matériel nécessaire à la réalisation de ce projet est disponible eu Centre de Recherche Paul Pascal: chambre froide, AKTA purifier, spectrophotomètre UV-visible, spectrofluorimètre, lecteur de plaques, stopped-flow, PCR, électrophorèse, caméra, laboratoire de type L2, plateforme de criblage microfluidique.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.