Description du sujet de thèse

Le sujet de thèse s'adosse au projet CARAPATE, visant à caractériser les adaptations physiologiques des poissons en réponse à l'augmentation de la température de l'eau, dans un contexte de réchauffement global des rivières.

Les écosystèmes aquatiques continentaux sont soumis à de fortes contraintes et modifications environnementales, notamment thermiques en lien avec le réchauffement climatique. Pourtant, les mécanismes fins par lesquels la température influence l'écologie des organismes aquatiques restent insuffisamment caractérisés pour espérer évaluer avec précision les capacités d'adaptation des espèces à l'augmentation progressive mais rapide de la température de l'eau. En effet, chez les organismes ectothermes tels que les poissons, le métabolisme est fortement influencé par la température ambiante, affectant directement certains traits d'histoire de vie, tels que la croissance et la reproduction. Les variations thermiques de l'eau peuvent également avoir de profondes répercussions sur ces traits au niveau individuel et engendrer des effets jusqu'au niveau populationnel. Parmi les différentes réponses possibles à un réchauffement, deux principales se dégagent : (1) les individus vivant dans des milieux relativement chauds pourraient être plus résistants et mieux adaptés à l'augmentation des températures et aux périodes de stress thermique par rapport aux individus vivant dans des milieux plus frais ou (2) le fait de vivre dans des conditions thermiques suboptimales pourrait rendre les organismes ectothermes plus sensibles aux stress subséquents.
Afin de déterminer laquelle de ces réponses est dominante chez les poissons des grandes rivières françaises et de mieux comprendre les mécanismes physiologiques impliqués dans l'adaptation à une exposition chronique à des températures plus élevées, cette thèse visera à estimer le budget énergétique global (efficacité et plasticité mitochondriale en relation avec les performances in vivo) au niveau individuel chez différentes populations de poissons selon un gradient thermique observé sur le Rhône. L'exposition d'individus prélevés dans des milieux de vie thermiquement contrastés à de courtes mais intenses variations de températures, telles que celles rencontrées lors de canicules, permettra d'évaluer leur capacité de résistance et de résilience à de telles périodes thermiquement stressantes.

L'approche adoptée pour cette thèse est une approche intégrative combinant des aspects de transcriptomique, l'évaluation in vivo de paramètres individuels (performances de nage, consommation d'oxygène et efficacité musculaire) et des mesures de bioénergétique cellulaire (fonctionnement mitochondrial, activités enzymatiques et balance oxydative). Grâce à une forte composante expérimentale, celle-ci permettra de dresser un schéma global des coûts énergétiques liés aux variations de température, en fonction des conditions thermiques de leur milieu de vie in situ, chez le spirlin et le chevaine.

Contexte de travail

Le (ou la) candidat(e) devra avoir un Master 2 ou équivalent, une forte expertise en bioénergétique cellulaire et/ou en respirométrie in vivo. Alternant approches expérimentales, de terrain et de laboratoire, il ou elle devra être à l'aise avec l'expérimentation animale (modèle poisson en particulier). Il ou elle devra savoir travailler en équipe tout en étant autonome et devra être capable de communiquer et de présenter ses résultats lors de congrès nationaux et internationaux. Des connaissances approfondies en analyse de données et en statistiques, ainsi que des facilités en anglais (écrit et oral) seront appréciées.

Cette thèse financée par un appel à projet EDF, sera rattachée à l'École Doctorale ED205 EDISS et se déroulera sur plusieurs sites : Campus de la Doua, UCB Lyon 1 et INRAE Aix-Marseille, sous la supervision de Loïc TEULIER (LEHNA, UCBL) et de Martin DAUFRESNE (INRAE RECOVER). Le ou la candidate devra fournir un CV complet, une lettre de motivation et le cas échéant, une copie de son diplôme de Master et/ou que ses notes de Master.