Description du sujet de thèse

Nous recherchons une personne très motivée qui étudiera la sélection post-dépôt des communautés microbiennes aériennes et la géochimie sur l'adaptation et la sélection dans les manteaux neigeux glaciaires par le biais d'analyses des métagénomes et des transcriptomes. Il s'agira notamment d'analyser les changements entre la dormance et l'activité liée aux déclencheurs physico-chimiques à l'interface neige-glace afin de déterminer si la glace glaciaire est une source d'ensemencement potentiel pour les manteaux neigeux basaux. Ces hypothèses seront testées à l'aide de chambres à neige et d'expériences en microcosme dans notre groupe.
Les candidats qualifiés seront titulaires d'un master en écologie microbienne ou en sciences de la vie. Une spécialisation en informatique serait un avantage supplémentaire. Les personnes qualifiées doivent être capables de travailler à la fois de manière indépendante et harmonieuse au sein d'une équipe de chercheurs d'horizons divers. Les candidats doivent posséder de solides compétences en communication et suivre les meilleures pratiques en matière de documentation du code et de tenue des dossiers. Une expérience dans la création de flux de travail bioinformatiques est un atout.

PRÉ-REQUIS DU POSTE
Les candidats qualifiés seront titulaires d'un master en écologie microbienne ou en sciences de la vie. Une spécialisation en informatique serait un avantage supplémentaire. Les candidats doivent maîtriser Python, R et les scripts shell. Les candidats doivent avoir une expérience de travail avec des données de séquençage de nouvelle génération et des algorithmes et outils bioinformatiques applicables. Les personnes qualifiées doivent être capables de travailler à la fois de manière indépendante et harmonieuse au sein d'une équipe de chercheurs aux antécédents divers. Les candidats doivent posséder de solides compétences en communication et suivre les meilleures pratiques en matière de documentation du code et de tenue des dossiers. Une expérience dans la création de flux de travail bioinformatiques est un atout.
Langue Anglaise – bon niveau

Contexte de travail

L'Institut des Géosciences de l'Environnement (IGE) est un laboratoire public de recherche sous les tutelles du CNRS/INSU, l'IRD, l'Université Grenoble Alpes (UGA) INRAE et Grenoble-INP.
Il rassemble environ 330 personnes dont 190 membres permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs) et environ 140 doctorants, post-doctorants et personnels en contrat à durée déterminée. Le laboratoire accueille aussi chaque année plusieurs dizaines de stagiaires et visiteurs scientifiques. Le laboratoire est installé sur trois sites du Campus universitaire de Grenoble (sites Glagiologie, OSUG-B/Maison Climat Planète, et INRAE Grenoble Saint Martin d'Hères).
L'IGE constitue l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) qui est une structure fédérative de l'INSU.

Contraintes et risques

Pour postuler à ce poste de doctorant, vous devez répondre aux critères d'éligibilité des actions Marie Sklodowska Curie avant la date limite de recrutement :
- Être titulaire d'un master comportant un volet recherche ou d'un master sans volet recherche avec au moins une moyenne de distinction élevée,
ET
- Être dans les quatre premières années d'expérience de recherche en équivalent temps plein (ETP) de votre carrière de chercheur et ne pas avoir encore obtenu de diplôme de doctorat. L'expérience de recherche ETP est mesurée à partir de la date à laquelle un chercheur a obtenu le diplôme lui permettant de s'engager dans un doctorat,
ET
- Ne pas avoir résidé ou exercé son activité principale (travail, études, etc.) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant immédiatement le recrutement. Le temps passé dans le cadre d'une procédure d'obtention du statut de réfugié au titre de la Convention de Genève (Convention sur les réfugiés de 1951 et Protocole de 1967), du service national obligatoire et/ou de courts séjours tels que des vacances n'est pas pris en compte.