Description du sujet de thèse

Une thèse de doctorat dans le laboratoire « Biologie Structurale Computationnelle » dirigée par le Dr Max Bonomi est disponible pour une durée de 3 ans. Le poste est financé par le ERC Consolidator Grant 2022 « bAIes ». L’unité fait partie du CNRS UMR3528 et du Département de Biologie Structurale et Chimie à l’Institut Pasteur (Paris, France).

Contexte de travail

Notre laboratoire travaille sur le développement et l'application d'approches computationnelles et expérimentales intégratives pour caractériser la structure et la dynamique des systèmes biologiques complexes. Ce projet se concentrera sur le développement d'une nouvelle méthode de modélisation pour intégrer des techniques expérimentales de pointe en biologie structurale avec des simulations de dynamique moléculaire (MD) et l'Intelligence Artificielle (IA). L’application de ces méthodes à des données issues de la cryo-microscopie électronique et de la tomographie constitue également une partie fondamentale de ce projet. Le doctorant fera partie d'une équipe collaborative travaillant en étroite collaboration avec des groupes expérimentaux à l’Institut Pasteur.

Contraintes et risques

Nous recherchons des candidats ayant une formation en biologie computationnelle, chimie ou physique :
- Une solide formation en mécanique statistique est essentielle ;
- Une expérience en simulations de dynamique moléculaire (MD) est essentielle ;
- La capacité à travailler en équipe de manière collaborative est essentielle ;
- Des compétences en programmation (C++) sont un atout ;
- Une expérience en formation et application de méthodes d'apprentissage automatique/profond (ML/DL) est un atout.