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Poste de Doctorant (H/F) pour travailler sur la phylogénomique des microbes anciens dans le cadre d'une bourse CNRS-UCPH à l'Unité de Paléogénomique Microbienne de l'Institut Pasteur à Paris.

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 6 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR2000-MARVIC-001
Lieu de travail : PARIS 15
Date de publication : mercredi 15 juin 2022
Nom du responsable scientifique : Nicolas RASCOVAN
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Titre du projet :
Prédire les mouvements des populations humaines anciennes à l'aide de la phylogénomique des microbes commensaux anciens

Profil du candidat :
Notre laboratoire est 100% computationnel. Par conséquent, le candidat pour ce projet doit avoir de bonnes à fortes connaissances en bio-informatique. Une expérience dans au moins certains des domaines suivants sera également nécessaire : génomique microbienne, métagénomique, phylogénétique, génétique des populations humaines, statistiques, mathématiques.
Les candidats doivent être disposés à lire, apprendre et intégrer constamment des concepts issus de différents domaines, à coopérer avec d'autres personnes et à promouvoir un environnement de travail convivial, sain et altruiste.

Contexte de travail

Contexte scientifique :
Les humains et les microbes ont étroitement interagi tout au long de l'histoire de l'évolution de notre espèce. Certaines des espèces microbiennes qui font partie du microbiome humain se retrouvent dans des populations de tous les continents, de toutes les époques et de tous les écosystèmes. En outre, différents travaux ont montré que les génomes de certaines espèces microbiennes core, et même le métagénome de la microbiote humain, pourraient être utilisés pour retracer les migrations des individus et des populations. Cependant, à ce jour, personne n'a systématiquement étudié dans quelle mesure, à quelle distance dans le temps et avec quelle précision ces migrations pouvaient être déduites de l'ADN microbien.

Objectifs :
Le but ultime de ce projet est de développer de nouvelles approches méthodologiques et statistiques pour estimer les migrations et mouvements des populations humaines anciennes (par exemple, les dates, les directions), en utilisant les génomes microbiens comme proxy. Pour ce faire, nous combinerons les données génomiques des humains anciennes et modernes et de leurs espèces microbiennes orales, toutes deux prélevées sur les mêmes individus, avec des échantillons couvrant des milliers d'années et de vastes régions géographiques. En supposant que les populations humaines anciennes ont divergé les unes des autres en même temps qu'au moins certains de leurs microbes associés, notre hypothèse est que ces microbes contiendront probablement des signatures phylogénétiques reflétant les histoires de migration de leurs populations hôtes. Si tel est le cas, les analyses phylogénomiques et d'horloge moléculaire de ces espèces pourraient être utilisées pour estimer les temps de divergence et les directions de propagation entre les anciennes populations humaines.

Environnement de travail :
L'unité de paléogénomique microbienne de l'Institut Pasteur étudie comment les microbes humains ont émergé, se sont répandus et ont changé au niveau génomique au cours de l'histoire de l'humanité, et utilise ces informations pour mieux comprendre la complexité des maladies infectieuses modernes et des microbiomes humains. Pour ce faire, nous combinons l'ADN ancien (en utilisant des restes humains anciens comme sources d'ADN), le séquençage à haut débit, la génomique et la métagénomique, la phylogénétique et les approches bio-informatiques. Nous interagissons étroitement avec des historiens et des archéologues afin de bien contextualiser nos résultats. Le laboratoire est situé sur le campus de l'Institut Pasteur à Paris, qui est un environnement très dynamique et international, avec des groupes de recherche travaillant sur une grande diversité de sujets liés aux sciences de la vie.

Contraintes et risques

Risques et contraintes :
- L'étudiant passera la plupart, voire la totalité de son temps à travailler sur un ordinateur ;
- De longues heures d'assise devant un écran sont donc à prévoir ;
- Des déplacements récurrents entre Paris et Copenhague sont également prévus ;

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