Contrat doctoral sur le suivi temporel de la biodiversité en Guyane Française (H/F)

Description du Poste

Sujet De Thèse

Contexte
Le projet GENE-AMA, financé par la MITI du CNRS, vise à renforcer les capacités de suivi de la biodiversité amazonienne par génomique environnementale, en Guyane française, au Brésil et au Guyana. Il s’appuie sur les avancées du séquençage haut débit, notamment Oxford Nanopore, pour développer des approches locales, rapides et standardisées d’analyse de l’ADN environnemental. La thèse contribuera à la structuration d’un réseau d’observatoires génomiques pour le suivi temporel des écosystèmes amazoniens.

Mission
Développer, tester et comparer des approches de génomique environnementale pour le suivi multi-taxonomique et temporel de la biodiversité amazonienne. Produire des données, outils et protocoles reproductibles permettant de relier les variations de détection ADNe aux paramètres environnementaux et aux enjeux de conservation.

Activités
Activité 1 : Développer les approches génomiques pour l’ADN environnemental
• Participer à la conception et à l’évaluation d’un kit de capture multi-marqueurs et multi-groupes adapté à la biodiversité amazonienne.
• Préparer les bibliothèques de séquençage et comparer des approches de metabarcoding, capture par hybridation et/ou capture digitale.
Activité 2 : Produire et analyser des données de biodiversité temporelle
• Contribuer au traitement bioinformatique des données de séquençage.
• Analyser les variations temporelles des communautés détectées par ADNe et les mettre en relation avec des paramètres physico-chimiques et saisonniers.
Activité 3 : Contribuer au suivi écologique et à la validation des approches
• Appuyer la standardisation des protocoles d’échantillonnage mensuel sur les sites suivis en Guyane française, au Brésil et au Guyana.
• Comparer, lorsque les données sont disponibles, les résultats ADNe avec des suivis indépendants de la biodiversité.
Activité 4 : Valorisation et transfert
• Rédiger des articles scientifiques et communiquer les résultats dans des conférences et ateliers du consortium.
• Participer aux actions de formation et de transfert de compétences auprès des partenaires régionaux, en particulier sur les protocoles ADNe, le séquençage et l’analyse bioinformatique.

Activité encadrer et animer une équipe
Non concerné par un encadrement hiérarchique. La personne pourra toutefois contribuer à l’animation scientifique fonctionnelle du consortium et à l’accueil ponctuel de stagiaires, sous la responsabilité des encadrants.

Activité spécifique ou transverse
Participation à un projet international et interdisciplinaire associant écologie, génomique, bioinformatique, taxonomie, hydrologie environnementale et conservation. Contribution à l’harmonisation des pratiques et à la mise en réseau d’observatoires de biodiversité en Amazonie.

Compétences attendues
Savoirs / connaissances
• Écologie moléculaire, génomique environnementale et ADN environnemental.
• Biodiversité tropicale, écologie des communautés et enjeux de conservation en Amazonie.
• Principes du séquençage haut débit de deuxième et troisième génération, notamment Illumina et Oxford Nanopore.
• Notions de bioinformatique, métagénomique/metabarcoding, bases de référence et assignation taxonomique.
Savoir-faire
• Mettre en œuvre ou apprendre rapidement des protocoles de laboratoire : extraction d’ADN, préparation de bibliothèques, contrôle qualité.
• Utiliser un environnement Linux et des outils de traitement de données de séquençage.
• Réaliser des analyses statistiques et graphiques sous R ; organiser des jeux de données reproductibles.
• Rédiger des manuscrits, rapports et supports de présentation en français et en anglais.
• Participer à des missions de terrain en milieux tropicaux et respecter les protocoles de sécurité et de traçabilité.
Savoirs-être
• Rigueur scientifique, autonomie progressive, sens de l’organisation et respect des délais.
• Capacité à travailler en équipe dans un contexte international et interculturel.
• Curiosité scientifique, esprit critique, adaptabilité aux environnements de terrain, laboratoire et analyse computationnelle.
• Motivation pour travailler en Guyane française et contribuer à une recherche conduite en et pour l’Amazonie.

Votre Environnement de Travail

Conditions de travail :
Contrat doctoral à temps plein basé principalement à Cayenne. Travail partagé entre laboratoire, analyses bioinformatiques et missions de terrain ponctuelles en Guyane française et, selon les besoins du projet, chez les partenaires au Brésil et au Guyana. Des déplacements pour ateliers, formations et conférences sont à prévoir. Respect des règles de sécurité en laboratoire de biologie moléculaire et sur le terrain ; équipements de protection individuelle fournis selon les activités.

Contexte d’exercice du poste :
Le poste s’inscrit dans le projet GENE-AMA, en interaction avec la plateforme GUYOMIQUE, la station des Nouragues, les observatoires HYBAM et les partenaires universitaires et institutionnels d’Amazonie. La personne travaillera dans un environnement interdisciplinaire et international visant à développer des méthodes de suivi de biodiversité transférables et durables.

Moyens mis à disposition :
Accès aux infrastructures de la plateforme GUYOMIQUE à Cayenne, aux équipements de biologie moléculaire, aux plateformes de séquençage Oxford Nanopore, aux ressources informatiques et aux jeux de données et références génomiques développés par le consortium. Budget de fonctionnement et de missions selon les moyens du projet.

Principaux interlocuteurs :
Encadrants CNRS et partenaires de l’UAR LEEISA, UMR AMAP, plateforme GUYOMIQUE, station des Nouragues, partenaires UFPA au Brésil, University of Guyana/Sophia Point - Rainforest Research Centre, observatoires HYBAM, collaborateurs en taxonomie, bioinformatique, écologie et conservation.

Portée internationale :
Ce projet bénéficiera d’un fort ancrage local en Guyane française et contribuera au renforcement de la recherche en coopération internationale à l’échelle de la région amazonienne. Les travaux menés contribueront aux objectifs d’innovation méthodologique et d’harmonisation des méthodes portés par le réseau international de recherche (IRN) « Amazon Bio-Track », qui réunit quatre pays amazoniens : le Pérou, le Guyana, le Brésil et la Colombie.

Rémunération et avantages

Rémunération

Allocation doctorale de 2300 € + Majoration DROM-COM de 920 € brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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