Offre de thèse sur l’évolution du microbiome marin face aux changements climatiques et environnementaux observes en zone pacifique tropicale (H/F)

Description du Poste

Sujet De Thèse

Les récifs coralliens et lagons du Pacifique Sud, hauts lieux de biodiversité, sont fortement menacés par le réchauffement climatique, les évènements extrêmes, les pollutions et l’urbanisation. Leur résilience dépend en partie de leurs microbiomes, essentiels à leur santé. Ainsi, le projet MIRACLE (évolution du Microbiome maRin face Aux changements CLimatiques et environnementaux observEs en zone pacifique tropicale) vise à comprendre comment les changements globaux actuels et passés influencent l’évolution de ces communautés microbiennes. En étudiant les liens entre la biodiversité microbienne et les variations environnementales passées et présentes, l’objectif est de mieux évaluer la résilience de ces écosystèmes fragiles et anticiper leur évolution future.
Dans l’actuel/présent, le doctorant (M/F) analysera à la fois la biodiversité microbienne marine, par séquençage de l’ADN environnemental, sur les sites sélectionnés de Nouvelle Calédonie (anthropisés, versant mines, pristine…) ainsi que les signatures géochimiques d’archives carbonatées marines vivantes (coraux et foraminifères) présentes sur les mêmes sites et calibrées à l’aide de données environnementales mesurées (T°C, pH, salinité, concentrations en métaux etc). Dans un second temps, l’utilisation d’archives sédimentaires (carottes), lui permettra d’étudier la dynamique de la biodiversité microbienne (séquençage de l’ADN ancien – SedaDNA) au cours des dernières décennies/dernier siècle en réponse aux paramètres environnementaux reconstruits à haute résolution au cours de cette même période de temps à partir des mêmes archives sédimentaires et à l’aide notamment des calibrations effectuées dans l’actuel/présent.
Nous anticipons des liens étroits entre l’évolution des communautés microbiennes et les changements environnementaux qu’ils soient progressifs (réchauffement climatique) ou soudains, comme les effets ENSO, les cyclones, l'intensification des activités humaines et les perturbations associées (ex. minière). Sur cette base, des modèles prédictifs utilisant des outils d’intelligence artificielle seront développés pour anticiper les évolutions futures de la biodiversité microbienne à partir des données environnementales passées et actuelles.
Cette thèse propose une formation interdisciplinaire, fondée sur un encadrement et des collaborations mobilisant microbiologistes, géochimistes, spécialistes des sciences des données, communautés locales et décideurs pour comprendre le passé, suivre le présent et anticiper l’avenir des récifs de Nouvelle-Calédonie. La compréhension de cette problématique constitue un enjeu scientifique majeur : elle permettra d’évaluer de manière plus robuste la résilience des écosystèmes coralliens insulaires face aux pressions globales, et de concevoir des stratégies de conservation et de gestion durable fondées sur des bases quantitatives et prédictives. Ce projet a vocation à être déployé ensuite sur d’autres territoires insulaires du Pacifique (Palaos, Nauru, Fidji...)
Le doctorant (M/F) aura pour missions :
1. L’échantillonnage de carottes sédimentaires, de carottes de corail et d’eau de mer sur des sites contrastés en Nouvelle-Calédonie et iles du Pacifique Sud.
2. L’extraction et le séquençage d’ADN ancien et moderne pour analyser la biodiversité microbienne (métabarcoding et métagénomique).
3. L’analyse bioinformatique et statistique des données de séquençage.
4. Le lavage, piquage et détermination des coquilles foraminifères, prelevées le long des carottes sédimentaires.
4. L’analyse géochimique des coquilles de foraminifères et carottes de corail pour reconstruire les conditions environnementales passées. (proxies : Mg/Ca, Sr/Ca, B/Ca, Ni/Ca, δ11B, δ18O, etc.).
5. L’intégration des données microbiennes et géochimiques pour identifier des biomarqueurs de résilience et modéliser les trajectoires futures des microbiomes récifaux.

Votre Environnement de Travail

La thèse sera co-encadrée par Véronique ANTON-LE BERRE, Directrice de Recherche au CNRS, (EMR SantEco / UMR ENTROPIE) microbiologiste, et Delphine DISSARD, Chargée de Recherche à l’IRD (UMR LOCEAN) géochimiste et paléoclimatologiste. Elle sera rattachée à l’EMR 9001 SantEco et à l’École doctorale du Pacifique, et bénéficiera d’une collaboration étroite avec des experts en gestion des données et en modélisation de l’Université de la Nouvelle-Calédonie (ISEA/UNC).
Environnement scientifique et institutionnel
L’EMR 9001 SantEco (Santé des Écosystèmes tropicaux) est intégrée à l’UMR 250 ENTROPIE (Écologie Marine Tropicale des Océans Pacifique et Indien), une unité de recherche spécialisée dans l’étude de la biodiversité marine et littorale de la région Indo-Pacifique. Elle se distingue par sa double implantation géographique : un site à La Réunion (Université de La Réunion, Saint-Denis) et un site en Nouvelle-Calédonie (campus de l’IRD, Nouméa), où se déroulera la thèse. L’approche scientifique qui y est développée couvre plusieurs échelles, du gène à l’écosystème, et s’intéresse aux facteurs naturels et anthropiques qui influencent ces milieux marins, ainsi qu’à leur valorisation durable.
Depuis 2014, la recherche en Nouvelle-Calédonie est structurée autour du CRESICA (Consortium pour la Recherche, l’Enseignement Supérieur et l’Innovation en Nouvelle-Calédonie). Ce consortium rassemble neuf institutions (BRGM, CHT, Cirad, CNRS, IAC, Ifremer, IPNC, IRD, UNC) et a pour mission de : favoriser la recherche interdisciplinaire, coordonner les acteurs autour de projets stratégiques pour la région, former les jeunes chercheurs en lien avec l’École Doctorale du Pacifique, diffuser les résultats vers la société, optimiser les ressources en mutualisant les équipements et les moyens. Ainsi, grâce à son appartenance au CRESICA, l’EMR SantEco dispose d’un accès privilégié à des infrastructures locales essentielles pour le projet MIRACLE, notamment : le séquenceur iSeq 100+ (Illumina) à IPNC, La plateforme du vivant (microbiologie et génomique) et le LAMA (Laboratoire d’Analyses Minérales et Environnementales), avec (LA) ICPMS, ICP-OES, sur le site de l’IRD
Le doctorant (M/F) bénéficiera ainsi d’un encadrement pluridisciplinaire et d’un environnement scientifique riche, avec des infrastructures de pointe et un réseau local, régional et international, permettant de développer des compétences variées dans un contexte tropical et insulaire, avec des enjeux scientifiques et sociétaux majeurs.

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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