Inférence probabiliste fondée sur l’apprentissage et les IA génératives, appliquée à la génomique évolutive H/F

Description du Poste

Résumé du projet scientifique

Le scientific machine learning connaît une révolution portée par l’IA générative, capable d’apprendre, à partir de données souvent non supervisées, des modèles probabilistes universels de la structure statistique des domaines étudiés. Cela transforme des tâches comme la prédiction ou la classification en cas particuliers d’inférence, amplifiés par la puissance de ces modèles. Le défi consiste à en extraire des variables latentes interprétables, reflétant les mécanismes biologiques sous-jacents.
La génomique évolutive, avec ses modèles probabilistes de processus biologiques (mutations, structure des génomes, contraintes biophysiques, sélection) et ses données massives mais bruitées, offre un terrain idéal pour ces avancées. Les progrès récents de l’IA en biologie (AlphaFold, ESM, DNABert) permettent désormais d’intégrer séquence, structure, fonction et dynamique évolutive. Ainsi, ce domaine mobilise naturellement les approches émergentes du ML (inférence par simulation, modèles de diffusion, neural ODEs/SDEs, auto-encodeurs variationnels) pour développer des méthodes d’inférence scalables, interprétables et accessibles à la communauté scientifique.

Résumé du projet d'enseignement

L’enseignement sera discuté en fonction du site où le lauréat ou la lauréate sera affecté.e. Il/elle s’impliquera sur chaque site dans des parcours existants

Unités d'accueil potentiels

• INS2I - CNRS Sciences informatiques
• LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
• LISN - Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique

Votre Profil

Profil Recherché

Titulaire d’un doctorat ou diplôme équivalent ou justifiant de titres et travaux scientifiques jugés équivalents par l’instance compétente de l’établissement. Il n’y a aucune condition d’âge ou de nationalité pour candidater. Tous les emplois CNRS sont accessibles aux personnes en situation de handicap en bénéficiant d’aménagement d’épreuves rendus nécessaires par la nature du handicap

Votre Environnement de Travail

Stratégie du laboratoire d'accueil

Cette CPJ cible deux laboratoires complémentaires, LISN et LBBE, experts en génomique évolutive. Leur recherche, à l’interface entre apprentissage automatique et génomique, combine innovations méthodologiques (modèles génératifs, inférence causale, représentation multi-omique) et applications biologiques (génomique des populations, phylogénie, prédiction de phénotypes). Leur approche interdisciplinaire associe biologistes, physiciens et informaticiens pour décrypter les mécanismes évolutifs.
La CPJ s’appuiera sur leurs expertises en modélisation des dynamiques adaptatives et évolutives, ainsi qu’en analyse de données massives (apprentissage semi-supervisé, inférence par simulation). L’intégration de données hétérogènes (multi-omiques, environnementales) permettra de développer des modèles prédictifs robustes et interprétables, répondant aux enjeux actuels en biologie évolutive.

Stratégie d'établissement

La génomique évolutive apparaît comme un cas exemplaire où la tradition de modélisation probabiliste scientifique rencontre naturellement les approches modernes d’apprentissage génératif, ouvrant un espace particulièrement riche de collaboration entre sciences du vivant, probabilités et informatique. Les laboratoires LISN (UMR 9015) et LBBE (UMR 5558) sont des références internationales en bioinformatique, génomique évolutive et modélisation statistique, dotés de plateformes technologiques de pointe (calcul haute performance, bases de données génomiques, outils d’IA).
La CPJ renforcera les synergies entre informaticiens, biologistes et modélisateurs, en s’appuyant sur des programmes nationaux et internationaux (ex. : réseaux CNRS Bioinformatique, collaborations avec l’INRIA, l’INSERM, ou des universités européennes). Elle contribuera à positionner la France comme un leader en IA pour la génomique, en lien avec les enjeux de santé publique, biodiversité et innovation méthodologique.

Stratégie Internationale

Le CNRS accueille et recrute largement des chercheuses et chercheurs à l’international. Plus de 30% des personnes recrutées viennent de l’étranger. Ce recrutement aura cette même ambition.

Rémunération et avantages

Rémunération

Rémunération brute annuelle de 54600 Euros à 57800 Euros selon l’expérience professionnelle

Financement total

200k€

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Politique de recherche

Science ouverte

Le CNRS développe une politique forte en faveur de la science ouverte. La science ouverte consiste à rendre « accessibles autant que possible et fermés autant que nécessaire » les résultats de la recherche. À ce titre, le CNRS vise à ce que 100 % des textes des publications issues des travaux de ses unités soient rendues accessibles à tous, notamment grâce au dépôt dans HAL. Les données produites doivent aussi être rendues disponibles et réutilisables, sauf restriction particulière. Par ailleurs, les principes directeurs de l’évaluation individuelle sont revus en conformité avec la déclaration DORA, plus qualitatifs et tenant compte de toutes les facettes du métier de chercheur.

Science et société

La relation science-société est désormais reconnue comme une dimension à part entière de l'activité scientifique. Le projet développera cette dimension en synergie avec tous les partenaires. Les travaux de recherche qui en seront issus contribueront à éclairer la décision publique. Des initiatives de sciences participatives pourront être initiées avec des acteurs de l’écosystème socio-économique et culturel du projet

Diffusion scientifique

La diffusion des résultats passera par des avancées scientifiques de niveau mondial, qui peuvent se caractériser par des productions de tout type : publications, logiciels, brevets, livres… Par ailleurs, le projet mettra en œuvre une communication vers des cibles diverses telles que communautés scientifiques, médias, décideurs, grand public, scolaires, etc., avec un calendrier adapté. Des outils spécifiques pourront être développés comme des sites web, des newsletters ou encore des rencontres, colloques internationaux, écoles d’été et conférences.

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche