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Portail > Offres > Offre CPJ-2022-019 - Numérique pour le stockage de données sur support moléculaire H/F

Chaire de professeur Junior : Digital4DNArxiv

Numérique pour le stockage de données sur support moléculaire H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
FrenchEnglish

Date limite de dépôt des candidatures : 31/08/2022

Informations générales

Date de publication : 20/05/2022
Type de contrat : Chaire de professeur Junior
Section du CoNRS : 7 - Sciences de l'information : traitements, systèmes intégrés matériel-logiciel, robots, commandes, images, contenus, interactions, signaux et langues
Durée du contrat : 5 ans. A son terme, le titulaire du contrat a vocation à être titularisé dans le corps des directeurs de recherche.
Date d'embauche prévue : 01/12/2022
Rémunération : Rémunération brute annuelle de 54 600 Euros à 57 800 Euros selon l’expérience professionnelle
Environnement Financier : 320 000 € pour la durée du projet

Thématique scientifique

Compression de l’information, codage des signaux et des images, stockage de données moléculaires

Stratégie d’établissement

La problématique du stockage de données sur support moléculaire devient de plus en plus compétitive à l’échelle internationale. Il s’agit d’une problématique hautement pluridisciplinaire au sens où les verrous à dépasser se trouvent dans un spectre de disciplines aussi variées que le numérique, la chimie, la biologie, et la microfluidique. Le CNRS a mobilisé les équipes de ces différentes disciplines dans le cadre du pilotage du PEPR exploratoire MoleculArxiv, lauréat de la vague 1. Le PEPR favorisera aussi l'animation des communautés françaises et européennes jusqu'à l'émergence d'une proposition européenne FET-flagship. Cependant, sur le volet numérique, les forces vives en terme de personnels permanents dans les laboratoires pourraient s’avérer limitantes pour consolider le positionnement des équipes concernées et de leurs travaux à l’échelle internationale. Ce projet de poste professeur junior s’inscrit donc dans la stratégie du CNRS de faire du CNRS le seul organisme mondial capable de mobiliser des équipes de recherche au meilleur niveau international sur tous les volets disciplinaires en lien avec la thématique du stockage sur support moléculaire, avec un renforcement des forces en sciences du numérique qui sont vues pour l’instant comme les moins nombreuses.

Stratégie du/des laboratoires d’accueil

I3S (UMR CNRS/Univ. Côte d’Azur) est un laboratoire reconnu dans les thématiques du traitement des signaux et des images, de la compression de données multimédia et des réseaux de communication. Marc Antonini (DR1 CNRS, porteur scientifique du PEPR Molecularxiv) dirige une équipe entièrement focalisée sur les systèmes de compression d’information pour le stockage sur support ADN, avec une visibilité internationale (responsable du groupe de standardisation JPEG- DNA par exemple). Le recrutement envisagé est en parfaite cohérence avec l’ambition de renforcer cette équipe.

IRISA (UMR CNRS avec plusieurs tutelles notamment Université Rennes 1) est constitué de 7 départements de recherche, dont les départements « Signal, Images, Langage » et « Gestion des données et connaissances » qui hébergent à la fois des équipes expertes en compression de données et des équipes en bioinformatique et indexation de données génomiques. Ces équipes sont impliquées dans le PEPR Molecularxiv sur ces différents volets. Le recrutement serait là aussi parfaitement cohérent avec l’ambition de renforcer les forces de l’IRISA sur ce sujet.

Résumé du projet scientifique

La personne recrutée développera des approches offrant le meilleur compromis entre compression de l’information (pour réduire les coûts de synthèse de polymère) et décodage sans erreur (pour garantir la qualité du décodage via des technologies de séquençage), en tenant compte restrictions imposées par les procédures biologiques de synthèse (écriture) et de séquençage (lecture) qui introduisent des erreurs significatives dans la séquence codée/décodée. Différentes stratégies de compression pourront être étudiées, soit avec des méthodes de traitement du signal, soit avec des méthodes de bioinformatique : transcodage pour convertir les données en code quaternaire, codage direct pour certain type de données, par exemple un codeur spécifique JPEG-DNA pour les images destinées à être stockées), structuration des brins synthétisés pour permettre un accès à la donnée stockée. Ces travaux de recherche viseront à s’inscrire dans l’objectif du PEPR molecularxiv de participer au codage effectif d’un document texte, d’une image et d’un logiciel en partenariat avec différents acteurs institutionnels français.

Résumé du projet d’enseignement/d’observation

Les activités de la personne recrutée s’inscriront dans la dynamique de formation de l’Université Côte d’Azur ou de l’Université Rennes 1 dans le domaine du numérique.

Diffusion scientifique

La diffusion des résultats passera par des productions scientifiques (publications, logiciels, patents…) de niveau mondial. Par ailleurs, le projet mettra en œuvre une communication vers des cibles diverses telles que communautés scientifiques, médias, décideurs, grand public, scolaires, etc., avec un calendrier adapté. Des outils spécifiques pourront être développés comme des sites web, des newsletters ou encore des rencontres, colloques internationaux, écoles d’été et conférences.

Science ouverte

Le CNRS développe une politique forte en faveur de la science ouverte. La science ouverte consiste à rendre « accessible autant que possible et fermé autant que nécessaire » les résultats de la recherche. À ce titre, le CNRS vise à ce que 100 % des textes des publications issues des travaux de ses unités soient rendues accessibles, notamment grâce au dépôt dans HAL. Les données produites doivent aussi être rendues disponibles et réutilisables, sauf restriction particulière. Par ailleurs, les principes directeurs de l’évaluation individuelle sont revus en conformité avec la déclaration DORA, plus qualitatifs et tenant compte de toutes les facettes du métier de chercheur.

Science et société

La relation science-société est désormais reconnue comme une dimension à part entière de l'activité scientifique. Le projet développera cette dimension en synergie avec tous les partenaires. Les travaux de recherche qui en seront issus contribueront à éclairer la décision publique. Des initiatives de sciences participatives pourront être initiée avec des acteurs de l’eco-système socio-économique et culturel du projet.

Indicateurs

L’activité sera évaluée notamment sur la base de la production scientifique (publications, logiciels, patent, etc.), sur les partenariats institutionnels et privés formalisés par des contrats, sur le rayonnement international, sur la valorisation des travaux vers des communautés scientifiques pluridisciplinaires, sur l’innovation et son transfert vers la société et sur la diffusion scientifique à destination de publics non spécialistes.

Mots clés

traitement du signal, codage, compression, bioinformatique, indexation, stockage de données, ADN