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Post-doctorat en visualisation scientifique immersive de données omiques. (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 9 décembre 2021

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Informations générales

Référence : UPR9080-MARBAA-002
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : jeudi 28 octobre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2 140 € et 3 954 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le LBT a développé des outils originaux pour la visualisation et l'analyse des structures protéiques, porté sur des environnements avancés tels que des casques de réalité virtuelle et des murs d'affichage. Ce projet vise à appliquer et à améliorer l'approche Unitymol à l'analyse informatique, la visualisation et la modélisation des réseaux de signalisation Redox. Le but de ce projet est de développer un outil de bioinformatique pour la visualisation d'ensembles de données protéomiques massifs de réseaux de signalisation redox. Ceux-ci sont rendus compréhensibles par un grand mur de visualisation haute résolution pour analyser la dynamique du réseau, sur la base d'une technologie protéomique quantitative et résolue dans le temps permettant la détection de la nitrosylation et de la glutathionylation. Les interprétations structurelles seront activées grâce à un pipeline de modélisation automatisé reliant plusieurs maladies mitochondriales humaines. Nous recherchons un candidat très motivé pour concevoir et mettre en œuvre une plateforme de visualisation bioinformatique de prochaine génération. Le candidat disposera de modèles en structure 3D de toutes les protéines modifiées. Ces données alimenteront la visualisation des circuits du réseau redox. Nous y parviendrons grâce à une représentation graphique du système redox et de son évolution temporelle avec la possibilité d'explorer les interconnexions entre différents systèmes. Les fondations du projet ont été précédemment établies (voir par ex. UnityMol), fournissant un cadre bien défini pour commencer. Ce poste est une opportunité de formation unique dans un environnement multidisciplinaire combinant plusieurs groupes de premier plan dans la recherche universitaire.

Quelques références en lien avec le projet :
[1] Maes et al., J Integrative Bioinformatics (2018) 15, 20180006
[2] Lv et al., PLOS One (2013), 8(3): e57990
[3] Martinez & Baaden, Acta Cryst D (2021), D77, 746-754

Activités

- développer des idées et des prototypes concernant l'étude immersive des réseaux redox et des sites des cystéines modifiées
- développer et implémenter cette application dans le projet UnityMol basé sur le moteur de jeu Unity3D
- appliquer l'outil développé à des questionnements biologiques concrets en tirant profit du matériel de réalité virtuelle et du mur d'image 3D existants
- écrire des articles scientifiques pour des journaux internationaux à comité de lecture

Compétences

savoir/connaissances:
- Connaissances générales alliant l'informatique et la biologie (bio-informatique, biophysique ou chimie)
- Connaissances approfondies en modélisation moléculaire et/ou visualisation scientifique/moléculaire
- Maitrise de l'anglais scientifique (lecture et rédaction)
- Connaissance de base en réalité virtuelle
- Une expérience préalable des moteurs de jeux et des environnements de développement similaires sera un plus
- Une connaissance du domaine des approches omiques sera un plus

Savoir Faire
- Concevoir et mettre en œuvre les logiciels scientifiques
- Capacités de programmation et d'ingéniérie logicielle pour bien gérer les développements (outils tels que git, doxygen,..)
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
- Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
- travailler en équipe, notamment en collaboration multi-laboratoire,
- organiser et planifier son travail de manière autonome;
- présenter ses résultats sous forme de rapports scientifiques clairs et circonstanciés.

Contexte de travail

Le travail sera effectué en majeure partie dans le laboratoire de Biochimie Théorique, unité UPR 9080 du CNRS dirigé par Marc Baaden à l'Institut de Biologie Physico-Chimique à Paris, avec des échanges réguliers avec nos partenaires à l'université de Paris et Sorbonne Université. Ce laboratoire, situé au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 29 personnes dont 15 membres statutaires. Le projet se fera sous la direction de Marc Baaden. Du matériel haut de gamme (casques de réalité virtuelle, mur de visualisation avancé,..) seront mis à disposition. Le travail s'effectuera dans une équipe pluri-disciplinaire.

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