Missions

L’ingénieur / l’ingénieure d’étude, contribuera à un projet ambitieux dirigé par le Dr. Patryk NGONDO, bénéficiant du soutien financier de l'ANR, dans l’équipe « Pathogenèse des infections bactériennes et immunité » au sein de l’UPR9002 à l’IBMC (Strasbourg). Le projet se consacre à l’étude du point de vue moléculaire des effets de certains facteurs sécrétés par la bactérie pathogène Shigella sur le transcriptome des cellules hôtes humaines. Notre objectif est d’identifier les stratégies moléculaires que le pathogène déploie pour manipuler le métabolisme de l'ARN de l'hôte, facilitant ainsi le déroulement de l'infection.
Pour cela nous combinons des analyses transcriptomiques de large envergure avec des études moléculaires pointues, visant à éclairer les interactions complexes entre l'ARN et les protéines au sein des cellules humaines infectées.
Le/la candidat(e) motivé(e) examinera les interactions ARN/protéines dans des cellules humaines infectées par la bactérie pathogène, du point de vue mécanistique. Ses responsabilités incluront la réalisation d'expériences et le développement de méthodologies en lien avec le projet, en utilisant des techniques de biologie moléculaire classiques ainsi que des approches recentes telles que l'édition du génome CRISPR/Cas9.

Activités

- Culture cellulaire et infections de cellules humaines avec la bactérie Shigella.
- Génération de lignées cellulaires humaines KO via CRISPR/Cas9.
- Mise en œuvre de techniques de biologie moléculaire (ADN/ARN/protéines).
- Rédaction de protocoles et analyse des résultats obtenus.
- Présentation des résultats lors de réunions hebdomadaires avec le porteur de projet ainsi que lors des réunions d'équipe.
- Participation aux tâches communes du laboratoire et à l'encadrement des étudiants stagiaires

Compétences

Les compétences requises incluent la maîtrise des techniques de base de biologie moléculaire (clonage moléculaire, extraction d’ADN, ARN, protéines, western blot, PCR, RT-qPCR) et culture cellulaire de lignées humaines.
- Une expérience en cytométrie de flux et en microscopie en fluorescence est fortement souhaitée.
- Une expérience dans l’utilisation de la technologie CRISPR/Cas9 n’est pas indispensable mais sera perçue comme un avantage certain.
- Des connaissances générales sur les interactions hôte-pathogène sont souhaitées.
- Expérience en microbiologie appréciée.
- Doit faire preuve d'autonomie, de rigueur et d’efficacité dans le suivi des instructions.
- Posséder un grand sens de l'organisation pour le suivi et la traçabilité de ses expériences.

Contexte de travail

Le début du contrat est prévu pour mai 2024. Ce contrat de travail est prévu pour une durée initiale de 13 mois, avec une possibilité d'extension. Le recrutement se fait dans le cadre du projet SHIFT porté par Dr. Patryk Ngondo et financé par l'ANR pour une durée de 3 ans à partir d'avril 2024.
Le poste se situe à l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) sur le campus de l'Université de Strasbourg, au sein de l'unité CNRS « Architecture et Réactivité de l'ARN ». Le travail sera effectué dans l'équipe « Pathogenèse des infections bactériennes et immunité » dirigée par Dr. Benoit Marteyn, sous la responsabilité de Dr. Richard Patryk Ngondo. Il/elle bénéficiera d'un environnement scientifique stimulant et aura accès aux équipements et plateaux techniques de l'unité et de l'institut nécessaires au projet.

Contraintes et risques

La manipulation de bactéries pathogènes de classe II et de vecteurs lentiviraux exige le travail dans des laboratoires LSB2, avec le respect strict des règles d'hygiène et de sécurité.

Informations complémentaires

Une expérience professionnelle hors stage est essentielle. Merci de fournir le contact d'au moins un référent.