Chercheur postdoctoral (H/F) en virologie et biologie cellulaire

Description du Poste

Les Missions

Analyse spatiale de l'assemblage du génome et du réassortiment du virus influenza A par séquençage in situ de l'ARN

Le projet vise à comprendre comment les interactions spécifiques ARN–ARN viraux et les signaux d'empaquetage du génome influencent l'émergence de virus réassortants présentant un potentiel pandémique.

Le ou la chercheur(se) postdoctoral(e) développera et mettra en œuvre des approches avancées de transcriptomique spatiale afin d'étudier les mécanismes d'assemblage et de réassortiment des génomes du virus influenza A (IAV) au cours de l'infection. Le projet combine la technologie des sondes padlock, l'amplification par cercle roulant (Rolling Circle Amplification, RCA), le séquençage in situ, la microscopie à fluorescence, l'analyse d'images et la modélisation informatique afin de quantifier les intermédiaires d'assemblage du génome viral et de valider les interactions ARN–ARN prédites (voir : https://academic.oup.com/nar/article/53/11/gkaf461/8158541).
Les résultats permettront de mieux comprendre les mécanismes moléculaires de l'empaquetage du génome des virus influenza et de générer des données expérimentales destinées à améliorer les modèles d'apprentissage automatique prédisant le réassortiment entre les virus influenza aviaires et les virus influenza de mammifères.

L'Activité

• Développer et optimiser la méthode multiplex de détection directe de l'ARN par sondes padlock (mudRapp-seq) pour l'analyse du génome des virus influenza.
• Concevoir, valider et optimiser des sondes padlock permettant une détection spécifique des segments d'ARN viral de différentes souches.
• Réaliser des expériences d'infection par le virus influenza en conditions d'infection simple et de co-infection.
• Effectuer le séquençage in situ, la microscopie à fluorescence et l'acquisition d'images.
• Quantifier les intermédiaires d'assemblage du génome viral et caractériser les complexes ribonucléoprotéiques viraux (vRNP) au cours de l'infection.
• Analyser la co-localisation spatiale des segments du génome viral tout au long du cycle de réplication.
• Valider les interactions ARN–ARN prédites à l'aide de mutants obtenus par génétique inverse et d'approches d'imagerie spatiale.
• Développer, en collaboration avec des bioinformaticiens, des pipelines d'analyse d'images permettant de reconstruire les voies d'assemblage du génome viral.
• Modéliser la dynamique d'assemblage viral à l'aide d'approches quantitatives, notamment fondées sur les chaînes de Markov.
• Présenter les résultats lors des réunions du consortium et de conférences internationales, et publier les travaux dans des revues scientifiques à comité de lecture.
• Participer à l'encadrement d'étudiants et contribuer aux activités collaboratives du consortium Flu-PREDICT.

Votre Profil

Compétences

Essentielles
• Doctorat en biologie moléculaire, virologie, biologie de l'ARN, biologie cellulaire ou discipline apparentée.
• Expérience des techniques de biologie moléculaire.
• Expérience en microscopie à fluorescence et/ou en méthodes d'imagerie.
• Solides connaissances en biologie de l'ARN et en virologie.
• Capacité à analyser des données biologiques quantitatives.
• Excellentes qualités d'organisation et grande rigueur scientifique.
• Aptitude à travailler de manière autonome tout en contribuant efficacement à des projets collaboratifs.
• Excellente maîtrise de l'anglais, à l'écrit comme à l'oral.
Souhaitées
• Expérience en génétique inverse des virus influenza ou d'autres virus à ARN.
• Expérience en transcriptomique spatiale.
• Connaissances en modélisation statistique ou en analyse quantitative de données d'imagerie biologique.
• Compétences en programmation (Python ou R).

Votre Environnement de Travail

Le ou la chercheur(se) postdoctoral(e) rejoindra le laboratoire Architecture et Réactivité de l'ARN (UPR9002) de l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC, CNRS) à Strasbourg, sous la supervision de Redmond Smyth. Le projet s'inscrit dans le cadre du consortium national Flu-PREDICT, financé par le programme PEPR MIE, et est mené en étroite collaboration avec des équipes de l'Institut Pasteur, de l'ESPCI Paris–PSL et des autres partenaires du consortium.
Le projet contribue au développement et à la validation expérimentale de modèles prédictifs du réassortiment des virus influenza en combinant virologie, imagerie, microfluidique et approches computationnelles.
Le candidat ou la candidate retenu(e) devra être titulaire d'un doctorat en biologie moléculaire, virologie, biologie de l'ARN, biologie cellulaire ou dans une discipline proche. Une expérience en microscopie à fluorescence, biologie moléculaire, méthodes de détection de l'ARN ou analyse d'images est fortement souhaitée. Des connaissances en biologie du virus influenza, transcriptomique spatiale, bioinformatique ou traitement quantitatif d'images constitueront un atout. La personne recrutée devra être capable de travailler de manière autonome tout en évoluant dans un environnement de recherche hautement collaboratif et multidisciplinaire. Une excellente maîtrise de l'anglais est indispensable.
Le ou la chercheur(se) bénéficiera d'un accès à des plateformes de pointe en biologie moléculaire ainsi qu'aux installations de confinement BSL-3 de l'IBMC, et travaillera dans un environnement reconnu pour son expertise en biologie de l'ARN et en imagerie quantitative. Des collaborations étroites seront établies avec les partenaires du consortium spécialisés en virologie, microfluidique et bioinformatique. Le poste offre la possibilité de participer aux activités scientifiques du consortium Flu-PREDICT et de contribuer au développement de méthodologies innovantes pour la préparation aux pandémies. Le laboratoire est situé sur le campus de l'Université de Strasbourg et bénéficie d'un accès facile aux transports en commun et aux infrastructures universitaires.

Contraintes et risques

• Travail sur des virus influenza conformément à la réglementation institutionnelle en matière de biosécurité.
• Les expérimentations seront réalisées dans des laboratoires de confinement certifiés, selon des procédures de biosécurité validées.
• Respect obligatoire des règles de sécurité du CNRS et de l'IBMC ainsi que des bonnes pratiques de laboratoire.
• Le poste implique un travail multidisciplinaire nécessitant une coordination étroite avec les partenaires du consortium Flu-PREDICT ainsi que des déplacements occasionnels pour les réunions du consortium et les conférences scientifiques.
• Le projet requiert la manipulation de matériel infectieux, l'utilisation d'équipements de microscopie de haute technologie et l'analyse de grands jeux de données d'imagerie.

Rémunération et avantages

Rémunération

environ 4 000 € brut mensuel (selon expérience et grille de rémunération applicable)

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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