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Portail > Offres > Offre UPR9002-ERIGIR-001 - Chercheur postdoctorant (H/F) en biologie de l'ARN/ bio-informatique

Chercheur postdoctorant (H/F) en biologie de l'ARN/ bio-informatique

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 12 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UPR9002-ERIGIR-001
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : lundi 21 novembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 3 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2833 et 4003 € brut mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le chercheur recruté/ La chercheuse recrutée travaillera dans le cadre du projet ANR JCJC EndoDRAI coordonné par le Dr Erika Girardi. Ce projet vise à explorer les mécanismes moléculaires par lesquelles les ARN double brin endogènes (endoARNdb) peuvent participer à la régulation de la réponse antivirale innée.
La mission du projet consistera à caractériser l'ensemble des types d'ARNdb cellulaires induites lors d'une infection virale en cellules de mammifère. Pour ce faire, nous testerons différents virus et conditions pour effectuer une immunoprécipitation d'ARNdb et une analyse transcriptomique du « dsRNAome ».
Ensuite, nous analyserons l'immunogénicité potentielle des endo-ARNdb identifiés, leur association avec les protéines cellulaires qui reconnaissent les ARNdb et leur effet sur l'immunité antivirale innée.

Activités

Les activités principales consisteront en :

-L'analyse bioinformatique approfondie des données de séquençages des ARN (RNA-seq) brutes générées au cours du projet.
-L'exploitation de ces données pour définir une liste de candidats à valider en fonction de paramètres spécifiques (tels que leur abondance, leur expression différentielle lors de l'infection, la ocalisation de la structure double brin dans l'ARN, la présence ou l'absence de modification d'ARN comme par exemple l'édition des Adenosines en Inosines).
- L'optimisation et développement de protocoles expérimentaux du type CLIP-Seq pour étudier les interactions ARNdb -protéines senseurs à l'échelle du génome
- La caractérisation fonctionnelle de l'importance des endo-ARNdb identifiés pour l'immunité antivirale.
- La présentation de ses résultats lors de réunion d'équipe et lors de congrès.
- La participation à la préparation du matériel et à la rédaction d'articles scientifiques.
- La participation à l'encadrement des étudiants de l'équipe.

Compétences

-Le chercheur recruté/ La chercheuse recrutée aura une double compétence en biologie moléculaire et bio-informatique.
- Le chercheur/ La chercheuse devra posséder des connaissances et compétences solides en biologie moléculaire et cellulaire. Une expérience dans la manipulation de l'ARN est essentielle.
- Le chercheur/ La chercheuse devra avoir une très bonne expérience dans l'analyse de données de RNA-seq et /ou CLIP-Seq et devra maitriser les outils bio-informatiques et statistiques pour l'analyse des données de séquençage à haut-débit. La connaissance d'un langage de programmation est essentielle (ex. R, Python).
- Le chercheur/ La chercheuse pourra avoir une expérience en culture de cellules de mammifères et génération de lignées cellulaires mutantes par CRISPR/Cas9.
- Une expérience en virologie n'est pas requise mais est bienvenue
- La personne recrutée devra avoir une forte curiosité et l'esprit d'équipe, mais aussi être très organisée, rigoureuse et autonome.
- Le chercheur/ La chercheuse devra maîtriser la langue anglaise écrite et parlée (niveau B2).

Contexte de travail

Le début du contrat est prévu pour avril 2023.
Le chercheur/ La chercheuse sera affecté́-e à l'unité « Architecture et Réactivité de l'ARN » qui comporte 10 équipes travaillant sur divers aspects de la biologie de l'ARN en lien avec diverses pathologies infectieuses chez l'Homme. Il/elle travaillera dans l'équipe « ARN non codants et infections virales » dirigée par le Dr. Sébastien Pfeffer. La personne recrutée travaillera sous la responsabilité du Dr. Erika Girardi, maître des conférences à l'Université de Strasbourg, dans le cadre de son projet ANR JCJC.
Le candidat/ la candidate bénéficiera d'un environnement scientifique stimulant et aura accès aux équipements et plateaux techniques de l'unité et de l'institut nécessaires au projet.

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