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Portail > Offres > Offre UPR3212-PIELUT0-004 - Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 30 juin 2021

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Informations générales

Référence : UPR3212-PIELUT0-004
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : mercredi 9 juin 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 2 août 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2109,55 euros brut mensuels selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'agent(e) recruté(e) contribuera à remplir les objectifs de notre équipe en termes d'analyse bioinformatique de données de séquençage de nouvelle génération. Le contrat d'un an est renouvelable pendant au moins 12 mois supplémentaires.

Activités

L'agent(e) recruté(e) sera responsable de la réalisation d'analyses de données de séquençage de nouvelle génération portant sur la méthylation de l'ADN (EM-Seq) et l'expression des gènes (RNA-Seq). Ces données sont issues de nos travaux portant sur les mécanismes épigénétiques des opiacés, et leurs implications dans les pathologies psychiatriques (addiction, dépression).

Ceci impliquera notamment :
1) la réalisation de contrôles qualités des lectures et leur alignement sur le génome murin de référence,
2) pour le RNA-Seq : la quantification de l'expression des gènes et l'analyse d'expression différentielle ;
3) pour l'EM-Seq : la quantification du niveau de méthylation de cytosines individuelles, et l'analyse de méthylation différentielle.

Dans un second temps, il/elle sera également amené à réaliser des analyses intégratives et de biologie des systèmes (par exemple WGCNA).

Compétences

1) Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire (niveau master ou thèse).
2) Une expérience préalable dans l'utilisation des langages R ou Python est nécessaire, ainsi que des connaissances en biologie.
3) Une expérience dans les domaines suivants est également souhaitée : traitement et l'analyse de données épigénétiques (de préférence portant sur la méthylation de l'ADN) ; utilisation d'un centre de calcul et d'un gestionnaire de tâches (par exemple Slurm) ; utilisation d'environnements virtuels (par exemple Conda, venv) ; utilisation de pipelines d'analyses standardisés (par exemple Snakemake).
4) L'agent(e) devra faire preuve d'autonomie et d'organisation.
5) Il/Elle sera amené(e) à travailler en équipe avec le chercheur, la doctorante et l'ingénieur de recherche du laboratoire impliqués dans ce projet.

Contexte de travail

L'agent(e) intégrera l'équipe « Neuroanatomie, Douleurs et Psychopathologies » à l'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI UPR 3212). Il/Elle participera au projet « Signature épigénétique des opiacés » mené grâce à un financement de l'ANR. Notre institut offre un environnement de travail stimulant, convivial et international, puisque de très nombreuses nationalités sont représentées.

Contraintes et risques

Aucun.

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