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Ingénieur d'Études H/F en Analyse Chimique pour la Gestion d'une Plateforme de Produits Naturels

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mardi 30 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'Études H/F en Analyse Chimique pour la Gestion d'une Plateforme de Produits Naturels
Référence : UPR2301-VEREPA-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : mardi 9 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 6 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2420 à 2900 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 6 - (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences chimiques et Sciences des matériaux
Emploi type : Ingénieur-e en analyse chimique

Missions

Implémentation de la base de données : il/elle sera chargé(e) de développer et de maintenir une base de données pour gérer et interconnecter les informations relatives à la souchothèque, une bibliothèque de souches et d'extraits de l'ICSN.
Suivi et maintien de la souchothèque : il/elle veillera à la mise à jour régulière des entrées, à la qualité et à l'intégrité des données, et à la conservation des souches.
Développement d'outils informatiques : il/elle développera des outils pour la gestion de grandes quantités de données issues d'analyses chimiques (RMN, MS) et biologiques (séquençage, essais biologiques), permettant de manipuler des volumes de données complexes.
Conservation des souches : il/elle sera responsable de la conservation des souches dans des conditions garantissant leur viabilité et leur utilité à long terme.
Prestations pour intervenants internes et externes : il/elle offrira des services de diffusion de souches ou d'extraits, gérant les accords de transfert de matériel (MTA) et les déclarations APA pour se conformer aux réglementations.
Support aux chercheurs : aide dans la réalisation et le retraitement des données provenant d'analyses variées, telles que la chromatographie couplée à des techniques de détection UV/Visible, la spectrométrie de masse tandem haute résolution, le dorpletProbe-MS, et la résonance magnétique nucléaire (RMN).
Encadrement et formation : il/elle encadrera et formera les utilisateurs de la souchothèque (étudiants, stagiaires, chercheurs associés) en leur enseignant les méthodes d'analyse et les outils informatiques développés, garantissant ainsi une utilisation efficace et correcte des ressources disponibles.
Participation au bon fonctionnement du laboratoire : il/elle contribuera activement au bon fonctionnement du laboratoire, assurant l'entretien des équipements, respectant les normes de sécurité, et résolvant les problèmes techniques ou logistiques.

Activités

Conservation durable de la collection de souches : Assurer la conservation à long terme des souches de l'ICSN. Maintenance régulière des souches pour garantir leur viabilité et leur disponibilité pour des recherches futures.
Optimisation des conditions de culture : Effectuer et optimiser les conditions de culture des micro-organismes, en veillant à l'extraction et à l'analyse des métabolites. Cela nécessite une connaissance approfondie des besoins spécifiques de chaque souche et des techniques de culture adaptées.
Analyses chimiques et biologiques : Réaliser ou superviser les analyses chromatographiques (HPLC/UPLC) de l'équipe, ainsi que les analyses par QTOF-MS et dropletProb-MS du service commun. Cela inclut l'utilisation de divers appareils et l'interprétation des résultats obtenus pour des applications en chimie des substances naturelles.
Mise en œuvre des techniques d'analyse chimique : Assurer la mise en œuvre des techniques et méthodes d'analyse chimique dans le domaine de la chimie des substances naturelles, en adaptant les protocoles en fonction des échantillons et des objectifs de recherche.
Planification des activités et mutualisation des appareils : Planifier les activités de l'entité en tenant compte des contraintes de mutualisation des équipements (UPLC, HPLC, PSM, chromatoflash, extracteurs, congélateurs -80°C, etc.). Maintenance et contrôle des appareils : Contrôler et régler périodiquement les appareils pour garantir leur bon fonctionnement et leur précision. Cela inclut la réalisation de tests de performance et la maintenance préventive.
Veille technique : Assurer une veille technique dans le domaine, en se tenant informé des nouvelles technologies et méthodes émergentes qui pourraient améliorer les capacités d'analyse et de conservation des souches.
Développement d'outils informatiques : Développer des outils informatiques pour le retraitement des données d'analyses chimiques et biologiques, facilitant ainsi l'interprétation et la gestion de grands ensembles de données.
Implémentation de la base de données souchothèque : Mettre en place et gérer une base de données sophistiquée pour la souchothèque, assurant une organisation efficace et une accessibilité optimale des informations relatives aux souches et aux extraits.
Formation des utilisateurs : Former les étudiants, stagiaires et chercheurs associés à l'utilisation des équipements et aux méthodes d'analyse, en leur fournissant les compétences nécessaires pour conduire des analyses de manière autonome.
Traitement et présentation des résultats : Traiter et présenter les résultats des analyses de manière claire et précise, rédaction et commuication de rapports détaillés.
Rédaction de notices d'utilisation : Rédiger des notices d'utilisation pour les équipements et les logiciels développés, afin de faciliter leur utilisation et de garantir leur bon fonctionnement par les différents utilisateurs.
Évolution et maintien des compétences : Faire évoluer et maintenir ses compétences en techniques d'analyse, en participant à des formations continues et en s'informant régulièrement sur les avancées scientifiques et technologiques.
Assurer le bon fonctionnement du matériel : Veiller au bon fonctionnement du matériel de laboratoire, en effectuant des contrôles réguliers et en organisant les réparations nécessaires.
Suivi des commandes courantes : Suivre les commandes courantes de matériel et de réactifs, en s'assurant de la disponibilité des ressources nécessaires pour les activités de recherche.
Organisation et rangement du laboratoire : maintenir un environnement de travail propre et ordonné, propice à des recherches efficaces et sécurisées.
Mise en œuvre des règles d'hygiène et de sécurité : Mettre en œuvre et appliquer les règles courantes d'hygiène et de sécurité, en garantissant la conformité aux normes réglementaires et en minimisant les risques pour la santé et la sécurité des personnes travaillant au laboratoire.

Compétences

Techniques de culture microbiologique :
Culture microbiologique, comprenant la préparation de milieux de culture, l'inoculation, l'incubation et la surveillance de la croissance des organismes. Respecter les protocoles d'asepsie et de biosécurité.
Chimie analytique :
Assurer l'extraction et la purification des extraits issus des souches microbiennes, en utilisant des techniques telles que la chromatographie liquide (LC), la chromatographie liquide haute performance (HPLC), la chromatographie liquide à haute résolution couplée à la spectrométrie de masse (LC-HRMS). La préparation d'échantillons pour des analyses par RMN est également incluse dans ses responsabilités.
Microbiologie :
Posséder une connaissance de la culture de micro-organismes et de leur identification. Cela inclut la caractérisation des souches ainsi que l'entretien et la conservation des collections microbiennes.
Interface chimie/biologie :
Avoir une expérience de travail à l’interface entre la chimie et la biologie, ce qui inclut la compréhension des interactions entre les composés chimiques et les systèmes biologiques, et la capacité à mener des recherches interdisciplinaires.
Compétences en informatique :
Maîtriser des outils informatiques tels qu'Excel, FileMakerPro, et des outils d’analyse statistique comme R. Une compétence en langage de programmation Python est également requise pour le développement d’outils de traitement de données et d’analyses.
RMN et spectrométrie de masse :
Connaître et pratiquer les techniques de résonance magnétique nucléaire (RMN) et de spectrométrie de masse, y compris la compréhension des différents types d'appareils, les méthodes d'introduction des échantillons, les techniques de séparation, et les méthodes de détection.
Utilisation de l’outil informatique :
Utiliser les logiciels et les outils informatiques pour piloter les instruments analytiques, exploiter les données collectées, et mettre en forme les résultats pour les analyses ultérieures et les rapports.
Chimie des substances naturelles :
Avoir des connaissances dans le domaine de la chimie des substances naturelles, pour comprendre les objectifs des analyses et interpréter les résultats dans le contexte des projets de recherche.
Compétences en communication :
Communiquer efficacement en anglais, tant à l'écrit qu'à l'oral, pour la rédaction de documents techniques, la présentation des résultats et la collaboration avec des partenaires internationaux.
Rédaction de documents techniques :
Rédiger des documents techniques, incluant des protocoles, des notices d’utilisation, et des rapports d’analyse, en garantissant la clarté et la précision des informations.
Travail d’équipe :
S’intégrer dans une équipe multidisciplinaire impliquant une variété de techniques et d’expertises, et être capable de collaborer efficacement avec de nombreux utilisateurs.
Construction et implémentation de bases de données :
Participer à la construction et à l’implémentation de bases de données pour la gestion des informations sur les souches et les analyses.
Suivi des analyses de données :
Participer au suivi des analyses de données, à l’interprétation des résultats, et à la présentation de ces résultats aux équipes de recherche et aux partenaires.
Maintenance du parc d’équipements :
Participer à la maintenance du parc d’équipements du laboratoire, incluant le diagnostic des pannes, l’entretien régulier, et la planification des interventions techniques.
Gestion des stocks :
Gérer les stocks en s'assurant de la disponibilité des ressources nécessaires.
Hygiène et sécurité :
Mettre en œuvre et appliquer les règles courantes d’hygiène et de sécurité, en garantissant la conformité aux normes et en minimisant les risques pour la santé et la sécurité.

Contexte de travail

L’Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) se consacre à l'étude et à l'étude de ressources originales en substances naturelles, notamment des micro-organismes, et plus particulièrement les holobiontes. Pour gérer de manière optimale cette bibliothèque diversifiée de souches, un outil d'organisation des données a été créé en 2010, à savoir la base de données "Souchothèque".
Cette thèque originale fonctionne à la fois comme une banque d'organismes et une banque d'extraits, intégrant une base de données qui regroupe l'ensemble des analyses chimiques et biologiques (tests d’activité) associées. Elle rassemble tous les micro-organismes symbiotiques de plantes et d'insectes collectés par l'Institut, qui sont régulièrement mis à jour et enrichis.
À partir des souches cultivables, une banque d'extraits standardisés a été constituée. Ces extraits sont ensuite répertoriés dans la base de données "Souchothèque" ainsi que dans la Chimiothèque nationale. Actuellement, environ 2000 souches sont référencées dans la base de données de la "Souchothèque", accompagnées de 700 extraits.
La base de données recense de manière détaillée l'origine de chaque micro-organisme, incluant l'identification de l'hôte (via des méthodes d'identification génétique, protéique et lipidique), le lieu et la date de récolte, ainsi que le programme de recherche dans le cadre duquel la souche a été isolée. Cette organisation est en conformité avec le Protocole de Nagoya et les régulations sur l'Accès et le Partage des Avantages (APA). L'identification génétique de toutes les souches a également été mise en place, et toutes ces données sont déposées sur le site Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).
Les analyses incluent, entre autres métabolomiques, pour la comparaison des souches environnementales, facilitant ainsi un phénotypage rapide. Cette technologie avancée permet la déréplication des souches par comparaison des empreintes lipidiques et protéiques, et permet de déterminer les Unités Chimiques Opérationnelles (UCO) de chacune d'elles. De plus, le profilage métabolomique complet des espèces fournit des informations cruciales sur la diversité des souches environnementales testées, essentielles pour répondre à des questions scientifiques en lien avec l'évolution, l'écologie chimique ou la virulence de certaines souches.
L'ICSN est à l'avant-garde des techniques d'identification par métabolomique, utilisant des approches en réseaux moléculaires. Grâce à la "Souchothèque", l'ICSN possède une banque de souches originales, unique au niveau national, consolidant ainsi son rôle de leader dans ce domaine de recherche.


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Informations complémentaires

Le contrat pourra être prolongé au delà de 6 mois soit en CDD soit en CDI