Missions

Le chercheur étudiera les mécanismes employés par les virus bactériens (bactériophages ou phages) pour encapsider sélectivement leur ADN dans la procapside virale et les bases moléculaires des erreurs dans ce processus conduisant à l'encapsidation d'ADN bactérien (transduction). Ces erreurs constituent une source majeure de transfert horizontal de gènes qui est responsable d’une dissémination rapide de la résistance aux antibiotiques, de facteurs de pathogénicité et d’autres éléments génétiques au sein des communautés bactériennes.

Les recherches seront conduites avec le bactériophage SPP1 qui infecte la bactérie Gram-positive Bacillus subtilis. Le projet s'appuie sur une connaissance approfondie du processus d’encapsidation du génome de SPP1 (Nucleic Acids Res 41, 340-354; J. Mol. Biol. 429, 1381-1395; Nat. Commun. 10, 4840; PNAS 118, e2018297118; Nat Commun. 13, 7283) et sur la découverte que ce phage peut évoluer rapidement pour devenir un vecteur très efficace de transfert d’ADN bactérien.

Activités

- Conduire des expériences de biologie moléculaire (clonage, construction de virus recombinants, ChiP-Seq, analyse de données NGS, transcriptomique bactérienne) et microbiologie (infection phagique, transduction, imagerie de bactéries infectées) en fonction des besoins du projet. Des travaux de biochimie (purification et caractérisation de protéines en système procaryote, caractérisation de complexes protéine-ADN in vivo et in vitro) pourront être aussi envisagés.

- Maintenir un registre des travaux et des données de recherche suivant la réglementation de l’Institut et de l’ANR. Mettre en forme les résultats et communiquer les données expérimentales. Rédaction et présentation des résultats de recherche en anglais.

- Assurer une veille scientifique et technologique sur la thématique de recherche.

Compétences

- un doctorat en biologie moléculaire, microbiologie, biochimie bactérienne, ou en génétique des bactériophages/bactéries est bien adapté pour ce projet
- expérience en biologie moléculaire, bactériologie ou biochimie
- Savoir formuler et tester des hypothèses de manière expérimentale
- Suivi de la littérature scientifique et méthodologique du domaine
- capacité de travail en équipe et en collaboration
- connaissance d'anglais oral et écrit (niveau C2)

Contexte de travail

L'équipe d'accueil "Bactériophages de bactéries Gram-positives" étudie l'assemblage des bactériophages caudés et l'infection des bactéries Gram-positives par ces virus ("https://www.i2bc.paris-saclay.fr/bacteriophages-of-gram-positive-bacteria/").

Elle est associée au Département de Virologie de L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/). Celui-ci offre un environnement pluridisciplinaire pour la recherche en biologie moléculaire et cellulaire dans le campus CNRS de Gif-sur-Yvette (Paris-Saclay, Ile de France). L'I2BC est constitué de 60 équipes dont les recherches sont soutenues par des plateformes technologiques de pointe de NGS, bioinformatique, protéomique, microscopies, biophysique et biologie structurale parmi d'autres (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/facilities/).

Contraintes et risques

- travail en laboratoire L1
- Possibilité de missions courtes en France et à l’étranger