Missions

Un objectif majeur de l'oncogénomique est d’identifier des signatures moléculaires communes à un ensemble de tumeurs, indépendamment de l'organe d'origine. Ces signatures, qui peuvent être définies au niveau ADN, ARN ou protéique, permettent de concevoir de nouveaux modes de diagnostic et de nouvelles thérapies pan-cancer. Notre équipe de l'I2BC Gif sur Yvette recrute un chercheur post-doctoral avec une expérience en bioinformatique du cancer pour mener à bien un tel projet. Le chercheur aura pour mission de découvrir les signatures ARN induites par les mutations des gènes de maturation des ARN. Ces signatures seront ensuite utilisées pour identifier de nouveaux gènes altérés provoquant le même phénotype. Le projet mettra en œuvre des protocoles d'analyse RNA-seq sans référence capable d'identifier des altérations non annotées.

Activités

Développement, déploiement et utilisation de pipelines d'analyse RNA-seq utilisant des méthodes par k-mer.
Constitution et analyse de jeux de données RNA-seq, analyse fonctionnelle de signatures ARN
Rédaction de publications scientifiques.

Compétences

Nous recherchons des candidats avec un profil bioinformatique et une expérience démontrée (niveau thèse) en transcriptomique/génomique des cancers. Les candidats seront spécialement motivés par les questions de biologie des cancer pouvant être abordées à l'aide des grandes bases de données transcriptomiques.
Les compétences techniques attendues comprennent:
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Maîtrise des outils de base d'analyse NGS (RNA-seq, WGS, WES).

Contexte de travail

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à 25km de Paris (Gif sur Yvette), comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle, une plateforme bioinformatique et un centre de calcul performant. Notre équipe (Séquence, Structure et Fonction des ARN) est composée d'une dizaine de chercheurs, ingénieurs et doctorants, intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer. Le cœur de notre métier est le data mining dans les grandes bases de données RNA-seq. Nous collaborons avec des informaticiens spécialistes des structures de données et avec des biologistes moléculaires et des médecins oncologues. Avec ces partenaires, nous utilisons des méthodes à base de k-mer afin de réaliser de vastes index de données RNA-seq de tissus cancéreux et normaux, et d'exploiter ces outils pour identifier des ARN spécifiques des tumeurs, de valeur diagnostique ou thérapeutique.