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Postdoc bioinformatique: nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mardi 10 septembre 2024 00:00:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Postdoc bioinformatique: nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer (H/F)
Référence : UMR9198-DANGAU-005
Nombre de Postes : 2
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 8 juillet 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 3081 et 3519€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant

Missions

Mettre en place et exploiter des outils permettant d'identifier, dans de grands jeux de données tumorales et de lignées cellulaires, des séquences d’ARN répondant à des critères d'expression spécifiques. Contribuer à la constitution de grands index de données RNA-seq cancer/normal qui seront utilisés par la communauté scientifique.

Activités

Développement, déploiement et utilisation de pipelines d'analyse RNA-seq utilisant des méthodes par k-mer.
Si profil "méthodologique": contribution à la conception et à l'optimisation des outils.
Si profil "biologiste": curation des métadonnées RNA-seq, analyse fonctionnelle des listes d'ARN tumeur-specifiques
Dans tous les cas: rédaction de publications scientifiques dans des revues de bioinformatique ou d'onco-génomique.

Compétences

Nous accueillons des candidats avec deux types de profil :
- soit un profil plutot méthodologique, avec une compétence forte en développement informatique (C++, Rust) pour participer à l'amélioration des outils en partenariat avec les collaborateurs informaciens.
- soit un profil plutot bioinformaticien/biologiste, avec une compétence forte dans la transcriptomique/génomique des cancers et l'envie de répondre à des questions de biologie des cancer en profitant de la puissance statistique permise par les grandes bases de données.
Dans tous les cas, un ensemble de compétence de base est attendu:
- Maîtrise des concepts de base de bioinformatique/analyse de séquence, analyse de données RNA-seq
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Savoir travailler sur cluster de calcul

Contexte de travail

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à 25km de Paris (Gif sur Yvette), comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle, une plateforme bioinformatique et un centre de calcul performant. Notre équipe (Séquence, Structure et Fonction des ARN) est composée d'une dizaine de chercheurs, ingénieurs et doctorants, intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer. Le coeur de notre métier est le data mining dans les grandes bases de données RNA-seq. Nous collaborons avec des informaticiens spécialistes des structures de données et avec des biologistes moléculaires et des médecins oncologues. Avec ces partenaires, nous avons obtenu plusieurs financements pour utiliser des méthodes à base de k-mer afin de réaliser de vastes index de données RNA-seq de tissus cancéreux et normaux, et d'exploiter ces outils pour identifier des ARN spécifiques des tumeurs et des ARN de valeur pronostique ou diagnostique. Les postdoctorants recrutés travailleront pour ce projet.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.