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Portail > Offres > Offre UMR9198-CHROUL1-056 - CDD Ingénieur(e) en bioinformatique pour l'analyse de modifications d'ARN par séquençage direct (nanopore) et le traitement de données d'une plateforme de séquençage (H/F)

CDD Ingénieur(e) en bioinformatique pour l'analyse de modifications d'ARN par séquençage direct (nanopore) et le traitement de données d'une plateforme de séquençage (H/F)


Date Limite Candidature : vendredi 1 octobre 2021

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Informations générales

Référence : UMR9198-CHROUL1-056
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : vendredi 20 août 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire brut mensuel entre 2151€ et 2422€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Cette offre de CDD s'inscrit dans le cadre du projet epiRNA financé par l'I2BC, en tant que programme prioritaire. Ce programme a pour objectif de développer des outils d'analyse OMICS pour étudier les modifications d'ARN. Il réunit un consortium d'équipes spécialisées dans l'étude des ARN et des plateformes.

Les missions seront organisées autour de deux axes :
• Dans le cadre du programme epiRNA : l'ingénieur.e participera à un projet de recherche visant à mettre en place les outils pour l'analyse de modifications d'ARN issues de données ONT (Séquençage ARN direct) au sein de l'institut. Il s'agira notamment de définir, tester et mettre en place un pipeline d'analyse pour la détection de bases modifiées à partir de séquençage d'ARN direct.
• Dans le cadre des activités de service de la plateforme : l'ingénieur.e participera à la mise en place de projets, au traitement et à l'analyse bioinformatique des données issues de projets des utilisateurs.

Activités

• Analyse de modifications dans des données de séquençage d'ARN direct
o Réaliser la veille technologique et la comparaison des méthodes et outils d'analyse disponibles
o Développer, tester et mettre en place un pipeline d'analyse de modifications basé sur des données issues de séquenceurs Oxford Nanopore Technologies (GridION)
o Participer aux réunions d'avancée du projet avec les équipes collaboratrices
o Valoriser les résultats du projet, notamment au cours de réunions et conférences scientifiques
• Analyse de données de séquençage à haut débit
o Traiter et analyser des données de séquençage à haut débit dans le cadre de la partie bioinformatique des prestations de la plateforme (étude de faisabilité, traitement, partage compte-rendu des résultats, stockage, suivi post-prestation)
o Participer aux réunions impliquant la plateforme (réunions d'équipe hebdomadaires, réunions ponctuelles de mise en place des projets avec les utilisateurs ...)
o Intégrer son activité dans le système Qualité de la plateforme

Compétences

• Expérience exigée dans l'analyse de données de séquençage à haut débit
• Connaissances exigées de l'environnement Unix/Linux, et d'au moins un langage de programmation (Python ou R apprécié)
• Expérience souhaitée dans l'analyse de données issues de séquenceurs Oxford Nanopore Technologies
• Expérience appréciée dans l'utilisation d'un cluster de calcul et d'un gestionnaire de pipelines d'analyses (SnakeMake)
• Expérience appréciée dans le domaine des ARN
• Sens de l'organisation permettant le suivi de projets différents impliquant des collaborateurs venant d'horizons divers
• Autonomie et rigueur
• Excellentes qualités relationnelles, d'écoute et de communication
• Goût pour le travail en équipe
• Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Contexte de travail

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. L'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 61 équipes de recherche, 15 plateformes technologiques de haut niveau et 12 services support et soutien.

Le programme epiRNA, est un programme transverse majeur de l'I2BC qui appartient à l'axe scientifique N°2 (traitement de l'information génétique et ses dysfonctionnements). Le programme regroupe six équipes et trois plateformes autour de la thématique des modifications de nucléotides dans les ARN. Notre objectif est de développer différentes approches méthodologiques pour, dans un premier temps, identifier et quantifier les modifications présentes au sein de différents ARN cellulaires, pour ensuite comprendre leur importance physiologique.
La plateforme de séquençage de l'I2BC
Depuis sa création en 2010, la plateforme de séquençage à haut débit de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule a pour mission d'offrir à l'ensemble de la communauté scientifique des activités de service et de soutien à la recherche dans le domaine du séquençage à haut débit et de ses applications.
Basée sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, au sein de la communauté scientifique de Paris-Saclay, la plateforme réalise environ 200 projets/an depuis leur conception en collaboration avec les utilisateurs jusqu'à leur analyse bioinformatique et le rendu des résultats. Elle est totalement ouverte aux communautés académiques et industrielles et réalise une grande variété de projets basés sur la technologie Illumina, et depuis quelques années sur les technologies Oxford Nanopore (ONT) ou 10X Genomics.
Investie dans la technologie de séquençage ONT depuis ses débuts, la plateforme a développé une solide expertise en traitement et analyse de ces données.

Informations complémentaires

CDD de 12 mois renouvelable 12 mois

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